生物化学与分子生物学提纲(人卫版第8版)(下).doc
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十四、DNA的生物合成*1.DNA复制是以DNA为模板的DNA合成,是基因组的复制过程。2. DNA复制的主要特征包括:半保留复制、双向复制和半不连续复制。还具有高保真性。3.子代DNA中保留了亲代的全部遗传信息,亲代与子代DNA之间碱基序列高度一致,称遗传的保守性。遗传的保守性是相对的。4.原核生物基因组是环状DNA,只有一个复制起点(origin)。复制从起点开始,向两个方向进行解链,是单点起始双向复制。5.复制中的模板DNA形成2个延伸方向相反的开链区,称复制叉。复制叉指的是正在进行复制的双链DNA分子所形成的Y形区域。6.真核细胞每条染色体有多个复制起点,为多起点双向复制。复制完成时,复制叉相遇并汇合连接。7.从一个DNA复制起点起始的DNA复制区域称为复制子。复制子是含有一个复制起点的独立完成复制的功能单位。8.沿着解链方向生成的子链DNA的合成是连续进行的,称为前导链;另一股链复制方向与解链方向相反,不能连续延长,只能逐段地从53生成引物并复制子链,称后随链。9.前导链连续复制而后随链不连续复制的方式称为半不连续复制。沿着后随链的模板链合成的新DNA片段称为冈崎片段。10.DNA复制的底物是dNTP,最靠近核糖的称为-P,向外依次为-P、-P。在聚合反应中,-P与子链末端核糖的3-OH连接。11.引物的作用是提供3-OH末端使dNTP可以依次聚合。DNA复制的反应可简示为: (dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi12.DNA聚合酶全称是依赖DNA的DNA聚合酶,简写为DNA pol。13.原核生物有3种DNA聚合酶,分别是DNA pol 、DNA pol 、DNA pol ,都有53的聚合酶活性和35的核酸外切酶活性。14. DNA pol 是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶,由2个核心酶、1个-复合物和1对亚基构成。亚基夹稳DNA模板链,并使酶沿模板滑动。15.核心酶由、亚基共同组成,执行碱基选择功能,使DNA复制具有保真性。16.DNA pol 可水解为2个片段,小片段共233个残基,有53核酸外切酶活性。大片段(Klenow片段)604个残基,具有DNA聚合酶活性和35核酸外切酶活性。17.DNA pol 在活细胞内的功能主要是对复制中的错误进行校对,对复制和修复中出现的空隙进行填补。18.DNA pol 在 pol 和 pol 缺失情况下暂时起作用,故参与DNA损伤的应急状态修复。19.真核生物的DNA聚合酶DNA pol 引物酶DNA pol DNA修复DNA pol 线粒体DNA合成DNA pol 前导链和后随链的合成,错配修复DNA pol 错配修复 真核生物的DNA链延长中起催化作用的主要是DNA pol ,相当于原核生物的DNA pol ;此外它还有解旋酶的活性。20.生物体至少有3种机制实现保真性:遵守严格的碱基互补配对规律;聚合酶在复制延长中对碱基的选择功能;复制出错时有即时的校对功能。21.嘌呤核苷酸的化学结构能形成顺式和反式构型,但只有反式构型能与嘧啶形成氢键配对。DNA pol 对嘌呤的不同构性表现不同亲和力,因此实现碱基选择功能。22.原核生物的DNA pol 、真核生物的DNA pol 和DNA pol 的35核酸外切酶活性很强,可以在复制过程中辨认并对复制错误进行校正,此过程称错配修复。23.原核生物复制中参与DNA解链的相关蛋白质蛋白质(基因)通用名功能DNA A(DNA)辨认复制起始点DNA B(DNA)解旋酶解开DNA双链DNA C(DNA)运送和协同DNA BDNA G(DNA)引物酶催化RNA引物生成SSB单链DNA结合蛋白稳定已解开的单链DNA拓扑异构酶拓扑异构酶又称促旋酶解开超螺旋24.拓扑酶既能水解,又能连接DNA分子中磷酸二酯键,可在将要打结或已打结处切口,下游的DNA穿越切口并作旋转,打开或解松结,然后旋转复位连接。25.拓扑异构酶可以切断DNA双链中一股,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状态。反应不需ATP。26.拓扑异构酶切断DNA分子双链,使超螺旋松弛;然后利用ATP供能,连接断端。27.DNA连接酶连接DNA链3-OH末端和相邻DNA链5-P末端,生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的DNA链连接成完整的链。消耗ATP。28.连接酶只能连接双链中的单链缺口,不能连接单独存在的DNA单链或RNA单链。*29.DNA连接酶功能在复制中起最后接合缺口的作用。在DNA修复、重组及剪接中也起缝合缺口作用。基因工程的重要工具酶之一。30.三种催化生成磷酸二酯键的酶:DNA聚合酶、DNA连接酶、拓扑酶。31.复制的起始是装配引发体,形成复制叉并合成RNA引物的过程。32.E.coli的复制起始点是一段DNA序列,包含有3组串联重复序列和2对反向重复序列。上游的串联重复序列称为识别区;下游的反向重复序列碱基组以A、T为主,为富含AT区。33.DNA的解链过程由DNA A、B、C三种蛋白质共同参与:DNA A蛋白辨认并结合于oriC的串联重复序列(AT区)DNA B在DNA C的协同下,结合并沿解链方向移动,使双链解开足够用于复制的长度,并逐步置换出DNA A蛋白。