Pubmed检索攻略.doc

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1、PUBMED简介一、何为PUBMED？PUBMED是美国国立卫生研究所（NIH）下属美国国立医学图书馆（NLM）开发的因特网检索系统，建立在国立生物医学信息中心（NCBI）平台上。PUBMED主要提供基于WEB的MEDLINE数据库检索服务，其中包括医学文献的定购、全文在线阅读的链接、专家信息的查询、期刊检索以及相关书籍的链接等。 二、PUBMED与图书馆光盘版本的MEDLINE有何不同？PUBMED与光盘版本MEDLINE的不同之处在于：由于互联网的及时性，PUBMED的更新速度快于光盘版，光盘版本的更新周期是3个月，而PUBMED的更新周期是1天，PUBMED包含了一些尚未收录入光盘版ME

2、DLINE的最新文献信息，因此PUBMED享有PRE-MEDLINE的美誉。三、如何进入PUBMED检索系统？在浏览器地址栏中输入网址：Http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/四、PUBMED主页的基本组成？PUBMED的检索系统大致由三个板块组成：页面上方的检索框和功能按钮（Limit、Preview/Index、History、Clipboard、Details）。在检索框for后面的空格中输入需要查询的关键词，点击go会出现相关的文献。每个功能按钮的具体功能下面会逐项介绍。左面的导航条指向PUBMED的一些其它功能板块，如MeSH Browser、Journa

3、l Browser等。剩下的右下方大片空间便是显示检索结果的空间。五、PUBMED的主要功能按钮组成？PUBMED的主要功能按钮有五种：Limit按钮、Preview/Index按钮、History按钮、Clipboard按钮和Details按钮。六、LIMIT 按钮的主要功能？当点击Limit按钮，将出现以下界面：各下拉框的基本作用如下：All Field：下拉可选择搜索的范围，如作者名、关键词等Publication Types:下拉可选择所查文献的类型，如临床试验、荟萃分析等Ages:下拉可选择所查文献研究对象的不同年龄组Entrez Date:下拉可选择所查文献距离现在不同时间范围Pu

4、blication Date:下拉可选择限定所查文献发表日期Language:下拉可选择所查文献的语种Human or Animal:下拉可选择所查文献的研究对象：人或动物Subset:下拉选择不同的医学网络系统，可查询特殊领域的文献AIDS, TOXICITY七、Preview/Index按钮的功能？点击Preview按钮，可以预览检索的结果，此预览功能使我们浏览结果前，先知道查询的结果数量，从而可估计是否有必要进一步修改检索式以缩小或扩大检索范围，避免每次因传输大量的无用数据而浪费时间。 Index按钮的功能则使我们在输入一个检索词之后知道这个检索词将导出多少篇文献，同时其特有的允许多选的

5、机制也方便了我们进行复杂可以预览结果的检索。八、History按钮的功能？点击History按钮将进入History页面，该页中记载了从浏览器打开至今所发生的全部检索记录。事实上，PUBMED可保留检索历史一小时，即便你关机后1小时内再打开计算机并连接到PUBMED上，历史记录仍然存在。历史记录同时也提供一种检索手段。假设我们第一次输入的检索式是A，第二次输入的是B，那么我们可以简单地采用1 AND 2这样的写法来表示A+B这两个关按钮词的逻辑与运算关系。这种方式适用于复杂的有多个组成部分的检索。此外，历史记录页中也提供了Clear History按钮，用以人工清除历史记录。九、Clipboa

6、rd按钮的功能？利用结果页面上的Add To Clipboard按钮可以随时将需要的文献添加到剪贴板，而点击Clipboard按钮则提供浏览剪贴板内容的链接。剪贴板（Clipboard）是PUBMED提供的一项服务，通过此按钮可在多次检索后，只选择符合用户需要的少数文献，并将它们合并在一起进行打印或是定购，从而减少反复填写表格的麻烦，和节省打印纸张。剪贴板中最多可以存放500条资料，数据和History一样只能保存一小时。十、Details按钮的功能？点击Details按钮，PUBMED将显示检索的具体细节。 PubMed检索完全攻略(1)第一章 进入PubMed魔法学校-PubMed 概述

7、有位退休的老教授不止一次的向我感叹：你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在。趁他打顿的时候，我告诉他，快的话，可能只要3秒钟。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字

8、（PubMedPublic+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。 俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯，不知道我们是否也有必要每次使用PubMed前都感谢NCBI呢？PubMed覆盖了全世界70多个国家430

