第二章蛋白质的结构

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1、第二章第二章 蛋白质的结构蛋白质的结构提纲提纲一、肽定义、分类和命名二、蛋白质的结构1.蛋白质的一级结构2.蛋白质的二级结构3.蛋白质的三级结构4.蛋白质的四级结构三、蛋白质的折叠历程1.蛋白质折叠的基本规律2.蛋白质折叠的历程 肽就是氨基酸之间通过-氨基和-羧基缩合以酰胺键或肽键相连的聚合物，它包括寡肽、多肽和蛋白质。构成肽的每一个氨基酸单位被称为氨基酸残基。各氨基酸残基以肽键相连形成的链状结构被称为肽链。肽的定义肽的定义 肽的命名和分类的主要依据是氨基酸残基的数目和组成。肽的分类可根据氨基酸残基的数目而直呼其为几肽。例如，2个氨基酸形成的肽称为二肽，3个氨基酸构成的肽称为三肽，以此类推。一

2、般将210个氨基酸残基组成的肽称为寡肽，由1150个个氨基酸残基组成的肽称为多肽，由50个个以上的氨基酸残基组成的肽通常被称为蛋白质。肽的分类和命名肽的分类和命名除了少数环状肽链以外，其它肽链都含有不对称的两端：其中含有自由-氨基的一端被称为氨基端或N端端，含有自由-羧基的一端称为羧基端或C端端。肽的化学结构与命名肽的化学结构与命名1830年，Mulder 研究生物体在去除糖、脂和盐等物质以后剩余的成分。1838年，Berzelius 使用蛋白质这个词。希腊语中的“Proteins”表示最重要的意思。蛋白质是氨基酸的线性多聚物（51aa）1958年，Watson提出“中心法则”：DNA RNA

3、 蛋白质（信息流）DNA的功能在于其一级结构；蛋白质的功能在其三维结构。蛋白质的一般概念蛋白质的一般概念 组成的多样性 大小的多样性 结构的多样性 功能的多样性蛋白质的多样性蛋白质的多样性蛋白质可能含有一条或多条肽链蛋白质可能含有一条或多条肽链1.一条多肽链-单体蛋白2.不止一条多肽链-寡聚蛋白:同源寡聚体-同种肽链异源寡聚体-两种或多种不同的肽链;血红蛋白是一种异源四聚体：2条链，2条链。蛋白质可能含有非蛋白质成分蛋白质可能含有非蛋白质成分1.多肽链+可能是辅助因子（金属离子、辅酶或辅基），也可能是其他修饰。2.例如，羧肽酶的辅助因子是Zn2+；乳酸脱氢酶的辅酶是辅酶I；血红蛋白的辅基是血红

4、素。蛋白质组成的多样性蛋白质组成的多样性蛋白质可大可小蛋白质可大可小胰岛素-A链（21aa）、B链（30aa），大小为5.7k大肠杆菌谷氨酰胺合成酶-12个亚基组成，每一个亚基含有 468aa。总大小为600k。连接素（connectin)：大小为28 00k!连接素：大小为2 100k,长达 1 000nm！蛋白质大小的多样性蛋白质大小的多样性蛋白质结构的多样性蛋白质结构的多样性1.一级结构一级结构(1):独特的氨基酸序列，由基因决定。2.二级结构二级结构(2):多肽链的主链骨架本身（不包括R基团）在空间上有规律的折叠和盘绕，它是由氨基酸残基非侧链基团之间的氢键决定的。3.三级结构三级结构(

5、3):是指多肽链在二级结构的基础上，进一步盘绕、卷曲和折叠，形成主要通过氨基酸侧链以次级键以及二硫键维系的完整的三维结构。4.四级结构四级结构(4)具有两条和两条以上多肽链的寡聚蛋白质或多聚蛋白质才会有四级结构。其内容包括亚基的种类、数目、空间排布以及亚基之间的相互作用。蛋白质的结构层次蛋白质的结构层次蛋白质的四个结构层次蛋白质的四个结构层次 是蛋白质的共价（肽键）结构 对于每一种蛋白质而言，都是独特的。由编码它的基因的核苷酸序列决定。是遗传信息的一种形式。书写总是从N端到C端。例如，胰岛素A链的一级结构是：Gly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Thr-Ser-Ile-Cys