SSB结合到DNA单链上,使复制叉保持适当的长度。34.含有解螺旋酶DNA B、DNA C、引物酶和DNA复制起始区域的复合结构,称为引发体。35.引物是由引物酶催化合成的短链RNA分子,为DNA的合成提供3-OH末端。36.复制的延长指在DNA pol催化下,dNTP以dNMP的方式逐个加入引物或延长中的子链上,其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。37.同一复制叉上前导链和后随链在同一个DNA pol 催化下进行延长的。38.引物的水解需靠细胞核内的DNA pol ,水解后留下的空隙也由DNA pol 催化修补;缺口则由连接酶连接。*39.真核生物每个染色体有多个复制起始点。复制有时序性,即复制子以分组方式激活而不是同步起动。40.复制的起始需要DNA pol a(引物酶活性)和pol d(解螺旋酶活性)参与,还需拓扑酶和复制因子。41.增殖细胞核抗原(PCNA)在复制起始和延长中起关键作用,促进核小体的生成。PCNA的蛋白质水平是检测细胞增殖能力的重要指标。*42.在复制叉及引物生成后,DNA pol 通过PCNA的协同作用,逐步取代pol ,在RNA引物的3-OH基础上连续合成前导链。后随链引物也由pol 催化合成。然后由PCNA协同,pol 置换pol ,继续合成DNA子链。 43.端粒是真核生物染色体线性DNA分子末端的结构,维持染色体的稳定性和DNA复制的完整性。44.端粒的DNA和它的结合蛋白紧密结合,富含T-G短序列的多次重复。45.端粒酶组成由3部分组成:端粒酶RNA(hTR)、端粒酶协同蛋白1(hTP1)、端粒酶逆转录酶(hTRT),故端粒酶兼有提供RNA模板和催化逆转录的功能。46.端粒酶催化作用的爬行模型hTR(An Cn)x辨认及结合母链DNA(Tn Gn)x的重复序列并移至3端,以逆转录的方式复制;延伸至足够长度后,DNA pol 取代端粒酶,母链形成非标准的GG发夹结构并使3-OH反折,同时起引物和模板的作用,在DNA pol催化下完成双链末端的复制。47.真核染色体DNA复制仅出现在细胞周期的S期,而且只能复制一次。复制基因是指DNA复制起始所必需的全部DNA序列。48.真核细胞DNA复制的起始分两步进行,即复制基因的选择和复制起点的激活。(1)复制基因的选择出现于G1期,组装前复制复合物(pre-RC);(2)复制起点的激活出现于S期,这一阶段将激活pre-RC,募集若干复制基因结合蛋白和DNA聚合酶,并起始DNA解旋。49.在原核细胞中,复制基因的识别与DNA解旋、募集DNA聚合酶偶联进行。而在真核细胞中,这两个阶段相分离可以确保每个染色体在每个细胞周期中仅复制一次。50.真核细胞通过依赖细胞周期蛋白的蛋白激酶(CDK)严格控制pre-RC的形成和激活。l 激活pre-RC,以起始DNA复制;l 抑制形成新的pre-RC。51.真核生物与原核生物DNA复制的差异(1)真核生物复制子多、冈崎片段短、复制叉前进速度慢等;(2)DNA复制从引发进入延伸阶段发生DNA聚合酶a/d转换(3)切除冈崎片段RNA引物的是核酸酶RNAse H和FEN152.RNA病毒的基因组是RNA,其复制方式是逆转录,也称为逆转录病毒。53.催化逆转录的酶是逆转录酶,全称是依赖RNA的DNA聚合酶。该酶l 具有RNA或DNA作模板的dNTP聚合活性;l 具有RNase活性;l 合成反应按照53延长的规律。54.逆转录分三步以病毒基因组RNA为模板,催化dNTP聚合生成DNA互补链,产物是RNA/DNA杂化双链;RNA被RNase活性组分水解;RNA分解后剩下的单链DNA再用作模板,由逆转录酶催化合成第二条DNA互补链。55.RNA病毒在细胞内复制成双链DNA的前病毒。前病毒基因组通过基因重组参加到细胞基因组内,并随宿主基因一起复制和表达,称为整合。56.线粒体DNA复制特点l 环形线粒体DNA两条链(H和L)的复制不同步;l 线粒体DNA复制开始以H链作为模板合成新的L链,取代原来的L链并和H链互补,而原来的L链则保持单链状态,形成类似英文字母D的区域;l 两条链具有不同的复制起点和相反的合成方向;l 线粒体DNA复制也需要RNA引物。57.化学诱变剂的细菌检测法(Ames)试验(1)材料:含有缺陷的沙门菌:组氨酸异养型,需加组氨酸才能生长。胞壁缺陷,化学物质易透入。修复系统不活化。(2)沙门菌具有回复突变性,即致癌物质能使之突变为能自身合成组氨酸的菌种,由此间接判断致癌物质的致癌能力。58.突变的分子改变类型包括:错配、缺失、插入、重排。59.DNA分子上的碱基错配称点突变,包括转换和颠换。l 转换:发生在同型碱基之间,即嘌呤代替另一嘌呤,或嘧啶代替另一嘧啶。l 颠换:发生在异型碱基之间,即嘌呤变嘧啶或嘧啶变嘌呤。60.缺失或插入都可导致框移突变,即三联体密码的阅读方式改变,造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变。61.DNA损伤(突变)可能造成两种结果:导致复制或转录障碍;导致复制后基因突变62.DNA损伤修复途径修复途径修复对象参与修复的酶或蛋白光复活修复嘧啶二聚体光修复酶(DNA光裂合酶)碱基切除修复受损的碱基DNA糖基化酶核苷酸切除修复嘧啶二聚体、DNA螺旋结构的改变大肠杆菌中UvrA 、UvrB 、UvrC 和UvrD,人的XP(AG)系列蛋白错配修复复制或重组中的碱基配对错误E.coli:MutH、MutL、MutS,人的MSH、MLH重组修复双链断裂RecA损伤跨越修复大范围的损伤或复制中来不及修复的损伤RecA、DNA聚合酶63.