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1、桃EST-SSR引物开发及其在部分蔷薇科物种中的通用性研究桃是世界上重要的经济果树和园林树种,同时也是蔷薇科木本模式植物,研究桃的种质资源和遗传背景具有重大意义。在当前，SSR标记仍然是研究植物物种种质资源和遗传背景的重要手段之一。然而，桃的可用SSFSI物数量稀少，蔷薇科其他物种的SSFI物数量更是寥寥无几。2013年,Verde等人基于桃的不同器官进行了转录组测序,汇总先前的研究后共提交到NCBI公共数据库有80797条无冗余ESTs序列，为桃EST-SSFSI物的大规模开发提供了丰富的序列资源。本研究先利用MISA软件对来自NCBI数据库的80797条EST序歹进行SSR位点挖掘，然后利
2、用primer3模块批量设计SSR引物，最后，采用PC敬术在12个不同类型的桃品种上分组随机验证了100对二核苷酸重复引物,在30个常见蔷薇科物种上分组随机调查了48对桃EST-SS图物的通用性。主要研究结论如下：EST-SSR位点挖掘利用CDhit软件对80797条无冗余EST序列的冗余率进行复查,发现冗余率仍有12.3%。用MISA软件对剩余70360条EST序歹进行SSR位点挖掘，发现有12519个SSR位点分布于10272条ESTs序列中,SSR位点出现频率为14.60%。SSR类型覆盖二核苷酸重复到六核苷酸重复的159种基序类型。其中,以单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复类型最
3、多,分别占35.80%、36.43%?口25.56%。此外,SSR基序重复次数越多，SSR位点分布频率越低。在基序长度相同的SSRs中，不同基序组成分布不均匀，并且对少数基序组成有偏好。（2）SSR引物设计利用primer3模块对12519条EST-SS殷计引物，得到4526对SSR引物，其中，常用的二核甘酸引物和三核甘酸引物合计有2598对引物开发效率只取决于EST-SSR基数的大小，引物开发总效率为36.15%，SSR-PCR验证分段抽选的100对SSR弓I物在12个不同类型的桃品种上扩增出237个条带,平均2.37个；79%的引物能够扩增出2个或2个以上的条带。期望杂合度变幅为0-0.7659,平均0.3817；观察杂合度变幅为0-0.9167,平均0.1230；引物鉴别力变幅为0-0.8056,平均0.4054。(4)通用性研究通用性分析表明：66.67%的SSR引物能够在30个蔷薇科物种上全部有效扩增，33.33%的SSR引物能够在30个蔷薇科物种中部分有效扩增。其中，引物018在16个物种上有缺失，是缺失率最高的引物；物种R30有7对引物没有扩增,是缺失程度最高的物种。95%以上的引物可以在66.67%以上的物种上得到有效扩增,90%以上的引物可以在93.33%的物种上得到有效扩增。
桃EST-SSR引物开发及其在部分蔷薇科物种中的通用性研究
