ChromasPro41使用说明

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1、ChromasPro 1.41 使用说明1.0 TITLE 标题使用ChromasPro 1.41版本软件对基因型进行分析2.0 PURPOSE 用途2.1ChromasPro是对基因和蛋白质序列进行分析的生物软件。 应用生物系统公司基因分析仪和西门子 Trugene产生的序列和图 谱可以用ChromasPro软件查看、编辑和制图。2.2ChromasPro用于基因序歹U的剪切和编辑和抗病蠹药物的耐 药监测2.3ChromasPro有能力组装成一个连续的重叠共享序歹U片段。 此外，该软件还可以用来识别发现在同一区域的不同片段的序列多 态性3.0 EQUIPMENT 设备3.1有奔腾处理器的电脑

2、或等同的3.2ChromasPro 1.41 版本软件4.0 SUPPLIESN/A5.0 SPECIAL SAFETY PRECAUTIONSN/A6.0 PROCEDURE步骤6.1 Procedure Limitations and Requirements程序的限制和要求6.1.1确保待分析的序列有最好的质量。如果 序列的图谱片段较差，需要重新测序6.1.2每次测序需要参加序列的阳性质控对照6.1.3序列片段小于350个碱基时的准确性是非常好的。误差 0.1%序列片段在500个碱基的准确性取决于 PCR的产物 质量和所使用的测序技术。6.2 Sequence Assembly 序歹U

3、的拼接6.2.1从 file 菜单中选择 new,在 new选 sequencing project.6.2.2 .Choose Settings在目project 项单中选择 setting 显示出project setting对话框。设置序歹U输入的长度及输入比对序列。6.2.3Import Sequence Fragments 从 project 项单中选 择add files 把序歹0片段导入project。多个序歹U片段可以 被导入，已经导入的文件不能再被导入。6.2.3.1 .For a batch save 如果不止一个样本需要编 辑，在保存为一个单独project之前导入多个序

4、列。不要超过32个样本，否那么编辑时会降低翻开和关闭 时的速度。6.2.3 .Trim out the unwanted sequences using Set/Clear Left and Right Cutoffs 使用 Set/Clear Left and Right Cutoffs剪去不需要的序列双击序列的名称，窗口将显示序列的图谱。把鼠标指向图谱的任何位置可以对图谱的 左边或右边进行截断。按住Shift键并点击鼠标左键向左或 向右，如果一个碱基被选中，set cutoff 在eidt 菜单中 可供选择。如果截断已经在可供选择的菜单中设置为clearcutoff ，移去 cutoff

5、settings 。在 edit 菜单中选择 delete cutoff sequence ,将截断两边的碱基。6.2.5Assemble Project序歹0片段截断以后，在project 中选择assemble all,拼接后的序歹U片段在 contigs中。如 果序列片段拼接后不是所期望的，在 project中重新调整序 歹0片段的截断。单击contig可以把contig改写成样本的编 号。6.3 Edit Consensus Sequenc e 编辑共享序歹06.3.1在project中双击contig或者样本编号，将显示编辑 共识序歹0。在共识序歹0中会自动显小第一个可能的错误。这些

6、碱基被标记成黑体直到被编辑。6.3.2如果碱基确认是正确的话，按ctrl+M消除黑体。在 edit菜单中选择reset all ambiguities被更正过的碱基可以复 原6.3.3如果一个碱基需要被更正，更正确认后将变成小写字 母。按ctrl+M消除黑体。第一或第二个人能返回后，进行 双编辑和识别那些更正后的碱基。在edit菜单中选择reset all ambiguities可以是使所有被更正过的碱基可以复原。6.3.4 .碱基被编辑后，按ctrl+E以前进到下一个可能的错误。Translation display在options 菜单中可供选择。6.3.5当潜在的错误显著时，所有相关的图