碱基切除修复DNA糖基化酶水解去除受损的碱基;无碱基位点核酸内切酶将DNA链的磷酸二酯键切开,去除剩余的磷酸核糖部分;DNA聚合酶合成互补序列;DNA连接酶将切口重新连接。64.核苷酸切除修复酶系统识别DNA损伤部位;损伤两侧切开DNA链,去除两个切口之间受损的寡核苷酸;DNA聚合酶作用下合成新DNA,填补缺损区;由连接酶连接,完成损伤修复。65.核苷酸切除修复不仅能够修复整个基因组中的损伤,而且能修复正在转录的模板链损伤,即参与转录偶联修复。66.着色性干皮病患者缺乏核酸内切酶,不能修复被紫外线损伤的皮肤的DNA。67.由错误的模板复制的子链带有错误甚至缺口,这种损伤需以重组方式修复。重组蛋白RecA的核酸酶活性将另一股健康母链与缺口部分进行交换,以填补缺口。68.当DNA损伤广泛难以继续复制时,需要SOS修复,这种修复特异性低,对碱基的识别、选择能力差。会使DNA保留的错误较多,导致较广泛、长期的突变。69.人类遗传性非息肉大肠直肠癌是由于MLH1和MSH2基因突变,导致错配修复、转录偶联修复缺陷而引起。70.BRCA基因参与DNA损伤修复的启动,细胞周期调控。BRCA1发生突变而失活导致家族遗传性乳腺癌和卵巢癌。十六、RNA的生物合成*1.生物体以DNA为模板合成RNA的过程称为转录。2. RNA依赖的RNA合成是RNA复制,由RNA依赖的RNA聚合酶催化,常见病毒RNA的复制。*3.复制和转录的相似之处l 都以DNA为模板l 都需依赖DNA的聚合酶l 都是核苷酸之间生成磷酸二酯键l 都从5至3方向延伸聚核苷酸链l 都遵从碱基配对规律*4.复制和转录的区别复制转录模板两股链均复制,全部基因组被复制仅模板链转录(不对称转录),对一种细胞来说仅部分基因转录原料dNTPNTP酶DNA聚合酶RNA聚合酶产物模板半保留的子代双链DNAmRNA,tRNA,rRNA等配对A-T,G-CA-U,T-A,G-C5.DNA分子上转录出RNA的区段,称为结构基因。转录时DNA双链中作为RNA合成模板一股单链,称为模板链,相对的另一股单链是编码链。6.在DNA分子双链上,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录,这种模板选择性称为不对称转录(asymmertric transcription)。在DNA的不同区段,模板链并非永远在同一条单链上。7. RNA合成的总反应式:( NMP )n NTP ( NMP ) n+1 PPi8.RNA聚合酶能直接启动转录起始点的两个核苷酸间形成磷酸二酯键,RNA链的起始合成不需要引物。9.E.coli的RNA聚合酶是由、亚基组成的五聚体蛋白质。亚基*分子量功能36512决定被转录的基因150618催化聚合反应155613结合模板链,双螺旋解链70263辨认起始点,结合启动子10. RNA pol的4个主要亚基(2)称为核心酶。亚基与核心酶共称全酶。转录起始需要全酶,转录延长阶段则仅需要核心酶。11.70是辨认典型转录起始点的蛋白质;32是应答热刺激而诱导产生的,能够辨认热休克基因(hsp)的转录起始点上游序列及启动其转录的因子。12.转录是分区段进行的,每一转录区段可视为一个转录单位,称为操纵子。操纵子包括若干个结构基因及其上游的调控序列。*13.调控序列中的启动子是RNA pol结合模板DNA的部位,也是控制转录的关键部位。原核生物以RNA pol全酶结合到DNA的启动子上而起动转录,其中由亚基辨认启动子,其他亚基相互配合。14.对启动子的研究,常采用RNA聚合酶保护法:将提取的DNA与提纯的RNA聚合酶混合,再加入核酸外切酶,使大部分DNA链被水解,启动子序列得以保留。15.若以转录起点为+1,用负数表示其上游的碱基序号,则-35区有一致性序列TTGACA。而-10区的一致性序列则为TATAAT,又称为Pribnow盒。16.转录起始(1)RNA pol识别并结合启动子,形成闭合转录复合体。 首先被辨认的DNA区域是-35区的TTGACA序列,接着酶移向-10区的TATAAT序列并跨过转录起始点。(2)DNA双链打开,闭合转录复合体成为开放转录复合体。(3)第一个磷酸二酯键形成。 转录起始不需要引物。转录起始生成第一位的RNA多是ATP或GTP,又以GTP更常见,生成的聚合物是5-pppGpN OH 3 。17.第一个磷酸二酯键生成后,转录复合体构象发生改变,s亚基从转录复合体上脱落,并离开启动子,RNA合成进入延长阶段。18.转录时解链范围约为17bp,称为转录泡。转录产物3 端与模板DNA保持结合状态,形成8bp的RNA-DNA杂合双链,5 端则脱离模板向空泡外伸展。19.电镜下,原核生物转录过程中存在羽毛状现象,说明原核生物RNA链的转录尚未完成,已经作为模板进行翻译。20.RNA pol在DNA模板上停顿下来不再前进,转录产物RNA链从转录复合物上脱落下来,就是转录终止。分为依赖因子的转录终止和非依赖因子的转录终止。21.因子是由相同亚基组成的六聚体蛋白质,能结合RNA,对poly C的结合力最强。22.因子能识别产物RNA上的终止信号,并与之结合。使因子和RNA聚合酶都可发生构象变化,从而使RNA聚合酶停顿,解螺旋酶的活性使DNA/RNA杂化双链分离,利于产物从转录复合物中释放。