自动批量计算IPP6 0免疫组化图片的 光密度 值

自动批量计算IPP6 0免疫组化图片的 光密度 值Pathology使用说明解决问题:计算指定区域的面积(area)以及该区域内部特定染色部分的累积光密度(IOD)，从而计算出该区域内特定染色物的平均光密度(meandensity=IOD/area)。在确定了分析条件后(IntensityCalibration、Segmentation及Countingoption),可以一次性批量处理指定文件夹中所有图片，测量数据输出到excel中进行后续处理。主要应用于免疫组化图片的分析，也可以应用于其他类似图片。适用版本:Pathology4.scr适用于IPP4.x，Pathology5.ipm适用于IPP5.x，Pathology6.ipm适用于IPP6.x。准备工作说明:1关于颜色选取做一下说明。对于一个彩色图片，利用Count/SizeManual来选择色彩范围的时候，可以看到Segmentation有两个选项页，分别为"HistogramBased"和"ColorCubeBased"。每次启动IPP时候，对于一个彩色图像，打开"Count/Size"中的"Segmentation"对话框，它的激活选项为"ColorCubeBased"选项页，也就是IPP启动时它的默认选项为"ColorCubeBased"选项页。对于一个色彩文件(.rge)，它可以同时包含了"HistogramBased"和""ColorCubeBased"模式的色彩范围，那么在调用色彩文件时候，取决于在哪种模式下，如果是在"HistogramBased"下，就调用"HistogramBased"下的保存的色彩范围，对于"ColorCubeBased"也是这样。在Pathology这个宏中，对于色彩的操作语句都要求是在"HistogramBased"模式下，所以要求制作选色文件的时候，要求在"HistogramBased"选项叶下进行，至于是"HSI"还是"RGB"下都可以。每次启动IPP的时候，要打开任意一个彩色图像，进入"Count/Size"中的"Segmentation"对话框，激活"HistogramBased"选项页，然后就可以正常运行Pathology，否则就会出错。2.在计算MeanDensity(IOD/Area)时，其中Area这个参数比较复杂。这个面积的确定可以分为以下两种情况:a.染色组织区域充满整个图像，如图(1)，实际上可能这种情况比较少。Maco在处理这种图像时候，会自动计算非纯白区域的面积，从而计算MeanDensity。对于一个RGB24的彩色图像来说，非纯白区域的范围为(R,0-244;B,0-244;B,0-244)。所以非纯白区域的面积=整个图像的面积。b.染色组织区域小于整个图像，如图(2)中的红线包围的区域。这种情况下，需要对图像进行预处理，将非面积计算区域填充成白色。图(1)图(2)对图像进行预处理，如下图(3)，可以将不要计算面积的背景填充成白色，处理后的图像如图(4)。这样，在计算时，Macro会自动计算非白色填充区域的面积，并用这个面积来计算MeanDensity。图(3)图(4)如果用户没有对图片进行处理，用户也可以在处理过程中来定义Area。操作步骤说明:1.运行Image-ProPlus，从Macro菜单调入Pathology脚本文件，并运行宏，如下所示，同时宏会自动打开Excel的一张空白工作表。图(5A):Pathology4界面图(5B):Pathology5/6界面2.ImagesSetting组合框1.用户在此选择处理单幅图片还是批量处理图片。"Measureactiveimage":处理工作区中的当前激活图片，此时激活"AnalysisandReport"组合框中的"SingleMeasure"按钮。"Measureallimagesinfolder":选择此项后，激活"ImageFolder"按钮，这时Macro会批量处理选择的文件夹中的所有图片，此时激活"AnalysisandReport"组合框中的"BatchMeasure"按钮。2.ImageFolder按钮:只有选择Settings组合框中的"Measureallimagesinfolder"时，才能激活ImageFolder按钮，否则ImageFolder为灰色，为非激活状态。ImageFolder用于更换批处理图像路径。3.MeasureEnvirementSetting组合框说明:用于设置测量过程中所要用到的各种参数文件，以及设置测量过程中的各个控制选项。1.SettingsFolder:设置参数文件的路径，包含SegmentationRange和Count/Size文件。2.ODCalibration:Pathology4与Pathology5和Pathology6，在ODCalibration部分有所不同。Pathology4通过"ODCalibration"按钮来选择ODCalibration，而Pathology5和Pathology6通过下拉列表框来选择ODCalibration，此下拉列表框包含了当前的光密度(OD,Intensity)校准，用户可在其中选择正确的光密度校准。3.SegmentationRange:此下拉列表框包含了当前设置路径下的所有颜色设置文件，如上面的图(5B)，当前的设置路径为C:Shi_Scripts。用户可以选择正确的色彩分割范围文件。如果用户在处理图像过程中，需要手动定义色彩范围，则可以选择"InteractiveRange"选项，此时SegmentationRange下拉列表框呈灰色，为非激活状态。4.Count/SizeOption:此下拉列表框包含了当前设置路径下的所有的Count/Size设置文件,用户选择正确的设置文件进行图像处理。5.如果用户在处理图像过程中，需要手动定义色彩范围，则可以选择"Manuallyselectcolorrange"选项，程序在处理过程中会提示用户手动选择色彩范围，如下图所示，选择色彩范围后，请点击信息提示框中的继续(Continue)按钮，而不要点击图像分割(Segmentation)对话框中的关闭(Close)。选择此项后，SegmentationRange下拉列表框呈灰色，为非激活状态。图(6)图(7)1.6.UserDefineArea:如果用户在处理过程中，需要"UserDefineArea"，Macro会给出提示，如图(8)所示:图(8)FillousideofAOIandMeasureAreainideofAOI:可以选择AOI工具在当前激活图像上画AOI,Marco会将AOI外面的区域填充成白色，计算AOI区域内的面积，并用此面积来计算MeanDensity。FillinsideofAOIandMeasureAreaoutofAOI:可以选择AOI工具在当前激活图像上画AOI,Marco会将AOI里面的区域填充成白色，计算AOI区域外面的面积，并用此面积来计算MeanDensity。4.AnalysisandReport组合框说明:用于处理图像和结果输出。1.SingleMeasure:处理工作区中的激活图像，处理结果输出到Excel。2.Measureallimagesinfolder:处理选择的文件夹下面的所有图像，处理结果会自动输出到Excel。3.CreateAnnotatedImage:创建一个带有标注的图像;图像底部会标注测量参数，如图(9)图(9)4.Autosaveannotatedimages:当选择"Measureallimagesinfolder"时候，可选择此项，此时，程序会在当下的路径下以当前时间为名称创建一个文件夹，并将保存所有的带标注的图片。5.KeepGrayScaleimages:不关闭处理过程中的灰度图片。5.Exit:点击Exit按钮退出宏附件下载地址: