晶体解析步骤

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1、1挑选直径大约为0.1-.0mm的单晶。CCD的准直管直径有0.3mm,0.5mm,0.8mm;分别对应得晶体大小是0-0.3mm,0.3-0.5mm,0.5-0.8mm.2选择用铜靶还是钼靶铜靶要求0max=66度，最大分辨率是0.77埃钼靶要求0max=25度，最大分辨率是0.36埃3用smart程序收集衍射数据得到大约一千张倒易空间的衍射图像，300M大小。其中matrix图像45张，分成三组，每组15张，用以判定晶体能否解析。4用saint程序还原衍射数据得到很多文件，但是只有三个文件是我们需要的：-Is,p4p,raw。-Is文件中包含有最大的和最小的0角，有效地精修衍射点数目。好像

2、不同的机器或者还原程序得到的文件不同，有的是hkl,abs。5用shelxtl程序处理上述数据，并画出需要的图形。5.1装好shelxtl程序，新建一个project，输入要建立工程的名字，然后打开要解析的p4p或者raw文件5.2用xprep程序确立空间群，建立指令文件这个过程基本上是一直按回车键的过程（除了在要输入化学成分的时候改动一下和在是否建立指令文件的时候输入Y即可），一般不会出错。如果出错，那就要重新对空间群进行指认（出错可能是出现在下面的精修过程中）。一般Mean（I/sigma）2才可以，越大越好。得到ins,hkl,pcf三个重要数据文件。其中ins文件：包含分子式，空间群等

3、信息；hkl文件：包含的是衍射点的强度数据；pcf文件：记录了晶体物理特征，分子式，空间群，衍射数据收集的条件以及使用的相关软件等信息。5.3选择要解析的方法：直接法（TREF）还是帕特深法（PATT）?如果晶体中含有重原子如金属原子，那就要用PATT法；如果晶体中没有原子量差异特别大的原子，就用TREF法。默认的方法是直接法。5.4用xs程序解析粗结构得到res文件：包含了ins文件的内容和所有的Q峰信息。5.5用xp程序与xl程序完成原子的指认，付利叶加氢或理论加氢，画图等。达到比较好的结果标准：A化学上合理（键长、键角、价态）BR10.08（0.06）,wR20.18（0.16）,goo

4、f=S=1+-0.2（1.00）%CR（int）0.1,R（singma）5anis（对所有指令后的非氢原子进行各向异性精修，anisn对指令后的前n个原子进行各向异性精修，anisC对指令后的指定原子进行各向异性精修）omit（忽略指定的衍射点，一般都要用到omit052）afix（将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上，或者在指定的位置上产生原子）afix3表示固定H原子的坐标afix13表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标afix23表示固定亚甲基上的H原子的坐标afix137表示固定甲基上的H原子的坐标（好像是afix33）dfix（限定两个指定原子间的距离）hhfix（限制氢原子

5、在固定的位置上，如hfix43N6）在原子的数字信息部分查找是否有H原子的产生（即付利叶计算出来的H原子），如果有则要把它固定起来（afix2表示固定温度因子，精修坐标；afix3表示固定坐标，精修温度因子），以防在精修时其随处飘动，引起漂移值不稳定等。保存后退出。继续用xl精修，看是否符合标准（也可以省略此步，因为H原子还没有加完）用xp程序进行理论加氢打开xp输入fmol输入kill$q去掉所有的q峰输入hadd理论加氢（constr）5rik7a）Z输入pers或者proj查看H原子加的是否正确，如果不正确则要用“kill原子名”干掉。输入filename.ins回车输入继续用xl精修几

6、轮精修之后，看标准是否达到，如果没有达到，还要继续查找原因，修改ins文件。产生数据信息的ins文件中的命令，可以将这些命令加在unit和wght之间：Bond$h（产生包括h原子在内的键长键角）Conf（产生扭角）Acta（产生cif文件）Htab（产生可能的氢键，在1st文件中找）Eqiv（和htab一起使用，指定形成氢键的两个原子的名称，将产生分子间和分子内有键合作用的原子的对称性代码，并将信息写在cif中）Sizeabc（晶体三个方向的大小，依此计算透过率）mplaclc2c3c4mplac7c8c9-R（计算由clc2c3c4andc7c8c9产生的两个平面的夹角，在1st文件中）输