23.DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列(寡聚U),转录出RNA后,RNA产物形成特殊的结构(茎环/发夹)来终止转录,称为非依赖因子的转录终止。24.茎环结构可能改变RNA聚合酶的构象;多聚U则促使RNA产物从模板上脱落。25.真核生物具有3种不同的RNA聚合酶:RNA Pol、。种类转录产物对鹅膏覃碱的反应细胞内定位45S rRNA耐受核仁hnRNA敏感核内5S rRNA、tRNA、snRNA高浓度敏感核内26.RNA pol 最大亚基的羧基末端有一段Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser的7个氨基酸共有重复序列,称为羧基末端结构域(CTD)。27.所有真核生物的RNA聚合酶都具有CTD,只是共有序列的重复程度不同。而CTD的可逆磷酸化在转录起始时有重要作用。28.不同物种、不同细胞或不同的基因,转录起始点上游可以有不同的DNA序列,包括启动子、增强子等,统称为顺式作用元件(cis-acting element)。29.能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质,称为反式作用因子(trans-acting factors)或转录因子(TF)。其中直接或间接结合RNA聚合酶的,则称为基本转录因子。TFDTBP亚基结合TATA盒TFH解旋酶;催化CTD磷酸化30.真核生物转录起始前复合物形成过程中,RNA pol不与DNA分子直接结合,而需依靠众多的转录因子:TFD中的TBP识别TATA盒,然后TFB与TBP结合,同时也与DNA结合。TFA稳定与DNA结合的TFB-TBP复合体。TFB-TBP复合体与RNA pol -TFD复合体结合。TFE和TFH加入,形成闭合复合体。31. RNA pol 催化的hnRNA的转录终止与poly尾的形成同时发生。32.密码子编码区的下游,有一组共同序列AATAAA,再远处下游还有许多GT序列,这些序列就是hnRNA的转录终止相关信号,称为修饰点。*33. RNA pol 会把修饰点转录出来,产物中的修饰点序列会被特异的核酸酶识别并切断,随即在3-OH上加入poly尾结构。34.加帽过程:新生RNA的5-端核苷酸的-磷酸被水解,与另一分子GTP的5-端在鸟苷酸转移酶催化下形成5, 5-三磷酸键。SAM提供甲基,使加上去的鸟嘌呤的N7和新生RNA的5端核苷酸的核糖2-O甲基化。35.帽子结构功能:有助于mRNA越过核膜;保护5-端不被降解 ;翻译时供IF(起始因子)和核糖体识别。36.加入polyA之前,先由核酸外切酶切去前体mRNA3-端的一些核苷酸,然后由多聚腺苷酸聚合酶(PAP)催化加入poly A。而断裂点的上游1030nt有AAUAAA信号序列。37.尾部修饰和转录终止同时进行。polyA的有无和长短,是维持mRNA作为翻译模板的活性以及增加mRNA本身稳定性的因素。38.mRNA来自hnRNA,而hnRNA和DNA模板可以完全配对。hnRNA中被剪接去除的核酸序列为内含子序列;在断裂基因及其初级转录产物上出现,并表达为成熟RNA的核酸序列为外显子序列。*39.内含子的分类i. 存在于线粒体、叶绿体及某些低等真核生物的催化自我剪接的 rRNA;ii. 线粒体、叶绿体中催化自我剪接的mRNA前体和tRNA前体;iii. 前体mRNA中常见的形成套索结构后被剪接的内含子;iv. 剪接过程需酶及ATP的tRNA基因及其初级转录产物中的内含子40.大多数内含子都以GU为5端的起始,而其末端则为AG-OH-3。 5GUAG-OH-3称为剪接接口或边界序列。41.剪接体由5种核小RNA(snRNA)和蛋白质装配而成,snRNA分子中的碱基以尿嘧啶含量最丰富,以U作为分类命名包括U1、U2、U4、U5、U6,每种snRNA分别与多种蛋白质结合,形成5种小分子核糖核酸蛋白体(snRNP)。42.剪接体形成过程:U1与 U2的部分序列分别和5剪接点与分支点A附近的序列互补结合;U4、U5、U6加入,形成完整的剪接体;释放U1、U4、U5,U2、U6形成催化中心,发生转酯反应。43.剪接过程的二次转酯反应:分支点A的 2-OH进攻第一个外显子与内含子之间的磷酸二酯键,原有的磷酸二酯键断裂,同时与内含子序列的5端形成新的磷酸二酯键,形成套索结构第一个外显子的3-OH进攻内含子与第二个外显子之间的磷酸二酯键,相邻外显子连接释放套索结构的内含子44.RNA编辑是改变RNA前体的一些序列,使最终表达产物的序列与初始转录产物的序列不完全对应。又称RNA的分化加工。如:小肠黏膜细胞的胞嘧啶核苷酸脱氨酶能将ApoB基因转录出来的RNA上CAA中的C转变为U,变为终止密码子,最终翻译出分子量较小但仍具有生物学活性的ApoB48。45.真核生物前体mRNA具有2个以上的多聚腺苷酸化位点,使前体mRNA通过可变剪接(选择性剪接)产生不同的mRNA。46.tRNA的转录后加工(1)RNAse P切除5-端的核苷酸前导序列;(2)RNAse D切除3-端的2个U,再由核苷酸转移酶加上CCA末端;(3)碱基的化学修饰; 1)嘌呤甲基化生成甲基嘌呤,A Am; 2)尿嘧啶还原为二氢尿嘧啶,U DHU; 3)尿嘧啶核苷转变为假尿嘧啶核苷,U ; 4)腺苷酸脱氨成为次黄嘌呤核苷酸,A I。(4)核酸内切酶催化剪接切除内含子形成反密码子环。47.真核生物的45S rRNA通过“自剪接”机制,形成18S、5.8S、28S的rRNA。 48.