PubMed数据库的使用.ppt
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1 科技信息检索与利用 西文综合检索工具之PubMed数据库的使用主讲 孙振领老师湘南学院图书馆2009 09 2 1 数据库资源介绍PubMed是位于美国国家医学图书馆 NationalLibraryofMedicine NLM 的美国生物技术信息中心 NationalCentralofBiologyInformation NCBI 于1997年研制开发的互联网上医学文献服务系统 可检索自1950年以来包括美国国家医学图书馆创建的MEDLINE数据库的期刊文献以及其它生命科学期刊中的生物医学论文 PubMed还提供了部分全文链接以及相关外部资源的链接 3 1 数据库资源介绍资源地址 http www ncbi nlm nih gov PubMed 资源介绍MEDLINE在PubMed中所有MEDLINE数据库的数据标识为 PubMed indexedforMEDLINE 4 MEDLINE数据库是NLM创建的有关世界医学领域中最重要的书目文献数据库 其中收录了1950年以来世界上70多个国家和地区的4500多种生物医学以及生命科学期刊 内容涉及生物医学各学科领域 数据库中每条记录都经由专业标引人员进行深层次的加工处理 特别是对医学文献进行了医学主题词与副主题词的标引 因此 数据库规范化程度很高 可以保证文献查快 查准 查全 数据库每周更新 5 PreMEDLINE每条记录都用 PubMED inprocess 标识 出版商提供的文献 PublisherSuppliedCitations 出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用 PubMed assuppliedbypublisher 标记表示 6 OldMedline1950 1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用 PubMed OLDMEDLINEforPre1966 标记表示 PubMednotMedlinePubMed收录Medline不收录的文献 记录中用 PubMed 标记表示 7 基本检索输入框 特征栏提供辅助检索功能 侧栏提供其他检索如期刊数据库检索 规范词数据库检索 特定文献检索 执行检索 PubMed主页 NCBI其它数据库资源 选择数据库 8 2 PubMed基本检索规则 在检索栏中输入 一个或多个检索词 系统默认空格为AND检索 如 placentagrowthoxygengenbacevo著者姓名 姓在前 名首字母在后 如 smithab刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如 clinexpimmunol布尔逻辑运算式 运算符须大写 如 Stem ti ANDneuroscience 9 多个检索词输入MooreAM撰写的有关接触性皮炎的文章 10 刊名的输入 字段限定来源于SO 11 著者检索mooream au 12 检索提问输入 仅检索有文摘的文献 13 2 PubMed基本检索规则 截词检索 treat 强迫短语检索 brca1 不再自动转换匹配和扩展检索 14 2 PubMed基本检索规则 自动转换检索词 automatictermmapping 自动对照以下四个辅助词表 MeSH词转换表 杂志名称转换表 作者索引表以及短语列表 依次寻找转换 如果输入词在四个表中都没有匹配 将会分割成较小的词组按照上述同样的顺序匹配 都没有匹配上 最后按照单个单词在所有字段中检索并把结果 AND 起来 15 如 输入stem ti ANDneuroscienceDetails显示 stem ti AND neurosciences TIAB NOTMedline SB OR neurosciences MeSHTerms ORneuroscience TextWord 16 自动扩展检索系统自动对主题词 副主题词进行扩展检索 如 输入 hypertensiontherapy 系统自动将高血压的药物治疗 饮食疗法 17 3 编制检索式 主题词型哮喘的药物治疗 asthma drugtherapy asthma drugtherapy手损伤的治疗 handinjuries surgery therapy handinjuries surgeryORhandinjuries therapy阿司匹林治疗心肌梗死 aspirin therapeuticuse myocardialinfarction drugtherapy aspirin therapeuticuseANDmyocardialinfarction drugtherapy 18 混合型检索舌根肿瘤的病理学 tongueneoplasms pathology tonguebase baseofthetongue tongueneoplasms pathologyAND tonguebase OR baseofthetongue 3 编制检索式 19 3 编制检索式 字段限制查找闻玉梅教授的文献Wenym au 查找JhonAdornWilliams撰写的文章WilliamsJA AU 查找英语综述文献english la ANDreview pt 20 4 PubMed记录字段说明 文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期 21 电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称 22 最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号 23 作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式 纸张或电子 参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码 24 5 PubMed的辅助检索 Limits 检索限制选择 字段限制 著者 刊名 篇名 滤过 filter原文收藏处 等数据输入时间 默认检索可回溯到1950年 限制选择30天 10年7种文献类型限制7种语种限制12种子文档 01年新增2种SpaceLifeSciencesandBioethics 25 作者限定 添加作者姓名输入框 清除限定 期刊限定 作者姓名索引选词 多作者逻辑匹配选项 全文 免费全文 摘要限定 日期限定 26 出版日期限定 入库日期限定 研究对象人 动物限定 研究对象性别限定 语种限定 子文档限定 文献类型限定 