6、-Ser-Leu-Tyr-Gln-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-Asn蛋白质的一级结构蛋白质的一级结构DNA:GGC ATT GTG GAA CAA TGC TGTmRNA:GGC AUU GUG GAA CAA UGC UGU蛋白质蛋白质:Gly-Ile-Val-Glu Gln -Cys-Cys一种蛋白质的一级结构由编码一种蛋白质的一级结构由编码它的基因的核苷酸序列决定它的基因的核苷酸序列决定具有部分双键的性质（40），其键长为0.133nm，介于一个典型的单键和一个典型的双键之间。具有双键性质的肽键不能自由旋转，与肽键相关的6个原子共处于一个平面，此平面结构被称为酰胺平面或肽平面

7、与C相连的两个单键可以自由旋转，由此产生两个旋转角多为反式，但是X-Pro是例外。N带部分正电荷，O带部分负电荷。肽键的结构与性质肽键的结构与性质肽键的双键性质肽键的双键性质肽平面上各个共价键的主要参数肽平面上各个共价键的主要参数肽平面及二面角肽平面及二面角 酰胺平面的存在，使得肽链中的任何一个氨基酸残基只有2个角度可以旋转。由C-N单键旋转的角度被称为(phi)，C-C单键旋转的角度被称为(psi)。当一条肽链上所有氨基酸残基的和确定以后，该肽链主链骨架的基本走向也就确定了。(,)为正值对应于从C观察时单键向顺时针旋转。如果值为零意味着 C=O 或 N-H 键平分R-C-H角。(,)=(0,

8、180)，2个羰基O太近;(,)=(180,0)，2个酰胺基重叠;(,)=(0,0)，羰基O与酰胺基重叠。酰胺平面对肽链结构的限制酰胺平面对肽链结构的限制E一个多肽的构象可通过以为横坐标、为纵坐标作图来表示，这种作图方法称为R拉氏作图法。在拉氏图上，每个氨基酸残基的（，）成为图中的一个点。理论上，和可以是0 180之间的任何值，但是，由于侧链R基团的限制，和值的变动并不是随意的。拉氏作图（拉氏作图（Ramachandran Plot）螺旋（alpha-helix）及其他螺旋折叠（beta-sheet）转角（beta-turn）突起（beta-bulge）环（loop）与无规则卷曲（random

9、 coil）前四种二级结构具有规律，反映在拉氏图上具有相对固定的二面角蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构不同二级结构的拉氏图不同二级结构的拉氏图 肽链骨架围绕一个轴以螺旋的方式伸展；螺旋形成是自发的，肽链骨架上由n位氨基酸残基上的-C=O与n4位残基上的-NH之间形成的氢键起着稳定的作用。被氢键封闭的环含有13个原子，因此螺旋也称为3.613-螺旋；每隔3.6个残基，螺旋上升一圈。每一个氨基酸残基环绕螺旋轴100，螺距为0.54nm，即每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm。螺旋的半径为0.23nm。角和角分别57 和47；螺旋有左手和右手之分，但蛋白质中的螺旋主要是右手螺旋；氨基酸残基的R基团位于

10、螺旋的外侧，并不参与螺旋的形成。但其大小、形状和带电状态却能影响螺旋的形成和稳定。螺旋的主要内容螺旋的主要内容表示表示螺旋的几种模型螺旋的几种模型 亲水-螺旋 疏水-螺旋 两亲-螺旋螺旋的种类螺旋的种类 肽段几乎完全伸展，肽平面之间成锯齿状；肽段呈现平行排列，相邻肽段之间的肽键形成氢键，其中的每一股肽段被称为股；侧链基团垂直于相邻两个肽平面的交线，并交替分布在折叠片层的两侧；肽段平行的走向有平行和反平行两种，前者指两个肽段的N-端位于同侧，较为少见，后者正好相反。由于反平行折叠所形成的氢键N-H-O三个原子几乎位于同一直线上，因此，反平行-折叠更稳定。反平行-折叠的每一个氨基酸残基上升0.34