核酶作用的特异性位点是GUC序列。十七、蛋白质的生物合成*1.蛋白质以mRNA为模板合成,mRNA上来自DNA基因编码的核苷酸序列转换为蛋白质中的氨基酸序列,称为翻译。2.蛋白质生物合成体系基本原料20种编码氨基酸酶氨基酰-tRNA合成酶、转肽酶模板mRNA蛋白质因子起始、延长、释放因子适配器tRNA能源物质ATP、GTP装配机核蛋白体无机离子Mg2+、 K+3.从mRNA 5-端起始密码子AUG到3-端终止密码子之间的核苷酸序列,称为开放阅读框架。4.原核生物只有一条DNA链,所有结构基因集中在一条链上,故原核生物的mRNA呈现多顺反子,真核生物的mRNA呈现单顺反子。顺反子即为由结构基因转录出来的RNA序列。5.在mRNA的开放阅读框架,每3个相邻的核苷酸为一组,编码一种氨基酸,称为一个三联体密码子。6.遗传密码特点:方向性:翻译从mRNA的起始密码子开始,按53逐一阅读,直至终止密码子。连续性:mRNA的密码子之间无间隔核苷酸;密码子被连续阅读,不交叉。简并性:有的氨基酸可由多个密码子编码。两种氨基酸仅由一个密码子编码:甲硫氨酸(AUG)、色氨酸(UGG)。减少有害突变,遗传密码的特异性主要取决于前两位碱基。摆动性:密码子与tRNA的反密码子配对不严格遵循碱基配对原则,发生于反密码子的第1位碱基和密码子的第3位碱基之间的配对。例如:5 32A3C/U1U(3U) (2A) (1G)35tRNA反密码子第1位碱基mRNA密码子第3位碱基IU、C、AUA、GGU、CAUCG通用性:生物基本使用同一套密码子。7.各种氨基酸的密码子数目氨基酸密码子数目氨基酸密码子数目Met、Trp1Ala、Gly、Pro、Thr、Val4Ile3Arg、Leu、Ser6其余的由2个密码子编码。8.在开放阅读框中插入或缺失12个碱基的基因突变,使后续的氨基酸序列大部分被改变,蛋白质功能彻底丧失,称为移码突变。9.终止密码子包括:UGA、UAA、UAG;起始密码为:AUG。10.tRNA与氨基酸结合的部位是氨基酸臂的-CCA末端的腺苷酸3-OH。11.原核生物核糖体上有A位、P位、E位,A位结合氨基酰-tRNA;P位结合肽酰-tRNA;E位是出口位。真核生物的核糖体上没有E位,空载tRNA直接从P位脱落。12.由氨基酰-tRNA合成酶催化,氨基酸与特异的tRNA结合形成氨基酰-tRNA的过程称为氨基酸活化,为耗能反应。13.每个氨基酸活化需要消耗2个来自ATP的高能磷酸键。总反应如下:氨基酸tRNAATP 氨基酰-tRNA合成酶 氨基酰-tRNAAMPPPi14.氨基酸活化分为3步:氨基酰-tRNA合成酶催化ATP分解为焦磷酸与AMP;AMP、酶、氨基酸三者结合为中间复合体;复合体中的氨基酸与tRNA分子的3-CCA末端上的腺苷酸核糖的2或3的游离羟基以酯键结合,形成氨基酰-tRNA。15.各种氨基酸和对应的tRNA结合后形成的氨基酰-tRNA表示为:氨基酸的三字母缩写-tRNA氨基酸的三字母缩写如:丙氨酰-tRNA:Ala-tRNAAla 16.氨基酰-tRNA合成酶还具有校对活性,将错误的氨基酰-AMP-E复合物或氨基酰-tRNA的酯键水解,再换上与密码子相对应的氨基酸。17.结合于起始密码子的是专门的起始氨基酰-tRNA。原核生物的为fMet-tRNAfMet,其中的Met被甲酰化;真核生物为tRNAiMet,可在mRNA的起始密码子AUG处就位。18.翻译的起始是指mRNA、起始氨基酰-tRNA、核糖体结合成翻译起始复合物的过程。消耗一分子高能磷酸键。19.原核生物翻译起始复合物的形成核糖体大、小亚基分离;l IF的作用是稳定大、小亚基的分离状态。核糖体小亚基结合于mRNA的起始密码子附近;l mRNA的起始AUG上游约813核苷酸处,存在共有序列-AGGAGG-,称为核糖体结合位点(RBS),又称S-D序列;l mRNA上邻近RBS下游有一段可被小亚基蛋白rpS-1识别并结合的核苷酸序列。fMet-tRNAfMet结合在核糖体P位;l fMet-tRNAfMet GTP-IF-2结合在mRNA的AUG处。核糖体大亚基结合形成起始复合物。l 结合于IF-2的GTP被水解,释放能量促使3种IF释放,大亚基与结合了mRNA、fMet-tRNAfMet的小亚基结合,形成翻译起始复合物。20.真核生物翻译起始复合物的形成核糖体大、小亚基分离;l eIF-2B、eIF-3、eIF-6参与下,核糖体解离成大、小亚基。Met - tRNAiMet定位结合于小亚基P位;l eIF-2B作用下,eIF-2与GTP结合,再与Met - tRNAiMet结合于小亚基,GTP水解释放出GDP- eIF-2,形成43S前起始复合物。mRNA与核糖体小亚基定位结合;l eIF-4E结合在mRNA的5-帽结构,eIF-4G结合多聚A尾结合蛋白PAB,协助Met - tRNAiMet识别起始密码。核糖体大亚基结合21.翻译的延长(核糖体循环)就是在核糖体上重复进行的进位、成肽、转位的循环过程,每完成一次,肽链上增加1个氨基酸残基。22.进位(注册)是指一个氨基酰-tRNA按照mRNA模板进入并结合到核糖体A位的过程。氨基酰-tRNA进位时需要先形成GTP复合物。核糖体对氨基酰-tRNA的进位有校正作用。23.成肽是指肽基转移酶催化P位上的甲硫氨酰或肽酰与新进位的氨基酰-tRNA的-氨基结合。转肽酶的化学本质是RNA,属于一种核酶,位于核糖体的大亚基上。24.转位的结果是P位tRNA上的氨基酸或肽交给A位上的氨基酸,空载的tRNA从核糖体直接脱落;位于A位的肽酰-tRNA转到P位上;A位空出,接受新的对应的氨基酰-tRNA。