9、0多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，通常而言，这已经足够早了，很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然，研究生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与PubMed挂钩的出版商会自动向PubMed提供最新的文献摘要，而往往在这个时候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要好几个月的时间，但借助于PubMed，我们仍旧可以随时掌握最新的动向，从而大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过PubMed提供文献的全文，有时甚至是免费的，这样，我们就可以在PubMed上真正享受坐拥书城的感觉了

10、（关于如何获取全文将在以后的章节中详述）。 进入PubMed的主界面后， 首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索框和功能键（如下图）。 这是PubMed的核心部分。大部分工作，我们只要利用这一框五键（检索框，Limit键, Preview/Index键, History键，Clipboard键和Details键）即可完成。 在主界面的左侧框（如左图），有： Journal Browser 期刊浏览 MeSh Browser可以用它来分层流览MeSH表 Single Citation Matcher输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。 Batch Citution Matcher用

11、一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 Old PubMed (使用旧式的PubMed查询方式)3) Related Resources Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文， 但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。 Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 Con

12、sumer Health提供与MEDLINEplus的链接，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。 Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。利用左侧框的这些服务，我们不仅能够进行功能更加强大的检索，而且还能得到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。总体而言，PubMed的界面相当简洁清晰，几乎是傻瓜式的。然而傻瓜式的界面并不意味着傻瓜式的操作。我看到很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索框里输入一个关键字，然后按一下Go按钮这样一种单一原始的检索方式。虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以得到令人满意的信

13、息，但对于另一半情况，就没有那么幸运了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的无用信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。 令人费解的是，很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几个小时的时间去认真研究一下PubMed。君欲善其事，必先利其器， PubMed就好像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握PubMed，从而使自己的工作事半功倍。 第二章 PUBMED简单检索技巧 一在这一

14、章里，我们将对如何应用PUBMED这一得力助手检索文献，作以简单介绍。1当你打开浏览器，在地址栏内键入http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 或是http:/www.PubMed.gov/后，就进入了PUBMED检索系统主页,可以见到如下的页面。2在靠近页面上部的地方，首先映入我们眼帘的，即是供我们输入所需查询内容的检索框。 在检索框中输入查询词，然后单击go按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN, STRUCTURE

15、, POPSET等等。说到这里，很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符然后回车一敲便可万事大吉，其实不然。每个人搜索效率的高低往往存在很大差别。在这里提供以下建议仅供读者参考：明确你索要检索的关键概念及词语，即关键字；考虑到关键字的类似说法，即有可能出现的同义词；通过限定DATES, STUDY GROUP等，精炼你的检索范围；多向有经验的人求教，因为不同的专业背景以及个人的差异，都有可能形成不同的方法和技巧。3通过布尔（BOOLEAN）运算来提高你的效率最常用的三种布尔运算即是AND,OR,和NOT。AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所出现的位置在哪，只要他们都出现在索引文章的某

16、一处，就将其列出。而OR则是将出现至少一个关键词的文章列出，这种运算在想将相似主题的文章罗列在一起时，十分有效。NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。但是在使用的时候要特别注意，会有可能将一些你所需要的文章漏掉。比如当你的检索词为LEAD POISONING NOT CHILDREN时，除了会删除掉那些仅讨论儿童的文章，同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。4PUBMED检索类型通常我们所要查询的单词类型大致可以分为：词语（主题）检索 这时我们在PubMed主页的检索框中键入的是英文单词或短语（大写或小写均可）。然后回车或点击Go， PubMed即使用其词汇自动转换功

17、能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。例如：键入vitamin c common cold后回车或点击Go， PubMed开始检索并将检索结果显示出来。著者检索 当我们所要查询的是著作者时， 在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓 空格 名字首字母缩写，例如smith ja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。刊名检索 在检索框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检

18、索，并显示检索结果。日期或日期范围检索 可以在检索框中键入日期或日期范围，然后回车或点击Go，系统会按日期段检索，并将符合条件的记录予以显示。日期的录入格式为YYYY/MM/DD；如：1999/09/08 也可以不录月份和日子，如：2000或1999/12。检索期刊子集（辑） 检索的格式为：检索词AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种：Abridged Index Medicus(有120种重要核心期刊)、Dental和Nursing。分别使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn进行限定。检索带文摘的记录 检索的格

