chechcifAB类错误说明要点

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1、关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份-1-3关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明，共8份-1一般分为8类，分别为：# _0 xx-general# _1xx-cell/symmetry# _2xx-adp-related# _3xx-intrageometry# _4xx-intergeometry# _5xx-coordinationgeometry# _6xx-voidtests# _7xx-varioustest下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家，希望能对您有所帮助！_201检测分子结构主体中各向同性的非氢原子，各向同性在通常的精修中并不常用，只是在处理无序

2、是才用到。202检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子211检测主体分子的NPDADPs。检测主体分子中各相异性参数中负值部分_212检测溶剂或阴离子分子的NPDADPs。 检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部_213主体分子中ADPmaximum/minimum比例检测，较大的值意味着无序没有处理。_214溶剂或阴离子中ADPmaximum/minimum比例检测，较大的值意味着无序没有处理。_220检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e.BrversusAg)_221检测非主体结构非氢原子Ueq

3、(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报_222检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报_223检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报_230,_233:Hirschfield刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数，无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样的结果。DELREF技术(e.g.DIFABS,SHELXA,XABS2)校正的数据通常对含重原子的键有较大的DELU值_241,_242检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(e

4、q)值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较，如果值太大，可能是原子定错了。_013:检测报告与衍射范围和数据的完整度_020:检测R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的R(int)没什么意义_021:检查观测衍射数目/期望数目的比值期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。对于中心对称的结构，期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。 超过这些数据可能是：对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修_022:检测完整度，检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率_023:Check分辨率。当sin(0)/入时0.皱布警告。_02

5、4:检测优化的平均Friedel对。对于含有比硅轻的原子的MoKa数据，平均Friedel对是优先的。SHELXL97精修中采用MERG4。_025:检查h,k,l范围_026:检查弱点，检查20以上的独立数据的衍射是否充分_030检测精修的消光参数是否有意义， 检测它的值是否明显大于相应的s.u。如果不是，这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33s.u_032检测Flack参数的S.U._033检测Flack参数偏离零的程度，即检查绝对构型的正确性。_040检查化合物中碳原子上是否有氢原子_041比较报道的与计算的总分子式ComparetheReportedandCalculat

6、edSumFormula_042比较报道的与计算的残基分子式ComparethereportedandCalculatedMoietyFormula_043比较报道的和计算的分子量CompareReportedandCalculatedMolecularWeight_044比较报道的和计算的分子量密度_045比较报道的和计算的Z值_046检测报道的乙MW,D(calc)是否一致_050检测给出的mu值051测试报道的和计算的mu的差别。_052测试吸收校正方法的条件_053测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件_054测试晶体尺寸中间值_055测试晶体尺寸最大值_056检

7、测晶体半径Testforspecificationxtal_radius_057检测必需的吸收校正Testforabsorptioncorrectionneeded_058检测规定的最大透过率Tmax_059检测规定的最小透过率Tmin_060RRTest_061RRTest_062RescaleTmin&Tmax_063测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。例外的情况是使用(3滤波器和足够大的准直仪。_064TestforT(max).GE.T(min)_065检测(半)经验吸收校正的应用情况estforapplicabilityof(semi-)empiricalabs.co

8、rr._070检测原子标签的重复情况Testforduplicateatomlabels_071检测是否有无法解释的标签_080检测最大的漂移/误差比值maximumshift/error_081检测给出的漂移/误差比值Testformaximumshift/errorgiven082检测合理的R1值_084检测合理的R2值R2一般是基于F2精修出的R1的两倍_086,_087检测合理的S值_088检测合理的Data/parameter比值（中心对称）_089检测合理的Data/parameter比值（非中心对称）_095检测给出的最大残余密度_096检测给出的最大残余密度_097检测给出的最

9、大残余密度_098检测给出的最小残余密度_099检测给出的小于0的最小残余密度_410,_413:检测分子键或分子内短程的H-H相互作用。当对称性错误的时候，空间群错误时（偏低或偏高）按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在，这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误（比如2代替了-T）,当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用1.2A的范德华半径来表示，对分子间弱相互作用警报发生于距离短于2.4A。对分子内来说，警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义，尤其是当氢原子按照理想

10、位置参与计算时_412&_413报告CH3H-atoms的相互作用，这些氢最好采用理论计算方法获取。_416:检测分子内D-H.H-D作用。主要与放错位置的无序有关_417:检测分子间D-H.H-D作用。主要与放错位置的无序有关_420:检测D-H没有受体用通常的氢键标准判断，氢键受体必须潜在。对OH和常见的-NHand-NH2很少有例外。通常出现的错误是：Acommon-OH上氢键指向有误。._430:检测D.A距离。通常在D.A距离小于范德华半径之和减去0.2时，会警报。431:检测Hl.D距离，检测与卤素有关的分子间的距离_432:检测分子间距离AlertlevelAPLAT031_AL