研究对象年龄限定 27 检索字段限定 执行检索 清除所有限定 28 Previw index 检索策略预览 浏览检索式改变检索式 可用检索式编号 1OR 2 浏览索引 index 29 检索预览 检索历史 索引加词检索 30 Index 索引字顺表 选择限制字段输入检索词 词根 在字顺表中选择检索词选用逻辑算符建立检索式点击GO 31 步骤3索引选词 步骤4确定与检索栏中检索提问的逻辑关系 步骤2输入待选词 步骤1点击预览和索引 32 History 检索史 检索式回顾编辑检索式如 3ANDchild 33 检索历史回顾 检索式 检索时间 检出篇数 检索式编号可替代检索式进行输入检索如 5AND 6 34 Details 匹配过程 显示检索词转换匹配运算详细过程用途 转换 确定规范词如 livercancer liverneoplasms修改检索策略 35 检索明细 数据库匹配过程 检索词转换 显示用户输入的检索式 36 数据库匹配过程 词转换 你输入的检索式 37 修改检索策略 检索框中随时修改 Limit Preview index History Details 功能实现 38 6 其他检索 MeshDatabase功能 确定规范检索词查看词义注释 树状结构表副主题词 扩展 主要主题词例 欲查肾衰竭的饮食疗法相关文献 39 基本检索肾衰竭的饮食疗法 40 结果中有些主要内容并非肾衰竭 41 MeSHDatabase规范主题词数据库检索肾衰竭饮食疗法课题 1 输入检索词 3 点按规范词可获详细注解 2 执行浏览 42 主题词注释 可选副主题词 限定作为主要主题词匹配 不进行下位词扩检 43 该主题词所替代的非规范词形式 主题词树形结构表 显示该词的学科隶属关系 44 通过MeSHDatabase检索的结果 其中41篇综述文献 检出结果更为专指 45 7 实例 查找Fk506与环孢素A对肾移植患者血脂的影响有关的文献要求 查找近5年的文献 语种为英文 2 期刊检索 从检索结果中选中的期刊 进一步了解其全称 出版情况及被出版商收录情况 3 检索式保存和调用 利用Cubby功能将本例的检索式保存下来 供今后检索时调用 46 检索提示 1 选词 本例的中英文关键词 Fk506 他罗利姆 环孢素A CyclosporineA 肾移植 KidneyTransplantation 血脂 bloodLipids 47 2 分析课题本例讨论的是肾移植患者服用Fk506和环孢素A两种抗排斥反应药物时对血脂的不良影响 故副主题词选择 副作用 两药的逻辑关系选择逻辑或 48 3 选择检索途径根据PubMed数据库的功能和特点选择主题词和自由词两条途径主题词 1Fk506 adverseeffects 2CyclosporineA adverseeffects自由词 3KidneyTransplantation 4BloodLipids 49 4 综合检索式 1OR 2 AND 3AND 45 实际检索时分步进行 最后通过History进行逻辑组配 6 通过Limits从时间和语种方面进行限定 50 步骤1 选择数据库输入网址 http www ncbi nlm nih gov entrez query fcgi Pubmed主页 51 步骤2 简单检索 52 步骤3 浏览检索策略 53 步骤4 限定检索范围 54 步骤5 显示检索结果 55 步骤6 主题词检索 56 步骤7 主题词轮排索引 57 步骤8 主题词细节屏 1 58 步骤8 主题词细节屏 2 59 步骤8 主题词细节屏 3 60 步骤9 主题词检索框 61 步骤10 检索结果显示 1 62 步骤11 检索结果显示 2 63 步骤12 检索结果显示 3 64 步骤13 检索结果显示 4 全文内容浏览页面 65 步骤14 重复操作如步骤2输入自由词KidneyTransplantation如步骤6输入主题词CyclosporineA adverseeffects 66 步骤15 浏览检索史 1 67 步骤16 浏览检索史 2 68 步骤17 显示最终检索结果 69 步骤18 结果Citation格式 1 Citation格式 70 步骤18 结果Citation格式 2 71 步骤19 期刊检索 欲获取该期刊的全称和出版情况 选中复制 72 步骤20 期刊检索界面 73 步骤21 浏览刊名全称 1 74 步骤22 浏览刊名全称 2 75 步骤23 选择期刊列表 76 步骤24 浏览期刊列表 1 77 步骤25 浏览期刊列表 2 78 步骤26 输入欲保存的检索式 79 步骤27 登录到Cubby 80 步骤28 保存检索式 81 步骤29 浏览检索式 82 步骤30 调用检索式 83 8 检索结果输出 显示检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果 84 显示字段选择 Display Abstractreport 来源期刊 标题 著者 著者地址 记录性质 文献类型 勘误 评论 PMID或UI 摘要 CitationReport 显示除上述内容外 加MeSH叙词 化学物质名称 资助项目号等字段 MEDLINEReport 最完整 有标识符 85 显示格式选择 86 显示记录选择 单一记录 著者姓名所有记录 选display旁的格式 及每页显示记录数选定记录 方框内打钩 87 可获电子全文的链接 88 输出格式选择 sendto 选中题录 或文摘 后Text当前网页文本格式 用浏览器文件保存File所有记录纯文本格式保存 用对话框保存Clipboad剪贴板 暂存需下载记录 多项检索后一起保存 最多允许存储500条 保留8小时 Email 通过邮件发送RSSFeed 检索结果的RSS订阅 通过安装网络聚合器可接收最新检索结果 不必再次检索 Other 全文传递服务等申请 需帐号 收费 89 90 Sendtotext 91 Sendtofile 92 SendtoE mail 93 Sendtoorder 94 LINKOUT 95 保存检索策略 Details中的URL 可以让检索匹配的详细策略放入检索框 该检索页面可以存储入浏览器收藏夹 MyNCBI Cubby 灰色栏中的功能按钮 存储在数据库的个人文档中 96 打印检索结果 1浏览器打印 当前显示的网页 2show功能键 增加网页显示的记录数3保存后一起打印 word 97 9 获取原文及相关资源 联机获取原文 linkout 文摘中超链图标 PMC 向NLM索取原文 order 由图书馆出面向成员馆订购 相关文献查找 relatedarticle 其他数据库资源 生物信息学等 98 谢谢大家- 配套讲稿:
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