19、式为：检索词AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE记录中没有文摘。布尔逻辑检索 PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，只要在检索框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT）。具体使用时要注意的问题，详见上第3点所述。5如何处理检索结果当你点击GO或回车后，PubMed将会自动运行检索命令，在屏幕的下方显示出符合检索要求的项目，并且在查询框内保留原检索词。此时要注意的是符合检索要求的项目是以SUMMARY（简要格式）显示出来的，就是列出作者，文章题目，以及文章来源的一些信息。在DI

20、SPLAY键后还可以选择别的显示格式，点击DISPLAY键后，系统按所选格式全部检索结果。如果只需要显示其中一部分记录，则需点击该记录左边的查询框，使标记后，再点击Display键；如果只需显示一条记录，则可直接点击该记录中的作者姓名超链接，系统会自动显示该记录的文摘格式。还有一点，系统所设定的默认值为每页显示20条选项，这点可以在SHOW后的下拉菜单处选择。如果选中所感兴趣的内容，即可进行保存，打印等等操作。PubMed系统允许最多可保存5000条记录。要保存全部检索结果时，打开Summary下拉菜单选择其中一种格式，然后点击Save键；要保存特定记录时，点击记录左边的选择框予以标记后，再点

21、击Save键。使用浏览器的打印功能，即可把感兴趣的内容打印出来。系统允许每页最多显示500条记录。如果想打印成文本格式，请先点击Text键，然后再打印。下一章我们将用几个实例来使大家熟悉以上检索技巧。第三章 PUBMED简单检索实例 在上一章里，我们已经对如何用PUBMED来查询我们感兴趣问题的文献。在这一章，我们可以通过几个简单的实例来具体熟悉PUBMED的用法。 例一 1明确所要检索的内容。如果我们要查询的问题是维生素C对于普通感冒的防治作用。首先我们应分析这一问题中的关键词语，主要由维生素C，和普通感冒构成。即VITAMIN C和COMMON COLD。 2分析所要检索的两个相关词语的关

22、系。根据我们的日常生活经验，可以将两个关键词之间的关系定义为AND,于是我们可以在检索框内键入VITAMIN C AND COMMON COLD.，然后点击GO，进行检索。下面的画面即为经过上面检索过程后所得到的相关文章。 3以上初步检索后所显示的结果都以默认的SUMMER格式显示出来，在经过对SUMMER的阅读后，我们可以进一步筛选文献的内容。如我们感兴趣的是第二、三、五篇的话，选中这几篇文献左侧的方框。如果我们想要同时看到这几篇的ABSTRACT，在DISPLAY键后的下拉菜单选择ABSTRACT，然后点击DISPLAY。即可看到所要结果。例二1 如果这一次我们想要查找的是与一个作者相关的

23、文章，如这位作者的名字是Hemila h，则我们所要检索的内容就很明确了，是这位作者的名字Hemila h。2 在检索框内输入Hemila h，点击GO键，屏幕上即会显示出与这位作者相关的文献。3 在所列出的 39项文献内，我们如果想在一屏内看到所有的选项，可以在SHOW后面的下拉菜单内选择想要显示的数量，如50篇。4 在PUBMED所检索到的文献里，我们对第 1篇很感兴趣，点击该篇文章左侧的方框，然后拉下Display键后的多选框，选择文献的显示类型，（如Abstract-摘要，Brief-提纲 ，Citation-引言等），一般情况下，以选择Abstract居多，这样一目了然。在确定好显示

24、内容后，点击Display钮，即可阅读相关内容了。 5 在确定对检索到的内容感兴趣后，如果想把它保存下来，可以单击Save按键，如果想保存在剪贴板里，即可单击Clipboard,保存于剪贴板。点击文件菜单内的打印即可将该文打印出来。 上述是运用Pubmed进行简单检索的两个实例。如果经过上述的检索过程，仍然不能满足你的需要，我们可以进行较为复杂的高级检索。在以后的几章中，我们会详细介绍。 PubMed检索完全攻略(2)第四章 PUBMED高级检索技巧在以上两章我们已经掌握了如何运用初级检索法达到检索文献的目的。不过在我们所要检索的问题相对较为复杂的时候，仅仅靠初级检索就远远达不到需求了。为了使