25.肽链延长阶段中,每生成一个肽键消耗2个高能磷酸键(GTP),加上氨基酸活化消耗2个高能磷酸键,故蛋白质合成过程中,每生成1个肽键,平均消耗4个高能磷酸键。26.原核生物蛋白质合成的能量计算步骤P供能物质氨基酸活化2ATP起始1GTP延长2GTP终止1GTP原核生物合成一条含n个氨基酸的肽链,需要消耗P为2n12(n1)14n27.释放因子(RF)能识别终止密码子进入A位,识别过程需要水解GTP。RF的结合使核糖体构象改变,肽基转移酶的活性变为酯酶活性,水解肽链与tRNA之间的酯键。28.由多个核糖体结合在1条mRNA链上同时进行肽链合成所形成的聚合物称为多聚核糖体。使蛋白质生物合成以高速度、高效率进行。29.原核生物肽链合成蛋白质因子起始因子IF-1占据A位,防止A位结合其他RNAIF-2促进fMet-tRNAfMet与小亚基结合IF-3促进大小亚基分离延长因子EF-Tu促进氨基酰-tRNA进入A位,结合并分解GTPEF-Ts调节EF-TuEF-G转位酶,促进mRNA-肽酰- tRNA由A位P位释放因子RF-1识别UAA、UAG,诱导转肽酶转变为酯酶RF-2识别UAA、UGA,诱导转肽酶转变为酯酶RF-3GTP酶活性30.真核生物肽链合成蛋白质因子起始因子eIF-2B结合小亚基,促进大、小亚基分离eIF-3结合小亚基,促进大、小亚基分离eIF-6促进大、小亚基分离eIF-2促进Met - tRNAiMet与小亚基结合eIF-4B结合mRNA,协助mRNA扫描定位起始AUGeIF-4AeIF-4F成分,解除mRNA的5端发夹结构,使其与小亚基结合eIF-4EeIF-4F成分,识别结合mRNA的5-帽结构eIF-4GeIF-4F成分,结合eIF-4E、eIF-3和PABeIF-1参与翻译多个步骤eIF-5促进各种起始因子从小亚基解离延长因子eEF-1促进氨基酰-tRNA进入A位,结合并分解GTPeEF-1起调节作用eEF-2转位酶,促进mRNA-肽酰- tRNA由A位P位释放因子eRF识别所有终止密码子31.蛋白质合成后在细胞内被定向输送到其发挥作用部位的过程称为蛋白质靶向运输。32.分子伴侣是细胞内一类可识别肽链的非天然构象,促进各功能域和整体蛋白质的正确折叠的保守蛋白质。可逆地与未折叠肽段的疏水部分结合随后松开,如此重复进行可防止错误聚集发生。识别并结合错误聚集的肽段,使之解聚后,再诱导其正确折叠。识别并切断肽链中错误生成的二硫键,并形成正确的二硫键。33.分子伴侣包括热激蛋白和伴侣蛋白。34.热激蛋白包括HSP70、HSP40和Grp E。ATP存在下,Dna J和Dna K的相互作用可抑制肽链聚集,Grp E则作为核苷酸交换因子控制Dna K的ATP酶活性。35.HSP70又称为Dna K蛋白,有两个功能域:N-端的ATP酶结构域,能结合和水解ATP;C-端的肽链结合结构域。36.伴侣蛋白Gro EL和Gro ES为非自发性折叠肽链提供能折叠成天然空间构象的微环境。37.催化蛋白质功能构象形成所必需的酶称为异构酶:蛋白质二硫键异构酶:催化错配二硫键断裂并形成正确二硫键连接。肽酰-脯氨酸顺反异构酶:使肽链在各脯氨酸弯折处形成正确折叠。38.新生肽链N端的会被脱甲酰基酶切除N-甲酰基而保留甲硫氨酸,或者被氨基肽酶水解去除N-甲酰甲硫氨酸。39.肽链中氨基酸残基的化学修饰磷酸化丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸N-糖基化天冬酰胺O-糖基化丝氨酸、苏氨酸羟基化脯氨酸、赖氨酸甲基化精氨酸、赖氨酸、组氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸乙酰化赖氨酸、丝氨酸40.靶向输送的蛋白质一级结构中存在分选信号,可引导蛋白质转移到细胞的适当靶部位,称为信号序列。41.细胞内分泌型蛋白质的合成与转运同时发生。信号肽首先被合成,被SRP识别,SRP结合到核糖体上,翻译暂停;SRP识别内质网上SRP受体,引导SRP-核糖体复合物结合到内质网上;肽转位复合物形成蛋白质通道,合成中的肽链穿过内质网膜进入内质网腔;SRP脱离核糖体,肽链继续延长;信号肽在内质网内被信号肽酶切除;肽链在内质网中折叠形成最终构象。42.内质网定位的蛋白质肽链的C-端含有滞留信号序列。线粒体基质定位的蛋白质前体的N端有前导肽。43.被靶向输送的细胞核蛋白质其肽链内含有核定位序列(NLS)44.细胞核蛋白质的靶向输送需要核输入因子异二聚体和低分子量G蛋白RAN。细胞核蛋白质与核输入因子异二聚体形成复合物;RAN水解GTP释能,复合物经核孔进入细胞核基质;核输入因子、先后从复合物中解离,移出核孔再利用。45.抗生素及其作用抗生素作用位点作用原理伊短菌素、密旋霉素核糖体小亚基引起mRNA在核糖体上错位,阻碍翻译起始复合物形成晚霉素23S rRNA阻止小亚基与fMet-tRNAfMet结合四环素原核核糖体小亚基抑制氨基酰-tRNA与小亚基结合链霉素、新霉素原核核糖体小亚基改变构象引起读码错误氯霉素原核核糖体大亚基阻止转肽酶催化肽键形成林可霉素原核核糖体大亚基阻止tRNA在A位、P位就位抑制肽键形成红霉素原核核糖体大亚基结合核糖体肽链排出通道,阻止新生肽链排出嘌呤霉素真核、原核核糖体取代酪氨酰-tRNA进入A位,中断肽链合成放线菌酮真核核糖体大亚基抑制转肽酶活性夫西地酸、微球菌素EF-G抑制EF-G、阻止转位大观霉素原核核糖体小亚基阻止转位十八、基因表达调控1.