mega-6-构建系统发育树

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1、mega-6-mega-6-构建系统发育树构建系统发育树MEGAf全称是全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis f即分子进化遗传分析即分子进化遗传分析fMEGA MEGA 可可用用于于序序列列比比对对、进进化化树树的的推推断断、估估计计分分子子进进化化速速度、验证进化假说等。度、验证进化假说等。下载网址：http:/ clock 1965）实际情况：虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。（用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。）系统发生树f系统发生树（英文：系统发生树（英文：Phyl

2、ogenetic treePhylogenetic tree）又称为）又称为演化树（演化树（evolutionary treeevolutionary tree）。以树的表现形式，）。以树的表现形式，描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。f系统进化树分有根系统进化树分有根(rooted)(rooted)和无根和无根(unrooted)(unrooted)树。树。f有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。的祖先问

3、题。有根树与无根树两个临近的分支的两个临近的分支的连接处称为连接处称为节点节点（node）表示推断祖先的现表示推断祖先的现存类群在树最底部存类群在树最底部的分支点成为的分支点成为根节根节（root node）分支分支（b branches）分类分类（taxa，the singular form is taxon)一、参考序列选择原则：fa a，不选非培养，不选非培养(unclutured)(unclutured)微生物为参比；微生物为参比；fb b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；fc c，在在保保证证同同属属的的前前提提下下，优优先先选选择择16S

4、16S rDNArDNA全全长长测序或全基因组测序的种；测序或全基因组测序的种；fd d，每每个个种种属属选选择择一一个个参参考考序序列列，如如果果自自己己的的序序列列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。f界界 门门 纲纲 目目 科科 属属 种种二、序列比对f1 1、打开、打开txttxt或或fastafasta格式的序列格式的序列f2 2、用、用ClustalWClustalW做多序列比对，比对结果输出为做多序列比对，比对结果输出为megmeg文件文件f MEGAMEGA只只能能打打开开megmeg格格式式的的文文件件，但但是是它它可可以以把把其其

5、他他格格式式的的多多序序列列比比对对文文件件转转换换过过来来，用用.aln.aln格格式式（ClustalClustal的的输输出出文件）转换文件）转换.meg.meg文件。文件。f点点File:Convert File:Convert to to MEGA MEGA FormatFormat，打打开开转转换换文文件件对对话话框框，从目的文件夹中选文件，点击打开。从目的文件夹中选文件，点击打开。f转换好的转换好的megmeg文件，会弹出一个提示信息，点击文件，会弹出一个提示信息，点击okok。三、构建进化树f主主菜菜单单File:open File:open a a filefile打打开开比

6、比对对结结果果.meg.meg的的文文件件,主主窗窗口举例选择邻位相连法（口举例选择邻位相连法（Neighbor-joiningNeighbor-joining）建树。）建树。f结结果果输输出出：这这个个过过程程所所耗耗时时间间和和序序列列的的数数量量和和长长短短成成正正比比，程序就会产生一个树。程序就会产生一个树。四、进化树的优化f1 1、利用该软件可得到不同树型、利用该软件可得到不同树型f2 2、为为了了美美观观，也也是是为为了了满满足足发发表表文文章章的的要要求求，需需要要对对进进化树进行树形、字体、字号的修改：化树进行树形、字体、字号的修改：f点点击击ViewView，选选择择Opti

7、onsOptions。弹弹出出窗窗口口中中，在在TreeTree标标签签中中可可以以修修改改枝枝与与枝枝之之间间的的距距离离（Taxon Taxon SeparationSeparation）、枝枝长长（Branch Branch LengthLength）和和树树宽宽（Tree Tree WidthWidth），调调整整至至美美观观即即可可。BranchBranch标标签签中中，可可以以选选择择勾勾选选“Hide Hide values values lower lower than than%”%”，一一般般隐隐藏藏50%50%以以下下的的数数值值。其其他他的的参参数数可可以以自自行行研研

8、究究，一一般般默默认认即即可可。点点击击主主菜菜单单栏栏里里的的ImageImage，保保存存成成.pdf.pdf等等,这这之之后后用用其其他他软软件件编编辑辑图图片片。即即可可更更改改字体字号再导成图片就可以了。字体字号再导成图片就可以了。五、总结f构建系统进化树的一般原则构建系统进化树的一般原则1 1、可靠的待分析数据；、可靠的待分析数据；2 2、准确的多序列比对；、准确的多序列比对；3 3、选择合适的建树方法：、选择合适的建树方法：序列相似程度高，序列相似程度高，MPMP最大简约性法（最大简约性法（Maximum Maximum Parsimony methodsParsimony me

9、thods）首选；）首选；序列相似程度较低，距离法即除权配对法（序列相似程度较低，距离法即除权配对法（UPGMAMUPGMAM）和）和邻位相连法（邻位相连法（Neighbor-joiningNeighbor-joining）；）；其他，其他，MLML最大可能性法（最大可能性法（Maximum Likelihood Maximum Likelihood methodsmethods）一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受。f评估系统发育树评估系统发育树:bootstrap:bootstrap，使构建的，使构建的treetree有统计上的有统计上的意义。意义。谢谢观赏谢谢观赏结束语结束语谢谢大家聆听！谢谢大家聆听！16