7、谱都会被显示和 排列。改变图谱的尺度应用，使所有的核苜酸在拼接的 contig中排歹0。6.3.6在排列中由于间隙的插入图谱将会被拉长，这可能使确定间隙中是否含有核苜酸变得困难。在这种情况下，关闭按Alt + S 或在options菜单切换图谱规模变量线形缩放。 此选项的默认设置可以在设置对话框改变。在每个图谱在Y轴的缩放，可以通过点击和滑动在工具栏控件的图谱 Y轴的 缩放设置。6.3.7个别碱基可以通过点击图谱序列碱基的显示或排列 进行编辑。只有在碱基没有被编辑时，在共旱序歹0中的相应 碱基将会被更新。6.3.8 .个别序列片段可以从contig中移除，只要移除后不 会使其分裂成两局部。点击

8、需要切除的片段的名称，在 eidt菜单中选择remove sequence即可把序歹U片段移除。6.3.8.1注意：如果命令是灰色，选中的序列将不能被 移除6.3.9我们分析的目标序列是从蛋白酶基因的第 1个密码子到逆 转录酶基因的第300个密码子。在编辑过程中剪切去除那些 引物碱基和非目标碱基的序歹0。.6.4 Guidelines for Identifying Mixtures and Editing the Bases 识别 混合碱基和编辑碱基的原那么6.4.1正反两条序列在同一位置都有高于背景的第二峰值 第二峰值大约高于背景值的两倍，可能包含混合碱基。 在一些情况下，从软件上看混合碱

9、基不能被识别。有时候， 第二峰在两个方向上都有出现，但是，是作为背景值的杂峰。 由于背景的十扰，可能会出现假的混合碱基。在这种情况下， 重复样本。6.4.2单条序列中的第二峰高度是主峰值的30咖上，且是背景值的3倍，可能包含混合碱基。需要注意 区分染料的污染，可能会导致假的混合碱基。6.4.3在极少数情况下，混合碱基与上面的原那么不匹配，例 如在碱基中有多峰或峰的漂移。6.4.4选择不正确的碱基，使用鼠标可以根据 需要更改或删除。一旦碱基被选中，通过使用左，右箭头使 滚动序歹0。点击两个碱基之间进行插入。6.4.5碱基内可以移动两个相邻碱基之间的空间，用鼠标点击并拖动或按住Ctrl键并使用方向

10、键。6.4.6在options菜单中设置对话框翻开时，碱基是不能 被拖动的。如果持续编辑options菜单中启用，下一个碱基 会自动被选择编辑。6.5 Reverse Complement逆向互补6.5.1点击Reverse Complement钮。序歹0和图谱的方向 会改变。6.6 Find Sequence发现序歹U6.6.1通过精确的匹配或最理想的排歹0搜索特定的序歹0。6.6.2点击find first找到第一个出现的序列，点击 find previous找到当前碱基的前一个碱基，点击 find next找到 当前碱基的下一个碱基。6.6.1 :搜索是不区分大小写的，下面的冗余码能在序

11、列中使用：A=AdenosineC=Cytidine G=Guanosine T=Thymidine B=C,G or T D=A,G, or T H=A,C, or T V=A,C, or GU=deoxyuridine6.6.4R=A or G (purines)Y=C or T (pyrimidines)K=G or T (keto)M=A or C (amino)S=G or C (strong-3H bonds)W=A or T (weak-2H bonds) N=A, G, C, or T (any base) I=Inosine一旦序歹0中的第一个碱基被选中。同一序歹0的其它碱

12、基可以通过点击它的窗口和点击 find first, find previous或 者find next进行搜索6.7 Print or Copy Assembled Sequences or Specific Area of the Sequence打印或者复制拼接序列或序列特定的局部6.7.1大多数的拼接序列打印来说太长。在 files菜单中选 择print selection把序歹U中的目的片段打印出来6.7.2在analysis菜单中选择contig map可以选中整个图表。图表可以复制和粘贴到文字处理器或图形应用程序6.8 Confirmation of Sequencing Editing确认编辑的序歹06.8.1第二个熟悉程序的实验室分析者将检查和确认所有 编辑的碱基6.8.2序列准备被输出和保存，做进一步分析6.9 Export Consensus Sequence输出共享序列6.9.1编辑完成序列时，在序列编辑器中打开共享序歹0,从files菜单中选择export to editor。此序歹U 可以保存为不同的格式。6.9.2为了进一步分析，最终把共享序列保存为fasta格式