11、7nm，正平行的每一个氨基酸残基上升0.325nm。-折叠的二面角（,）等于（119，+113）。折叠折叠的主要内容的主要内容折叠的片层结构和折叠的片层结构和股之间的氢键股之间的氢键两种两种折叠的结构比较折叠的结构比较 肽链骨架以180 回折而改变了肽链的方向；由肽链上四个连续的氨基酸残基组成，其中n位氨基酸残基的-C=O与n3位氨基酸残基的-NH形成氢键；Gly和Pro经常出现在这种结构之中；有利于反平行折叠的形成，这是因为转角改变了肽链的走向，促进相邻的肽段各自作为股，形成折叠。转角的主要内容转角的主要内容 凸起是由于 折叠的1个股中额外插入1个氨基酸残基，使原来连续的氢键结构被打破，从而

12、使肽链产生的一种弯曲凸起结构。凸起主要发现在反平行折叠之中，只有约5%出现在平行的折叠结构之中。凸起也能轻微地改变多肽链的走向。突起的主要内容突起的主要内容转角的两种类型转角的两种类型 在蛋白质分子中，除了上述四种有规则的二级结构以外，还有一些极不规则的二级结构，这些结构统称为无规则卷曲。一般说来，无规则卷曲无固定的走向，有时以环的形式存在，但也不是任意变动的，它的2个二面角（,）也有个变化范围。将相邻二级结构连结在一起的环结构（黄色）环与无规则卷曲环与无规则卷曲 三级结构是指多肽链在二级结构的基础上，进一步盘绕、卷曲和折叠，形成主要通过氨基酸侧链以次级键（有时还有二硫键和金属配位键）维系的完

13、整的三维结构。三级结构通常由模体（motif）和结构域（domain）组成。稳定三级结构主要包括氢键、疏水键、离子键、范德华力。蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构 X-射线晶体衍射 核磁共振影像（NMR）（少于120aa)。X射线衍射的电子密度图蛋白质晶体被还原出来的三维结构确定蛋白质三级结构的方法确定蛋白质三级结构的方法 结构生物学的模体有两种不同的用法：（1）是指在蛋白质或核酸一级结构上，特指具有特殊生化功能的特定氨基酸或碱基序列，因此被称为序列模体；（2）是指具有特定功能的或作为一个独立结构域一部分的相邻的二级结构的聚合体，它一般被称为功能模体或结构模体相当于超二级结构。常见模体（1）发夹

14、环两个反平行股由一个环相连；（2）折叠-螺旋-折叠，即；（3）卷曲螺旋和螺旋束两个或多个螺旋的聚合体；（4）螺旋-环-螺旋（EF手相）；（5）螺旋-转角-螺旋，即；（6）Rossmann卷曲；（7）希腊钥匙模体（模体（motif）发夹环发夹环卷曲螺旋卷曲螺旋四螺旋束四螺旋束螺旋-转角-螺旋螺旋-转角-螺旋与DNA的相互作用功能是与DNA序列特异性结合EF手相结构螺旋-环-螺旋功能是结合Ca 2+是在一个蛋白质分子内的相对独立的球状结构和/或功能模块，是由若干个结构模体组成的相对独立的球形结构单位，它们通常是独自折叠形成的，与蛋白质的功能直接相关。某些结构域在同一个蛋白质分子上被重复使用，某些蛋