25、得我们的检索更为准确，高效，我们可以充分利用PubMed所提供的高级检索功能。在你进入PubMed首页之后，在检索框的下方，有PubMed所提供的五个重要的功能按钮，即Limits按钮, Preview/Index按钮, History按钮, Clipboard按钮,及Details按钮。如果你能够充分的利用好这几个功能按钮，那你的检索则很有可能事半功倍。首先，让我们来简单的了解一下这几个按钮的主要功能。 1. Limits 按钮当你单击Limits按钮后，你可以看到如下界面。（fig1）在这里可以进行以下设定：将搜索范围设定在一个特定的域。将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范

26、围。也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。设定只搜索包含摘要的文献。设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库（如Abridged Index Medicus 或AIDS相关的条目）。例如 在All Fields域选择下拉菜单里，你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；打开下拉菜单就可以选择所需的域名了。又如Only items with abstracts指只检索那些有文摘的记录（1975年前出版的文章的记录中没有文摘）2Preview/Index按钮在按下Preview/Index按钮之后

27、，我们可以进行的设定有：在显示条目之前显示所查到的文献数。随时通过增加查询单词来修改查询方案。在特定的搜索域中向方案里加入查询词。从Index中查看并选择词语来修改查询方案。在你修改查询时查看方案。Preview(预览) 使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。使用时，在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。Index（索引） 使用此功能,可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们加入查询方案之中;可以查看某一个特定搜索域中词语列表；也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。3History按钮History（历史记录）历史记录中保存的是你所有的查

28、询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有内容。History屏幕将会显示：你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，而使用History可以看到最近100次的查询结果。一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。4Clipboard按钮剪贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切板中的内容了。将条目左边的复选框选中，单击Add to clipboard就可以将其加入剪切板中。当点击 Clear H

29、istory可以将History中的所有内容清除。剪切板中最大的储存数是500条。而放在剪切板中的内容如果在一小时内没有任何操作，将会自动消失。5Details 按钮Details是用于帮助你查看PubMed的检索策略。即在提问框中键入的检索词被PubMed自动地转换成了那些词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。此外，使用Details键可以对检索策略进行编辑，然后再一次检索。在PubMed Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域：Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏；Translation区显示检索词转换的详细情况；

30、Database区显示检索的数据库；User Query 区显示用户键入的检索词或检索式。要对检索策略进行编辑可直接点击PubMed Query框中的检索策略，将其增加、删除或修改后点击Search键。除了以上五个主要功能键以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我们的检索效率。在以后的若干章里，我们将会以详尽的笔墨来系统的剖析这些功能用法。第五章 PUBMED高级检索技巧实例 在我们对如何运用PubMed进行较为复杂的检索有了初步的了解后，我们来看几个应用性的实例。 例一 现在让我们来查找一下有关于锌对于儿童成长的作用的文献。 步骤一，我们先来对

31、这一话题进行初步的检索。我们确定了它的关键字应为Zinc Infant Growth，把它输入查询框，按GO键进行检索。共有492篇相关文献。显然如果我们对这些文献一一打开逐项阅读，将是一项非常繁复的工作。这时我们就需要用高级检索的方法来减少工作量。 步骤二，如果我们所要检索的文献要求是反映比较新的动态进展，那么我们可以点击功能键Limits按钮.在其中的Publication Date的输入框内输入FROM2000 01 01 TO2002 01 01.（Entrez Date指录入系统的日期；Publication Date指出版日期）步骤三，如果我们进一步要求文章是用英文发表，且PubM

32、ed可以显示出Abstract的，我们可以依照上面的方法类推，在Languages下拉菜单内选择English,选中Only items with abstracts前的方框。然后点击GO键，开始检索。共有61篇，在当前页内显示出最新的20篇。（fig1）其实，如果我们一开始就很明确所要检索的Limits限制，以上三步其实可以合成一步完成。在此仅仅是为了方便说明问题，我们将其分开描述。 例二 还是查找有关于锌对于儿童成长的作用的文献。如果当我们进行了很多检索（包括上述的例一检索）之后，我们发现在以前的检索步骤中还有想要翻看的检索的历史，首先我们可以点击Preview/Index按钮。这时屏幕上

33、将会显示出我们检索过的内容。(fig2)使用History可以看到最近100次的查询结果，而Preview显示的是历史记录中最近的三条记录。其次，输入我们想要看的以前那次检索过的检索字，如Zinc Infant Growth，点击Preview按键，屏幕上则会显示出以前检索过Zinc Infant Growth的记录。如果我们要进一步修改查询方案，可以在检索框内加入另外的单词，如iron等,点击Preview。依此方法我们可以继续加入另外的词语，点击Preview直到你希望得到的内容。使用这种功能可以帮助你看到以前的搜索方案与查询结果的数量。以上的两个简单实例，说明了如何应用PubMed所提供

