em微生物重要性

《em微生物重要性》由会员分享，可在线阅读，更多相关《em微生物重要性（50页珍藏版）》请在装配图网上搜索。

1、1会计学em微生物重要性微生物重要性2CHAPTER 1 导言导言Introduction to Environmental MicrobiologyIENVIRON MICROBIOL- 微生物生态学 Microbial Ecology研究微生物之间以及微生物与环境之间的相互作用 (Microbial Ecology deals with how microorgnnisms interact with each other and with their environments)生物多样性 Biodiversity | 微生物活性 Microbial activity- 19世纪70年代的

2、几个主要事件 Major events in 1970s新的水和食物病原菌 (New waterborne and foodborne pathogens)废物排放导致的地表和地下水污染 (Surface water and groundwater contamination by waste disposal practices)核酸技术在微生物学领域的应用 (The application of molecular techniques in microbiology)Microbial Ecology: The study of who are there, with whom doin

3、g what, when and why (Zhou, 2010)4导言导言 | 微生物学微生物学Introduction to Microbiology1ENVIRON MICROBIOL5导言导言 | 主要参考书主要参考书Reference books1ENVIRON MICROBIOL6导言导言 | 主要参考书主要参考书Reference books1ENVIRON MICROBIOL7导言导言 | 主要参考书主要参考书Reference books1ENVIRON MICROBIOL8导言导言 | 相关国际学术杂志和学术协会相关国际学术杂志和学术协会Peer review journa

4、ls and academic societies1ENVIRON MICROBIOL9导言导言 | 相关国际学术杂志和学术协会相关国际学术杂志和学术协会Peer review journals and academic societies1ENVIRON MICROBIOL10导言导言 | 相关国际学术杂志和学术协会相关国际学术杂志和学术协会Peer review journals and academic societies1ENVIRON MICROBIOL11导言导言 | 相关国际学术杂志和学术协会相关国际学术杂志和学术协会Peer review journals and academ

5、ic societies1ENVIRON MICROBIOL12进化微生物学与微生物多样性进化微生物学与微生物多样性EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY AND MICROBIAL DIVERSITYIIENVIRON MICROBIOL13微生物进化与系统学微生物进化与系统学 Microbial Evolution and Systematics2ENVIRON MICROBIOL14微生物之间的进化关系微生物之间的进化关系 Evolutionary relationships among microorganisms2.1ENVIRON MICROBIOL15rRNA作为进化

6、分子标记作为进化分子标记 Ribosomal RNAs as Evolutionary ChronometersENVIRON MICROBIOLLiterature for reading:Woese et al. Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Nati. Acad. Sci. USA. 1990, 87: 4576-916大肠杆菌大肠杆菌16S rRNAThe E. coli 16S rRNAENVIRON MICRO

7、BIOL17(纯培养纯培养) rRNA序序列测定列测定rRNA sequencing of a pure cultureENVIRON MICROBIOL18GenBank / EMBL / DDBJncbi.nlm.nih.govENVIRON MICROBIOL19核糖体数据库计划核糖体数据库计划The Ribosomal Database Project (rdp.cme.msu.edu/)ENVIRON MICROBIOL20基于基于rRNA序列的微生物系统发育序列的微生物系统发育Microbial phylogeny derived from ribosomal sequencesE

8、NVIRON MICROBIOL21微生物基因组学微生物基因组学Microbial GenomicsENVIRON MICROBIOL22微生物全基因组计划微生物全基因组计划Microbial Genome Projects An OverviewENVIRON MICROBIOL23微生物基因组学Microbial GenomicsENVIRON MICROBIOLThe NCBI Genome Database (ncbi.nlm.nih.gov/)24微生物基因组学微生物基因组学Microbial GenomicsENVIRON MICROBIOL25微生物分类学微生物分类学 Micro

9、bial taxonomy2.2ENVIRON MICROBIOL26传统分类学传统分类学 Classical TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.1Major categoryComponents形态学 (Morphology)形状, 大小, 革兰氏染色运动能力 (Motility)鞭毛, 滑动, 气泡, 不运动营养和生理 (Nutrition and physiology)能量获得方式 (光合, 化能自养, 化能异养), 是否需氧, 温度, pH, 需/耐盐, 利用各种C、N和S源的能力其它 (Other factors)色素, 致病性, 抗生素敏感性等27传统分类学传统

10、分类学 Classical TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.128传统分类学传统分类学 Classical TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.129分子分类学分子分类学 Molecular TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.2 2.2 分子分类学分子分类学 Molecular TaxonomyRibotyping 2.2 分子分类学分子分类学 Molecular TaxonomyFAMEBacterial cultureExtract fatty acidsMethyl estersGas chromatography 2.2 分子

11、分类学分子分类学 Molecular Taxonomy 2. 微生物分类学 Microbial taxonomy生境 Habitats可培养性 Culturability (%)海水 Seawater0.001-0.1淡水 Freshwater0.25中营养湖泊0.1-1未受污染的河口海湾水体Unpolluted estuary water0.1-3活性污泥 Activated sludge1-15沉积物 Sediment0.25土壤 Soil0.3Culturability of microorganisms in different habitats 2. 微生物分类学微生物分类学 Mic

12、robial taxonomy微生物系统与进化国际杂志 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2.微生物分类学微生物分类学 Microbial taxonomy2001- five volumes描述所有已知原核生物的主要特征伯杰氏系统细菌学手册 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 2. 微生物分类学微生物分类学 Microbial taxonomy原核生物 The Prokaryotes进化微生物学与微生物多样性进化微生物学与微生物多样性IIEVOLU

13、TIONARY MICROBIOLOGY AND MICROBIAL DIVERSITY原核生物和真核生物多样性原核生物和真核生物多样性3.Prokaryotic and Eukaryotic Diversity原核生物和真核生物多样性原核生物和真核生物多样性3.Prokaryotic and Eukaryotic Diversity 3.1 真细菌多样性真细菌多样性 Prokaryotic diversity-BacteriaWoese, 1987. Bacteria evolution.真细菌域的进化距离树，显示目前已知和候选的门Norman R. Pace, 1998.Impact of

14、 Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity 3.1 真细菌多样性 Prokaryotic diversity-BacteriaSchloss and Handelsman, 2004. Status of the Microbial Census.真细菌域系统发育树，显示真细菌域系统发育树，显示17个被有效描述的主要类群个被有效描述的主要类群Phylogenetic tree of Bacteria, showing 17 major well-defined gro

15、upsThermodesulfobacterium44导言导言 | 主要参考书主要参考书Reference books1ENVIRON MICROBIOL45微生物基因组学Microbial GenomicsENVIRON MICROBIOLThe NCBI Genome Database (ncbi.nlm.nih.gov/)46传统分类学传统分类学 Classical TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.1Major categoryComponents形态学 (Morphology)形状, 大小, 革兰氏染色运动能力 (Motility)鞭毛, 滑动, 气泡, 不运动营

16、养和生理 (Nutrition and physiology)能量获得方式 (光合, 化能自养, 化能异养), 是否需氧, 温度, pH, 需/耐盐, 利用各种C、N和S源的能力其它 (Other factors)色素, 致病性, 抗生素敏感性等47传统分类学传统分类学 Classical TaxonomyENVIRON MICROBIOL2.1 2.2 分子分类学分子分类学 Molecular TaxonomyRibotyping 2. 微生物分类学微生物分类学 Microbial taxonomy微生物系统与进化国际杂志 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2.微生物分类学微生物分类学 Microbial taxonomy2001- five volumes描述所有已知原核生物的主要特征伯杰氏系统细菌学手册 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology