SnapGene中文使用教程

r-rwu AafllHQIAK-HsivI rACMCMfrZC-arKrilMrr-aCCCIdAMlilll'IIACMCa HAI r-VIBi：MMrSV!d£-irrrECK-gK£RECiCACAriCGCM1K-：Q5F1：iX1k! sc-J: LAMdniii：<bte：sbid.b-ri：i；iri>sbr?CJirri：-wjUi：.i.kiiccj.rhrrjic：A|iinrifT.：Gta；ici*j1Mbtaj-ki '小- h-«"小CIEEMCKCiaK-KIACE-IMIbl r： = -MT*ar-HCrAT It r：-3lfrCCi：l>；r.MDIK El BUICIAIAIEM 141 ETIMMCTCIM1 ： rUSFSnapGene使用教程一、SnapGene 中的几个 View 介绍View1:Map1.打开一个质粒图谱文件，在Topology option处选择circular。得如下界面:显示质粒图谱的酶切位点。右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。:显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该 ORF的片段大小、GC%值等一些信息。|显示片段名称。给非编码序列命名：如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位 点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧sequence，找到两个酶切位点之间的序列。View2:Sequence点击Sequence，得到如下界面:蟲"显示编码的氨基酸序列，有缩写和全写两种。View3： Enzymes点击Enzymes，得到如下界面：b疋抽梅FiASu K：脱4rf 4J4 邱，View4： Features点击Features，得到如下界面:'' - r；P4IIlitD用ew*jkF4WWMsizrFilKNJ . Ml 11 bvhrsfui f & Hrfoknr jrm rriRTin vdvi 口7EM rvtMnr显示各个已命名片段的一些特点。二、对片段进行注释1给编码序列命名：点击其中一个箭头，按FeatureAdd Translated Feature,弹出以下窗 口：IAdd FM>r« Mh KMV fJ-ru:hnlW+ L：-F.i r H .Type：选择该片段的类型，右侧箭头代表阅读方向。 Color :选择颜色。2. 给非编码序列命名：如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和 最后一个酶切位点。点击左侧sequence EequwiK，找到两个酶切位点之间的序列。3. 给质粒图谱增加引物序列：按Editf Find，输入引物序列，找到质粒序列对应位置，点击 PrimersAdd primer，弹出该界面：按上下游引物选择Top St rand还是Bottom St rand,在Primer处可 给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱Map中的位置。三、创建新 DNA 文件1. 打开SnapGene，点击New DNA File，弹出以下窗口:Ne> DNA File.=1 CfiiXl! Ikol! >300U»P«r 0 历elLhUriktLaJ 占止在Create the following sequence窗口下输入DNA序列，并对该文件命 名，点击OK。或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击 OK。2此时弹出如下窗口:KH聲*扎勺栅 lllwc / 793 bpi'VJh J WilRuki3对该序列进行注释：点击FeaturesAdd Feature，对该序列进行命名注 释。创建质粒图谱文件方法相同。四、处理序列翻译信息1创建一个DNA序列文件，点击2. 显示如下箭头：M*JL WfIL1, IZHI口曲| DlrgLGdE giQmU9 |1Ui酣1 13121EmI- Eut32闔 hM i州iTJ|l7zn黄色箭头代表的是上面一条链编码序列，绿色箭头代表的是下面一条链编码序 列。3. 点击Sequence，点击 右侧箭头，选择All 6 Frames，可得到编码序列的所有情况，其中日代表的是终止密码子。4添加内含子：根据内含子的位置，点击Editf Select Range，输入内含子碱 基位置。点击 FeaturesDelete Feature Segment，得到如下图：紫色粗带为外显子，虚线为内含子部分。五、引物、PCR和突变绘制1.PCR引物绘制：在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如BamHI和XbaI，在目的基因两侧截取15-30bp序列，点击PrimersAdd primers，选择 top st rand 或 bottom st rand，如图：阳 Etc 1>1 FIEiai'ei>IC11Ei*KEi*ECIME3C,1|i|,'-：i>,!ICCE,l,14i：A,l1C,l»HI AnUwinrl也i- TfB "TTr Smrlkltl vJW* viiM n*e给该引物命名，然后点击Insertion,在该引物上添加之前选择好的酶切位点 序列，如图选择了 BamHI，点解Insert：冏ill HapII Baplx-a&l Bm-TilOl然后在该序列5'端上添加数个碱基作为保护碱基。点击完成。 下游引物设计相同，不再赘述。 2.突变引物绘制：在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列，点击 PrimersAdd primers，为该引物命名，在5'序列突变位点的三个碱基画 黑，如图：点击Insertions，选择突变成的氨基酸，点击Insert。即可获得该突变引物, 点击Reverse Complement，可获得反向引物。六、模拟标准限制性克隆1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如HindIII和 ApaI，如图:-A-" '-'UW L Ik点击 Actio ns Inser t Fragme nt, 点击 HindIII+ 键盘 Shi ft 键+ApaI，点击 Insert,在source of fragment处选择插入的目的片段来源。点击上述同样的 酶，给该重组质粒命名，点击clone。七、模拟融合克隆点击sequence，找到想要发生替换的位点。点击Fragment，在Source of Fragment处选择替换片段的另外一个质粒图 谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一1.打开一个需要插入片段质粒图谱，点击Actions Insert One Fragments, 弹出以下窗口：2.3.致，如不一致，点击- 更换方向。4.5. 选择后，点击 Product，点击 Choose Overlapping PCR Primers，此时即形 成融合后的质粒图谱。6. 若想获得引物的序列，点击PrimersExport Selected Primers，选择保 存。