X~tile软件的操作流程

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1、Xtile软件的操作流程由于最近在做某基因表达与预后相关性的分析，对如何选择最佳cutoff值很疑惑。搜了丁香园的各大帖子，发现对x-tile如何使用并没有人分享过。经过对照软件中的操作说明，终于搞明白是怎么回事了，现分享给大家！首先，将你excel表格中的“某基因的表达值”“生存期”“删失情况”等等其他一些数据复制到文本文档中。注意：“删失情况”要写成“censored”, “uncensored”, or “unknown”形式。然后打开软件（软件下载见附件），如图点击“Analyze进入下图：点击“file-open打开刚建的“txt”文本，接着就可以进行设置了。如下图扩大来看！（下图）

2、将“删失情况”即图中的DOD-censor,放入”censor”中， 然后将“inter type”改为”DeadOfDiese”；将“生存期”即图中的”Followup-months”放入“Survival Time”,j将“inter type”改为你所用的时间度量，如“天”或“年”；将“表达量”即图中的”HER2”放入“Marker1”, Mark2如果没有可以不填。剩余的也可以不填。然后点左上角的“do”，选择”Kaplan-Meier”“Marker1”.即可。接着会出现下如图所示结果。鼠标左键点击“2Pop X-tile Plot”所指的矩形图，软件会自动找到最佳的cutoff值，得到两条线（两组：高表达低表达）。鼠标左键点击“3Pop X-tile Plot”所指的三角形，软件会自动找到最佳的cutoff值，得到三条线（三组：高表达中度表达低表达）。条形图下的X轴所指的数值即是最佳cutoff值。其余可以参照软件里的指南。写的比较业余，希望能够给大家一些帮助。