34、的强大功能按钮来提高我们的检索效率。其实在实际应用中还有很多技巧有待于我们去探索，希望笔者的介绍能起到抛砖引玉的作用，帮助你在PubMed的海洋里自在地畅游。第六章 谈MeSH Browser（医学主题词浏览器）何为MeSH？ MeSH其实是Medical Subject Headings的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。NIH的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（major topic headings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词。 那么为什么要使用医学主题词呢？

35、 我们先来看个比喻，如果有人问你感冒了吗？你会不会回答没有啦，我只是有点着凉发烧而已呢？当然不会，因为你知道感冒就是着凉发烧。但一个检索系统，如果你不告诉它的话，它就有可能不知道这一点。在期刊中，对于同一个概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指肿瘤。当一个查询者希望查阅肿瘤和diet(饮食)相关的文献时，他可能会输入Tumor，也可能输入Neoplasm作为关键字，但其实这两者之间是没有区别的。一个愚蠢的检索系统可能就认识不到这点，而像PubMed这样的智能化检索系统就能够准确的意识到这点，从而不会造成检索结果的遗漏。 如何使用 如果你希望使用医学主题词进行检索，可

36、以从PubMed首页上点击PubMed Services下方的MeSH Browser即可进入以下界面。 举例说明，如果你想要检索Neoplasms和bone的相关文献，首先在MeSH Browser的检索框内输入检索词Neoplasms，然后点击Browse按钮，系统显示其定义及在树状等级结构中的位置，如下图。如果需要的话，你可以选择Detailed display,如同所示： 在这里，检索系统将显示详细的内容，可选择特定的副主题词，也可进行主要主题词或单个主题词检索，其选项如下：（1）Add the search to the following subheadings：点击副主题词前的方

37、框，表示选中该副主题词，可连续选择多个词，它们之间的逻辑关系为OR。（2）Restrict Search to Major Topic headings only：若将检出结果限定在主要主题词（Major Topic Heading）则可提高查准率。（3）Do Not Explode this term：系统要检索某一主题词时，会自动扩展检索（Explode），即将该主题词的下位词一并检出。如果只需检索单个主题词，可点击此按钮。完成上述选项后，点击Add按钮，稍后在下一屏Current Query的方框中将显示所选的主题词。然后，我们再在MeSH浏览器内输入bone, 按检索按钮，系统会告诉你

38、bone不是一个主题词，但它会自动将其转换成主题词Bone and Bones, 同样，其下方也会显示出其定义及在树状等级结构中的位置。你一样可以选择Detailed display以便进行更为精细的选择，选择完成后，点击Add按钮，则进入下面的界面。这时，你只需点击PubMed Search按钮即开始检索，查询出用这两个主题词为关键字以及所选择的相应逻辑关系的文献检索结果。 总而言之，主题词检索法虽然稍嫌繁琐，但其检索结果的准确性高，遗漏率低，是最佳的检索方法，一旦熟练掌握，将使得我们的检索工作事半功倍。PubMed检索完全攻略(3)第七章 如何获取全文 当很多人开始了解PubMed，并且逐

39、渐得心应手的时候，都会面临一个棘手的问题，即如何获取全文？的确，PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。当然，最省事最直截了当的做法是在PubMed上花钱购买，但一篇文章动辄十几甚至几十美金，使很多医学工作者只好望而却步。其实，只要我们掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。笔者查阅文献数年，为获取全文也做了不懈努力，积累了一些经验供大家参考。一、PubMedPubMed上约有5的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记。你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意

40、的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary)状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract)时才出现。因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract)状态。第二，有些时候，小图标上仅标着Full Text，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试。二、免费提供全文的期刊天下没有免费的午餐，这句老话也不一定正确。有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学）杂志，以前国内很多高校、研究所的资料室都流传着Science杂志的影印本，印刷质量低劣，而且有盗版之嫌。

41、后来Science的老板充分理解到中国的国情，干脆顺手做个人情，就与中国有关方面达成协议，使在中国大陆的读者都可以在网上免费看到Science的全文。方法如下： （1）先登录Science网址:http:/intl.sciencemag.org 。注意，不是www.sciencemag.org,否则你得不到全文。 （2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。 （3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。 （4）找出文章后，点击标题后的Full Text，就可以浏览原文了。除了Science， 其他一些期刊如美国科学