11、ERT_4_ARefinedExtinctionParameterwithinRange0.00SigmaAlertlevelBPLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X)Zn-O1.21.64suPLAT232_ALERT_2_BHirshfeldTestDiff(M-X)Zn-O2.12.23su后两个B类错误可以在-lst文件中BOND的下一行使用如写命令， 然后精修：ELMUZnO1ZnO2SIMU0.0070.001ZnO1ZnO2第一个问题在INS文件中把EXTI这行命令删掉再修就可以了AlertlevelBPLAT230_ALERT_2_BHir

12、shfeldTestDiffforC4-C29.7.42suPLAT024_ALERT_4_BMergingofFriedelPairsisSTRONGLYIndicated.第一个错误是由于键长偏差过大造成的。第二个错误提示精修中加入Merg3或者Merg4来合并FriedelParis,这个你要根据实际情况来确定是否需要进行合并FriedelParis.精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correctionmayberequired是什么意思？精修时还出现Extinction(EXTI)orsolventwater(SWAT)correct

13、ionmayberequired是什么意思？就是需要矫正系统消光在命令部分添加exti命令就可以了！1, _diffrn_measured_fraction_theta_fullLow0.90甚么意思？如何修改？谢谢数据完整度不够可以尝试删除高角度数据，看可能达到0.95以上弱弱地问：什么叫高角度数据？如何确定高角度数据？就是theta角比较大的数据，也就是分辨率比较高的数据。这些数据对确定晶体对称性非常关键。所以一般要求theta角能尽量大些。但是，实际上，高角度的衍射强度往往很弱，当你晶体不是很好的情况下，很多理论上的衍射点由于信噪比太低实验上不能探测到，所以造成最后计算的完整度可能偏小为

14、了达到发表文章的完整度最小要求0.95,有时候会删去部分高角度数据。但是也不能删得太厉害，因为分辨率也是有要求的（最最少要达到0.94Ang）。两者兼顾，都达标是比较理想的。用shel命令可删除高角度数据，如：SHEL500.84就是删除theta角大于25度，或分辨率小于0.84Ang的数据。（在Mox-ray中，theta25度对应的分辨率就是0.84Ang）2,求助B B类错误，谢谢！PLAT242_ALERT_2_BCheckLowUeqasComparedtoNeighborsforCl1这个如何改？?？没有必要处理这类错误，一般的化学杂志是不会介意的。这是由于C1原子周围的其它原子

15、热因子过大造成的。3, AlertlevelAPLAT213_ALERT_2_AAtomO1hasADPmax/minRatio5.80prolains中力口口令isorO14, PLAT080_ALERT_2_AMaximumShift/Error0.37修正轮数不够多MaximumShift/Error值应该接近于0,至少要在0.02以下5, PLAT220_ALERT_2_ALargeNon-SolventOUeq(max)/Ueq(min).7.95RatioPLAT222_ALERT_3_ALargeNon-SolventHUeq(max)/Ueq(min).7.78Ratio这二条

16、是指原子有较大的非正定，说明没有修正好可以考虑将这个有较大无序的O进行分比(如占位率0.5:0.5)再修。如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果，那只有重新采集数据了。H-H距离太近，如果有极合理的解释或许还能接受8AlertlevelB6,PLAT417ALERT2BShortInterD-H.H-DH6A.H7B1.53Ang.7,HirshfeldTestDiffforC1C27.53suins文件里加入delu0.02c1c2PLAT232ALERT2BHirshfeldTestDiff(M-X)Mn1O113.17suPLAT232ALERT2BHirshfeldTestDi

17、ff(M-X)Mn1N111.40suins文件里加delu0.02Mn1O1N1PLAT031ALERT4ARefinedExtinctionParameterwithinRange0.00Sigma在.ins中，除去extiPLAT223_ALERT_4_ALargeSolvent/AnionHUeq(max)/Ueq(min).7.81Ratio个别C的Ueq特别大，导致相连的H的Ueq特别大。赵导那些个C,考虑统计分布处理。PLAT731_ALERT_1_ABondCalc0.86(9),Rep0.851(10)9.00su-RaO31-H31A1.5551.555O的H就不要修了，让H31A跟在O31后，用AFIX3同时，删去dfix0.850.01o31h31a