7、入这些命令后，精修一轮就可产生相应的信息。一直精修到达到标准，才能算是完成精修任务。可以通过调整wght来修正S值。用xp画图点击xpA画椭球图输入fmol输入info显示所有原子和q峰的坐标和位移参数信息等。输入kill输入proj调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。输入lablaba=0,表示没有任何标注a=1，表示不标注H原子，原子序号不用括号;a=2,表示不标注H原子，原子序号用括号a=3,表示标注H原子，原子序号不用括号a=2,表示标注H原子，原子序号用括号b，表示标注字体的大小，一般简单的椭球图用300左右输入teipabcdcellteipcell表示画出带晶胞框的棍球

8、图teip0-500.0520less其中0表示：立体角度-50表示：位移椭球图的概率百分比，负值表示是椭球图，一般选择-30或者-500.05表示：键的半径，默认值是0.09,般用0.05Tkgs20表示：观察的距离如果用less$q则表示：不画所有的氢原子。回车后，将出现椭球图，对原子进行标记（敲回车可以跳过原子，用backspace可以倒退,如果原子标记的字体大小不合适，要从labl命令从新开始）。标记完毕后，自动退出，此时会让输入要保存的*.plt的文件名。输入draw选a后回车输入要输出的图像文件的名称选回车保存成黑白图，选c保存成彩色图等一分钟左右此时就会有*.ps文件生成，该文件

9、可以用photoshop打开。B画晶胞堆积图输入fmol输入kill输入proj调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。也可以用matr命令来调整视角。输入pboxa表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的宽度b表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的深度当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的高度是宽度的0.75倍输入matrx=1表示从a轴的方向看；x=2表示从b轴的方向看；x=3表示从c轴的方向看输入packvJOwcwq表示堆积。此时会出现堆积的图形，可以对堆积出的分子进行删减。选择倒数第二项退出,表示保存了此pack图形。输入proj#0调整方向输入lablab输入teipcell如

10、果要命名部分原子，就要一直按回车键直至退出。如果没有命名原子，可以按esc键退出。输入要保存的*.plt的文件名输入draw命令，以下同画椭球图的命令。提示：画完椭球图后可以直接pbox和pack命令进行堆积图的处理；堆积图处理后，用fuse命令删除原子后可以进行椭球图的处理。程序的其他有用的命令输入enviC13显示出距离C1原子为3埃的所有原子，用此法可以寻找是否有氢键的存在？输入sgen长出由2565对称操作长出来的原子1555:1表示对称操作的编号；三个5依次表示轴a，b，c的方向。如果向a轴正方向平移一个单位，则对称号码为：1655；如果向b轴正方向平移一个单位，则对称号码为:156

11、5；如果向c轴正方向平移一个单位，则对称号码为:1556;1555=+x,+y,+z2555=-x,-y,-z3555=0.5-x,0.5+y,0.5-z4555=-0.5+x,-0.5-y,-0.5+z输入sgenC1C2C3N4N5N7S83566长出这些原子输入joinbond-typekeywordsBond-type=1表示实线（缺省值）；=2表示空心线；=3表示虚线Keywords表示要连接的两个原子的标志号码。输入mplnkeywords女口输入mpInC1C2C3C4mpInC7C8C9C10将计算出由C1C2C3C4和C7C8C9C10确定的两个最小二乘平面以及两个平面简单夹

12、角。氢键的形成经验距离：X-HY,X丫=3.2-4.0埃，HY3埃Fxqp-:一些正常键长数据C-C=1.53,1.51,1.47C-N=（H）,1.30（羧酸根的）,（羧酸根的）C-CI=1.21-1.22C-S=1.825.6用platon程序检测有些错误要返回到5.5重新精修以解决6用platon程序检测cif文件，解决掉不可忽略的错误仅供个人用于学习、研究；不得用于商业用途Forpersonaluseonlyinstudyandresearch;notforcommercialuse.Nurfurdenpers?nlichenfurStudien,Forschung,zukommerziellenZweckenverwendetwerden.Pourletudeetlarechercheuniquementadesfinspersonnelles;pasadesfinscommerciales.to员bkogA.nrogeHKOTOpMenob3ymmflai6yHeHuacegoBuHHue肉go员冶hbiUCnO员B30BaTbCEbKOMMepqeckuxue贝ex.以下无正文