42、院院报（PNAS)，Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的网址就分别是：www.pnas.org ；www.genetics.org 。这里，我特别推荐一个提供免费全文的网站 High Wire Press。该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。输入网址http:/intl.highwire.org/即可登录该网站，首页即列出几个生物医学相关栏目，包括：1、生命科学（包含：生物化学，细胞和分子生物学 / 微生物学

43、与病毒学 / 免疫与免疫学 / 神经科学与神经生物学 / 生理学 / 植物学 / 其他生命科学 /）2、医学（包含：心血管医学 / 临床医学 / 精神病学与心理学 / 医学研究 /）3、自然科学以及其他科学栏目。你可以在这些栏目中选择自己需要的期刊。然后，你需要重点看一下该期刊后面的的说明信息，尤其是提供免费全文的方式，如 free ISSUES是在多长时间内可以享受免费索取原文，从5年到一个月不等。而 free TRIAL 是在限定时间内，可以免费提供原文。至于free SITE 则是可以完全免费获取全文的站点。当然，你也可以在检索框内输入关键字，然后点击首页右上方的 Search all

44、journals ，你就可以在所有的224种期刊里查找文献了。不过由于所检索到的结果仅仅局限于这200多种期刊，因此你一定要记住绝对不能用此网站来代替PubMed，来 了解所研究课题的最新进展。我个人的建议是，先在PubMed上检索，而仅以High Wire Press作为获取全文的一个途径而已。三、利用一些高校图书馆网站国内一些高等院校，尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议，支付不菲的费用，从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索，或者链接到大学图书馆的网站（如复旦大学图书馆的网址是),然后通过该网站的链接进入相

45、应的检索系统。可惜的是，从公众网到教育网之间的传输效率太低，很有可能等它等到你心痛，网页还是犹抱琵琶半遮面。四、Free Medical Journals与High Wire Press相似，该网站也提供了免费各种可能搜集到的全文期刊的列表。网址是 在这里，除了英文期刊，你还能检索到一些小语种的期刊全文。方法是在这个网站的左面是导航条，点击Other Languages，里面有：法语、德语、加泰罗尼亚语、荷兰语、希腊语、意大利语、挪威语、土耳其语、西班牙语和葡萄牙语等等。五、向作者索要这种方法究竟效率如何，没有人统计过，不过在以上方法都没有用时不妨试一试。你可以根据作者的Email地址给作者去

46、封信，先把对方的文章大大的吹捧一番，说它如何如何exciting，如何如何innovative，对自己的研究如何如何重要，然后说自己目前无法access to the full text，最后非常肯切地请求他能否通过email把全文寄来。这里，我有两条重要的建议。第一，不要简单的套用所谓的书信模板，应该多谈一谈你现在的研究内容以及对方的文章对自己的研究的重要性。这样才有可能引起作者的兴趣，不至于因为千篇一律而被对方直接删除到垃圾箱里。我总结的另一个技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。为什么这样说呢？我们知道，一篇医学文献往往有好几个作者。文献上有一个所谓的通信作者，通常是该实验室的老板。既

47、然是老板，往往各种应酬套磁自然颇多，每天email信箱里的信杂七杂八一大堆，他的私人秘书只会挑选出一些重要的信件，而那些明显无关紧要的讯问信件自然就遭受冷落了。而文献的第一作者，即该实验的主要承担者，应酬不会那么多，有email来讯问或索取文献也乐于答复。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其实这很容易，你只要到PubMed上显示出文献摘要，上面亦包括作者的单位，然后从google上找到该单位网址，从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。笔者就曾经多次用这种方法获取过全文，第一作者有一半以上都及时给予了答复，而通信作者大部分都有如石沉大海。六、作者主页有些作者会在他们的个人主页或实验室主

48、页上放上所发表论文的全文，你也可以去看看。我就曾经为查找一篇文献的全文尝试了各种方法，最后竟然就在其作者的主页上意外地发现了。大有踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫之感觉。当然，尽管在网络化生存的世界里，你也不要忘记最传统的办法，即到图书馆、资料室去查阅期刊文献，闻闻印刷品的特殊香味，聆听哗哗的翻页声，这些都是网络世界中无法体验的独特感受。第八章 期刊浏览器、引文匹配器及其他浏览器的使用 在PubMed首页PubMed Services下方，点击Journal Browser按钮即进入期刊浏览器的界面。在检索框中你可输入刊名全称、MEDLINE 的期刊缩写或国际标准期刊号（ISSN），然后点击Go