基因表达是基因经过转录、翻译,产生具有特异生物学功能的蛋白质分子、rRNA或tRNA的过程。*2.基因表达调控是细胞或生物体在接受内外环境信号刺激时,或适应环境变化过程中在基因表达水平上作出应答的分子机制。*3.在某一特定时期或生长阶段,基因组中只有一小部分基因处于表达状态。个体某种功能的基因产物在细胞中的数量随着时间、环境而变化。4.按功能需要,某一特定基因的表达严格按特定的时间顺序发生,就是基因表达的时间特异性。多细胞生物表现为与分化、发育阶段一致,又称阶段特异性。5.甲胎蛋白(AFP)基因在胎儿肝细胞中活跃表达,成年后表达水平很低,几乎检测不到AFP。当肝细胞转化成肝癌细胞,基因重新被激活,大量AFP被合成。故AFP作为肝癌早期诊断指标。6.在个体生长全过程,某种基因产物在个体的不同组织或器官表达是基因表达空间特异性。又称细胞特异性或组织特异性。7.基因表达的种类和强度(即基因表达谱),决定了细胞的分化状态和功能。8.基因表达的方式(1)基本表达 某些基因在一个个体的几乎所有细胞中持续表达,通常被称为管家基因。管家基因的表达称为基本(组成性)基因表达。(2)诱导表达 在特定环境信号刺激下,相应的基因被激活,基因表达产物增加,这种基因称为可诱导基因。可诱导基因在特定环境中表达增强的过程称为诱导。(3)阻遏表达 如果基因对环境信号应答时被抑制,这种基因是可阻遏基因。可阻遏基因表达产物水平降低的过程称为阻遏。(4)协同表达 在一定机制控制下,功能上相关的一组基因,无论其为何种表达方式,均需协调一致、共同表达。这种调节称为协调调节。*9.基因表达调控的生物学意义l 适应环境、维持生长和增殖l 维持个体发育与分化10.原核生物通过操纵子机制调控基因表达;真核生物通过顺式作用元件调控基因表达。11.操纵子通常由2个以上的编码序列与启动序列、操纵序列以及其他调节序列在基因组中成簇串联组成。12.操纵序列是调控蛋白的结合位点。调控蛋白调节基因编码,分为三类:特异因子决定RNA聚合酶对一个或一套启动序列的特异性识别和结合能力;阻遏蛋白识别、结合操纵序列后,阻碍RNA聚合酶与启动子结合或使RNA聚合酶不能前进,介导负性调节。激活蛋白可提高RNA聚合酶与启动子的结合能力,增强转录活性,介导正性调节。13.顺式作用元件是与结构基因表达调控有关,能够被调控蛋白特异性识别和结合的DNA序列,包括启动子、增强子、沉默子。14.某一个基因表达的蛋白质特异地与另一个基因的顺式作用元件(DNA)作用,这样的蛋白质称为反式作用因子。15.有些基因产物可以特异地识别、结合自身基因的调节序列,称顺式作用蛋白。16.DNA-蛋白质和蛋白质-蛋白质相互作用是基因表达调控的分子基础。17.启动序列会影响其与RNA聚合酶的亲和力,特异调节蛋白通过DNA-蛋白质、蛋白质-蛋白质相互作用影响RNA聚合酶活性。18.原核基因转录调节的主要环节在转录起始,其特点为: 因子决定RNA聚合酶识别特异性 操纵子模型的普遍性 阻遏蛋白与阻遏机制的普遍性 多顺反子:一个mRNA分子编码多个多肽lacI IIICAPPlac Olac Zlac Ylac A19.乳糖操纵子含Z、Y、A三个结构基因,还有一个操纵序列O、一个启动子P、一个调节基因I。启动子上游还有CAP结合位点。20.乳糖操纵子受阻遏蛋白的负性调节(1)没有乳糖存在时,I序列表达的Lac阻遏蛋白与O序列结合,阻碍RNA聚合酶与P序列结合,转录受阻,乳糖代谢相关酶基本不合成。(2)有乳糖存在时,经-半乳糖苷酶催化生成半乳糖,结合阻遏蛋白,使阻遏蛋白与O序列解离,暴露P序列,转录得以进行。21.半乳糖类似物异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)是一种极强的诱导剂,能诱导阻遏蛋白与O序列解离。22.CAP分子内有DNA结合区和cAMP结合区,只有结合了cAMP的CAP才能与DNA结合。23.乳糖操纵子受CAP的正性调节(1)葡萄糖缺乏时,cAMP浓度高,cAMP与CAP结合后,CAP结合在CAP位点,刺激RNA转录活性。(2)葡萄糖存在时,cAMP浓度低,cAMP与CAP结合受阻,lac操纵子表达下降。24.乳糖操纵子的协同调节(1)当阻遏蛋白封闭转录时,CAP对该系统不能发挥作用;(2)如无CAP存在,即使没有阻遏蛋白与操纵序列结合,操纵子仍无转录活性。25.葡萄糖对lac操纵子的阻遏作用称分解代谢阻遏。26.色氨酸操纵子是阻遏操纵子,色氨酸作为辅阻碍物与阻碍蛋白形成复合物并结合到操纵序列上,关闭色氨酸操纵子。27.色氨酸操纵子的另一种基因表达调控机制为转录衰减,由前导序列L实现。前导序列称为衰减子。28.前导序列L结构特点:可以转录成一段含4个特殊序列的前导mRNA;序列1有独立的起始和终止密码子,可翻译为前导肽,前导肽的第10/11位为色氨酸;序列1和序列2、序列2和序列3、序列3和序列4之间存在互补序列,可以分别形成发夹结构;序列4下游有连续的U序列。29.转录衰减机制色氨酸浓度低时,前导肽的翻译因色氨酸不足而停滞在第10/11位,核糖体结合在序列1上,前导mRNA形成2/3发夹结构,不是转录终止结构,转录继续进行。色氨酸浓度高时,核糖体可以前进到序列2,发夹结构在序列3和序列4形成,连同下游的多聚U使转录终止。30.色氨酸浓度高时,原核生物通过阻碍作用和转录衰减机制共同关闭基因表达。31.调节蛋白结合mRNA靶位点,阻止核蛋白体识别翻译起始区,从而阻断翻译。调节蛋白一般作用于自身mRNA,抑制自身的合成,称为自我控制。