15、白质由多个拷贝的一种和多种结构域组成。根据占优势的二级结构元件的类型，结构域可分为五类：（1）结构域完全由螺旋组成；（2）结构域只含有折叠、转角和不规则环结构；（3）/结构域由股和起连接的螺旋片段组成；（4）+-结构域由独立的螺旋区和折叠区组成；（5）交联结构域缺乏特定的二级结构元件，但由几个二硫键或金属离子起稳定作用。结构域（结构域（domain）E大肠杆菌的DNA 聚合酶具有三个结构域，分别具有三个不同的酶活性 具有两条和两条以上多肽链的寡聚或多聚蛋白质才会有四级结构。组成寡聚蛋白质或多聚蛋白质的每一个亚基都有自己的三级结构。四级结构内容包括亚基的种类、数目、空间排布以及亚基之间的相互作用

16、。四级结构的优势四级结构四级结构 一级结构决定高级结构；蛋白质的折叠伴随着自由能的降低（20.92J/mol 83.68J/mol），但是蛋白质折叠并不是通过随机尝试找到自由能最低的构象的；蛋白质的折叠是协同和有序的过程；驱动蛋白质（特别是球状蛋白质）折叠的主要作用力是疏水键，其他次级键也有作用；在细胞内，不同的蛋白质可能具有不同的折叠路径 体内绝大多数蛋白质折叠需要分子伴侣的帮助；某些蛋白质折叠还需要蛋白质二硫化物异构酶（PDI）和肽酰脯氨酸异构酶（PPI）的帮助。最终得到的蛋白质构象不是僵硬的，而是具有一定的柔性 蛋白质折叠的基本规律蛋白质折叠的基本规律结论：一级结论：一级结构决定三结构决

17、定三维结构维结构Anfinsen实验实验-牛胰核糖核酸酶的变性和复性牛胰核糖核酸酶的变性和复性体内蛋白质折叠的不同途径体内蛋白质折叠的不同途径 帮助体内球状蛋白折叠的帮助体内球状蛋白折叠的一类蛋白质一类蛋白质 最常见的分子伴侣有HSP70和伴侣蛋白家族。HSP70通过与部分折叠的蛋白质的疏水区域的临时结合而促进蛋白质的正确折叠。伴侣蛋白则形成大的桶状结构容纳部分折叠的蛋白质完成折叠。一旦蛋白质折叠好，分子伴侣即被释放，然后再参与另一个新生蛋白质的折叠。分子伴侣分子伴侣谁是分子谁是分子伴侣？伴侣？PDI的作用机制的作用机制 PPI催化的反应催化的反应 L海绵状脑病（spongiform ence

18、phalopathy，SE）L囊性纤维变性（cystic fibrosis，CF）L阿尔茨海默氏病（Alzheimers disease，AD）L帕金森氏病（Parkinsons disease，PD）与蛋白质错误折叠相关的疾病与蛋白质错误折叠相关的疾病?SE是一种致命性神经退化性疾病，因受感染的动物在脑病某些部位出现海绵状的空洞而得名。?SE的致病因子是一种折叠异常的朊蛋白PrPsc。正常动物含有PrPc。两者的一级结构完全一样，但构象不同。?如果正常PrPc折叠发生错误，可变成PrPsc。PrPsc一旦形成后，自身可以作为模板，催化更多的PrPc向PrPsc转变。?PrPc 与PrPsc被认为具有相同的能量状态。但PrPc自发重折叠成PrPsc的可能性很低，这是因为两者的转变需要非常大的活化能。?家族型朊蛋白疾病是PrPc基因突变造成的。突变降低了PrPc重折叠成PrPsc的活化能。?PrPc基因被敲除的小鼠不会再得SE。海绵状脑病（海绵状脑病（SE）EPrPc与PrPsc的主要差别是：PrPc富含-螺旋，对蛋白酶敏感，呈单体状态；PrPsc则富含-折叠，其核心部分能抵抗蛋白酶水解，形成多亚基聚合体，最后能形成淀粉样纤维杆状结构。（2）PrPsc（1）PrPc