49、按钮，便可获得上述信息。此外通过journals with links to full-text web sites，便可链接入所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表。这一期刊列表不断更新，目前约有两千六百多种，每一期刊后面列出其相应的MEDLINE 标准缩写形式，这在当你发表文章列参考文献时还是很有用的。后面还可链接入期刊的全文，只是大多是收费的。 同样在PubMed首页PubMed Services下方，还有Single Citation Matcher（引文匹配器） 和Batch Citation Matcher。有不少人以为Citation Matcher（引文匹配器）只是一些辅

50、助功能，甚至用了数年PubMed也没有尝试去了解它。其实使用引文匹配器，绝对能够大大提高你的工作效率。我举一个最简单的例子。在查找文献的过程中，我们可能每个人都遇到过下面的情形，如记得某篇文献所发表的期刊和作者，但不太清楚它具体的标题，或是隐约记得标题中的某个词和作者等等。这时候，当然你可以尝试用复杂检索模式去搜索，但通常不容易准确定位，而如果用Citation Matcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。你在Citation Matcher界面中对应的框内输入你所知道的信息（见下图），不知道的就空在那儿，然后按search按钮就可以迅速得到结果，很少会有出入。需要特别说明的是，作者姓名的

51、格式一定要符合标准，否则将会检索不到结果。此外，如输入Smith j将会同时检索出Smith ja, Smith jb, Smith jc等等作者的文献，如果出现这种情况的话，你应该把Smith j置于引号中，即Smith j，然后再进行检索就可以避免这种偏差了。 此外，当你要投稿时，一定会需要整理参考文献，使之格式符合相应期刊的要求，一篇长的论文往往可能有数十篇参考文献，如果你手工输入的话，不仅费时费力，而且极易出错，我劝你赶紧放弃这种吃力不讨好的事情吧，在PubMed的引文匹配器，你只需随意输入已知的信息，便可以迅速获得文献的刊名、出版日期、卷、期、页次、著者等，而且都是标准格式，只需拷贝

52、粘贴过来就可以了。 Clinical Queries（临床问题） 这是专门为临床医生设计的搜索引擎，在Clinical Queries的主页上列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）etiology、（病因）和prognosis（预后）。检索的方法并没有什么特殊的，只需在检索框内输入检索词，然后点击上述类目即可。 Clinical Queries提供Sensitivity（检出相关文献）和Specificity（检出密切相关文献）两种检索方式。需要特别说明的是，Clinical Queries利用内在的滤器使其检索结果更加贴近临床的需要，包括临床的诊疗等。但

53、如果你需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，就不应该使用这个检索引擎。第九章 精确导航系统-谈Limits用法 从一个拥有上千万篇文献的检索引擎上去查找某些文献，就好像是大海捞针。而PubMed 所提供的种种功能、服务，目的正是为了方便我们能够尽可能快速准确的查找到所需要的文献。Limits就是其中一个非常重要的功能键。我们在前面的高级检索技巧中曾经简要的介绍 了Limits所包含的内容，在这一章，你将会进一步对Limits进行全面详尽的了解。在PubMed首页上的特征栏上，单击Limits按钮，进入Limits设置界面，如图所示： 在这里，你可以限制你的文献检索结果，包括年龄组、性别

54、、人类或动物学、文献的语种、文献类型以及出版日期等等。你还可以进行设定使检索只在某一特定的数据库子集内进行，例如艾滋病相关文献或护理学期刊等等。显而易见的是，如果能够熟练的使用Limits功能，将会使你迅速找到目的文献，具备大海捞针的本领。 在详细介绍Limits之前，需要说明一点的是，必须确定在Limits按钮前面的方框内已经打上钩（见下图），才表示你所设定Limits对检索结果起作用。否则，你可不要抱怨为什么设置了Limits却什么效果也没有。 如果需要的话，你可以选择Detailed display,如同所示： Field Selection在这里，你可以把你的检索条目限制于某一特定的区

55、域，如文献的作者，标题等等。比如你或许会希望查找仅在标题中含有你输入的关键字的文献，那么你就选择title区域。系统缺省将检索所有的区域。在Field Selection 左边有一个可选框Only Items with Abstracts，如果选中这个选项，你便把检索结果限定于那些拥有摘要的条目中。在PubMed， 1975年以前出版的文章是没有摘要的，此外1975年以后的部分文章如Science上的不少文献等也没有摘要。（但利用 如何获取全文一章中介绍的技巧，你便可以看到 Science的摘要乃至全文）。Publication Types 众所周知，正式的学术文献形式多种多样，如临床试验报告