32.反义RNA含有与特定mRNA翻译起始部位互补的序列,通过与mRNA杂交阻断30S小亚基对起始密码子的识别及与SD序列的结合,抑制翻译起始,称为反义控制。33.一个编码基因转录生成一个mRNA分子、经翻译生成一条多肽链,称为单顺反子。34. 真核基因表达调控特点(一)RNA聚合酶(RNA pol 、) TATA盒结合蛋白(TBP)为RNA聚合酶共有亚基。(二)活性染色体结构变化1)对核酸酶敏感 活化基因常有核酸酶超敏位点,位于调节蛋白结合位点附近。2)DNA拓扑结构变化 天然双链DNA均以负性超螺旋构象存在。3)组蛋白变化 组蛋白乙酰化,消除组蛋白与DNA的离子键结合,选择性地使染色质结构松散,有利于转录因子结合,增强表达水平。4)DNA碱基修饰变化 处于转录活化状态的基因CpG序列一般低甲基化,甲基化发生在胞嘧啶的5-C。(三)正性调节占主导 采用正性调节机制更精准,更经济。(四)转录与翻译分隔进行(五)转录后修饰、加工35.真核基因启动子是RNA聚合酶结合位点周围的一组转录控制组件,至少包括一个转录起始点以及一个以上的功能组件。典型的功能组件有TATA盒、CAAT盒、GC盒。36.增强子是指远离转录起始点、决定基因的时间、空间特异性表达、增强启动子转录活性的DNA序列,其作用方式通常与方向、距离无关。37.增强子的功能与特征增强子与被调控基因位于同一条DNA链上,属于顺式作用元件。增强子是组织特异性转录因子的结合部位。可以远距离实施调控,上游或下游。作用与序列的方向性无关。需要启动子才能发挥作用。没有严格专一性,同一增强子可以影响不同类型启动子的转录。38.沉默子是某些基因的负性调节元件,当其结合特异蛋白因子时,对基因转录起阻遏作用。39.转录调节因子也称为反式作用因子,分为基本转录因子和特异转录因子。40.基本转录因子是RNA聚合酶介导基因转录所必需的一组蛋白因子,决定三种RNA转录的类别。如:TFD是三种聚合酶的基本转录因子,是TBP和TAFs组成的复合物。41.特异转录因子为个别基因转录所必需,决定该基因表达的时间、空间特异性。包括转录激活因子(增强子结合蛋白)和转录抑制因子(沉默子结合蛋白)。42.转录调节因子至少包括DNA结合域和转录激活域;很多转录调节因子还包含蛋白质-蛋白质结合域,最常见的是二聚化结构域。43.DNA结合域主要有锌指模体、碱性螺旋环螺旋(bHLH)、亮氨酸拉链三种(1)锌指模体l 1个-螺旋和2个反向平行的-折叠的二级结构;l 每个-折叠上有1个Cys残基,-螺旋上有2个His或Cys残基,4个氨基酸残基与Zn2+形成配位键;l 与DNA的GC盒结合,结合在DNA双链分子的大沟。(2)碱性螺旋环螺旋l 有2个-螺旋,由一个短肽段形成的环所连接;l bHLH常以二聚体形式存在,嵌入DNA双螺旋的大沟内。l 环状结构中存在Ca2+结合位点(3)亮氨酸拉链 l 蛋白质C末端每隔6个氨基酸出现一个疏水性的Leu残基;l 形成的二聚体N末端富含碱性氨基酸,其正电荷与DNA骨架上的磷酸基团结合。44.转录激活域分为三类:酸性激活域、谷氨酰胺富含域、脯氨酸富含域。45.RNA合成后的加工、转运、降解,都通过RNA与蛋白质结合形成核蛋白体颗粒(RNP)进行。46.蛋白质产物可以调节mRNA的降解,如:铁转运蛋白受体(TfR)mRNA稳定性的调节决定于mRNA分子中3UTR(非编码序列)特定的重复序列,称为铁反应元件(IRE)。47.细胞内高铁浓度时,IRE可促进TfR mRNA的降解;细胞内铁不足时,IRE结合蛋白破坏TfR mRNA的降解作用,TfR mRNA的寿命延长。48.微小RNA(miRNA)是由具有发夹结构的约70 90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后形成的长约2123个碱基的单链小分子RNA。49.miRNA与其他蛋白质组成诱导沉默复合体(RISC),通过与靶mRNA分子的3端非编码区互补匹配,抑制mRNA分子的翻译。50.干扰小RNA(siRNA)通常是双链RNA(dsRNA),参与RISC组成,与特异的靶mRNA完全互补结合,导致靶mRNA降解阻断翻译过程。称为RNA干涉。51.siRNA和miRNA的差异比较miRNAsiRNA前体内源发夹环结构的转录产物内源或外源长双链RNA诱导产生结构单链分子双链分子功能阻遏其翻译降解mRNA 靶mRNA结合不需完全互补需完全互补生物学效应发育过程的调节抑制转座子活性和病毒感染52.RNA结合蛋白(RBP)是指那些能够与RNA特异序列结合的蛋白质,如IRE结合蛋白(IRE-BP)能调节铁蛋白和氨基酮戊酸(ALA)合酶的合成。53.IRE位于铁蛋白及ALA合酶mRNA的5UTR,铁浓度低时,IRE-BP结合IRE而阻碍40S小亚基与mRNA5端起始部位的结合;铁浓度高时,铁离子结合IRE-BP,使之不能结合IRE,翻译可以进行。二十、分子生物学技术*1.印迹技术将电泳分离的DNA片段变性成为单链;将硝酸纤维素(NC)膜放在电泳凝胶上,上置吸水纸,利用毛细作用使胶中的DNA转移到NC膜上;将载有DNA单链分子的NC膜放在杂交反应溶液中,溶液中互补DNA结合到NC膜上对应的DNA分子上。*2.探针(probe)是带有特殊可检测标记的核酸片段,具有特定的序列,能与待测的核酸片段互补结合,可用于检测核酸样品中- 配套讲稿:
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