56、，社论，通信，综述等。你可以在此进行设置，选择特定的文章类型，包括：Clinical Trial Editorial Letter Meta-Analysis Practice Guideline Randomized Controlled Trial Review 我个人感觉一个非常有用的文章类型是Review(综述)，尤其是当你对一个领域还不太清楚，需要有个总体的概念时，查阅Review(综述)而不是研究性论文，将是一个捷径。Languages PubMed 所包含的期刊，涉及到近40种语言，在 languages 下拉框中列出了几种检索频率较高的语言: English French Ge

57、rman Italian Japanese Russian Spanish Ages 和Gender呵呵，Ages可不是让你选择作者的年龄，而是设置那些人类研究文献的年龄组范围。 同样，Gender（性别）也是供你设定人类研究对象的性别。Human or Animal 这个选项供你选择研究对象，是人还是动物。Subsets 这是一个非常有用的选项，在Subsets（子集）中，你可以将检索的文献限制于某个特定的子集，而避免其他无用信息的干扰。这些子集包括：Citation Status Subsets: 引文状态子集。包括MEDLINE, 正在处理中的记录，和出版商.（注：PubMed包括以下三

58、部分内容：MEDLINE：收录1966年以来70多个国家3900多种生物医学期刊。内容每周更新，涉及临床、基础医学、护理学、牙科学、兽医学、药理学、环境和公共卫生等专业。PREMEDLINE：每天收录未经引的生物医学期刊中的新记录，每星期经MeSH（Medical Subject Headings）词表标引后，转入MEDLINE，并从PREMEDLINE中删除。PREMEDLINE的记录都标在MEDLINE record in process。其它相关数据库： Publisher Supplied Citations出版商直接制PubMed递送的电子记录，每条记录均标有Record as su

59、pplied by publisher，该记录一旦被PREMEDLINE，括号内的话随之消失。出版商往往提供刊物中所有文献记录，但MEDLINE并非每篇都收录，如该记录不属MEDLINE收录范围，则将永远保留在PREMEDLINE中。）Journal Subsets: 期刊子集，如 Core clinical journals (核心临床期刊), 牙科，护理等子集。Subject Subsets: 主题子集，如艾滋病，毒理学，生物伦理，空间生命科学等等。Publication DatesPubMed 包含的引文可以一直追溯到1966年，并且每天不断更新。在Publication Date这一栏

60、中，你可以输入要查阅的文献的日期范围。注意日期的输入要遵循一定的格式，即 YYYY/MM/DD; 其中月和日是可省略的, 例如, 2001/04/06, or 1999/07, or 2001。检索小技巧pubmed是我们最常用到的检索数据库，功能非常强大，但在实际应用过程中往往有一些非常实用的功能不被重视，下面就我的使用经验谈谈体会，请高手指正并补遗。1、History功能：作为PUBMED的“四大金刚”之一，至少有50的人忽略了它的好处。当你检索的主题词有很多的别名、定义或缩写时，或者你要检索多个领域交叉的文章时，如果单单在检索框里输入检索词和逻辑运算符，将显得非常累赘、容易出错并且不易查

61、全、查准。这时你可以试试HISTORY功能：每次检索时只要输入最简单的检索式，然后进入HISTORY，这时你就发现刚才你所有的检索结果都在里面，而且还编上了号，接下来不用说了，你就可以随心所欲地排列组合你的检索词了，如：1 AND2， 2 OR3 NOT4，等等，就象在Medline中检索一样方便。（注意:在HISTORY中输入检索式后按回车的效果与按PREVIEW按钮是一样的，即仅显示检索结果有多少篇，但按GO按钮之后就会跳出HISTORY进入题名或文摘界面,再进HISTORY时就需切换一下,有点麻烦）2、CUBBY功能：使用CUBBY功能（在PUBMED界面的左边有CUBBY的链接）可以保存你的检索式。如果需要跟踪某一领域的最新进展，可以将检索式保存在CUBBY中，定期调用查看一下就能紧跟潮流了 ：）。 CUBBY功能需要注册，不过是完全免费的(大家抢啊,呵呵)。3、高效利用PUBMED：在实验过程中常常会为引物设计、退火温度、蛋白质大小等等的实