酶与催化反应卢涛PPT课件

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1、目 录 第 七 章 酶 与 催 化 反 应ENZYMES AND CATALYTIC REACTIONS 目 录 目 录 Enzymes and Enzymatic Reactions 目 录 一 、 化 学 反 应 具 有 热 力 学 和 动 力 学 特 性( 一 ) 热 力 学 性 质 涉 及 反 应 平 衡 和 能 量 平 衡1 反 应 平 衡 可 用 平 衡 常 数 来 描 述反 应 平 衡 ( reaction equilibrium)任 何 一 个 化 学 反 应 在 正 向 反 应 与 逆 向 反 应速 率 相 等 时 , 反 应 便 不 再 有 新 的 产 物 生 成 ,这时

2、的 化 学 反 应 称 为 反 应 平 衡 。平 衡 常 数 ( equilibrium constant, K eq)平 衡 常 数 是 指 化 学 反 应 达 到 平 衡 时 , 反应 产 物 浓 度 积 与 剩 余 底 物 浓 度 积 之 比 。 目 录 一 定 的 温 度 下 , Keq与 反 应 的 初 始 浓 度 无 关 ,它 反 映 化 学 反 应 的 本 性 。Keq越 大 则 反 应 越 倾 向 于 产 物 的 生 成 , 即 正 向反 应 进 行 得 越 完 全 ; Keq越 小 则 逆 反 应 的 程 度 越 大 。Keq是 化 学 反 应 可 能 进 行 的 最 大 限

3、 度 的 量 度 。 目 录 2 自 由 能 的 变 化 是 化 学 反 应 的 动 力自 由 能 ( free energy)自 由 能 是 能 够 用 于 做 功 的 能 量 。反 应 物 的 自 由 能 ( G) 与 其 焓 、 温 度 ( T)和 熵 ( S) 相 关 , 等 于 其 焓 减 去 绝 对 温 度 和 熵 的乘 积 , 即 G = H TS在 生 物 系 统 中 , 生 物 分 子 在 等 温 、 等 压 条件 下 , 在 化 学 反 应 中 能 量 的 变 化 可 以 用 自 由 能变 ( G) 来 量 度 。 G = H TS 目 录 自 由 能 的 变 化 是 化

4、学 反 应 的 动 力 , 影 响 化 学 反应 的 方 向 。 G 0反 应 为 吸 能 反 应 ( endergonic reaction) 不 能 自 发 进 行 G = 0反 应 正 逆 向 速 率 相 等 , 反 应 处 于 平 衡 状 态 目 录 反 应 方 向 与 H、 S和 T的 关 系 目 录 3 标 准 自 由 能 变 与 平 衡 常 数 有 关标 准 自 由 能 变 ( G) 是 指 在 标 准 状 态 下 的 自 由 能 变标 准 状 态 : 压 力 = 1大 气 压 ( 101.3kPa)温 度 = 298K( 25C)pH = 7.0G = G + RT ln反 应

5、 达 到 平 衡 时 即 G = 0 G = RT ln Keq中 目 录 ( 二 ) 动 力 学 性 质 是 对 反 应 速 率 的 描 述动 力 学 是 研 究 化 学 反 应 速 率 及 其 影响 因 素 的 科 学 。反 应 速 率 是 单 位 体 积 内 反 应 进 度 随 时间 的 变 化 率 ,任 何 反 应 速 率 均 由 底 物 浓 度 和速 率 常 数 ( rate constant, k) 所 决 定 。 目 录 n 一 级 反 应 ( first-order reaction) :单 底 物 反 应n 二 级 反 应 ( second-order reaction) :

6、 双 底 物反 应 V仅 依 赖 于 一 个 底 物 浓 度 S;V = k S k的 单 位 是 秒 1V依 赖 于 两 个 底 物 浓 度V = k S1S2 k的 单 位 是 L mol1 s1 目 录 二 、 酶 的 化 学 本 质 是 蛋 白 质( 一 ) 单 纯 酶 仅 含 有 氨 基 酸 组 分有 些 酶 其 分 子 结 构 仅 由 氨 基 酸 残 基 组 成 , 没 有辅 助 因 子 。 这 类 酶 称 为 单 纯 酶 ( simple enzyme) 。如 脲 酶 、 一 些 蛋 白 酶 、 淀 粉 酶 、 酯 酶 和 核 糖 核酸 酶 等 。 目 录 ( 二 ) 结 合 酶

7、 既 含 有 氨 基 酸 组 分 又 含 有 非 氨基 酸 组 分结 合 酶 ( conjugated enzyme) 是 除 了 在 其 组成 中 含 有 由 氨 基 酸 组 成 的 蛋 白 质 部 分 外 , 还 含 有非 蛋 白 质 部 分 蛋 白 质 部 分 : 酶 蛋 白 (apoenzyme)辅 助 因 子(cofactor) 金 属 离 子小 分 子 有 机 化 合 物全 酶(holoenzyme) 决 定 反 应 的 特 异 性 及 其 催 化 机 制决 定 反 应 的 性质 和 反 应 类 型 目 录 辅 助 因 子 分 类( 按 其 与 酶 蛋 白 结 合 的 紧 密 程

8、度 ) 辅 酶 (coenzyme):与 酶 蛋 白 结 合 疏 松 , 可 用 透 析 或 超 滤 的方 法 除 去 。 辅 基 (prosthetic group):与 酶 蛋 白 结 合 紧 密 , 不 能 用 透 析 或 超滤 的 方 法 除 去 。 目 录 一 些 化 学 稳 定 的 小 分 子 有 机 化 合 物 是 重要 的 辅 酶 或 辅 基 。辅 酶 在 反 应 过 程 中 可 与 多 种 酶 蛋 白 结 合 ,作 为 底 物 在 不 同 的 酶 之 间 传 递 电 子 、 质 子 或 化学 基 团 。 辅 基 在 反 应 中 不 能 离 开 与 其 结 合 的 酶 蛋 白

9、。 目 录 辅 酶 或 辅 基 缩 写 转 移 的 基 团 所 含 的 维 生 素尼 克 酰 胺 腺 嘌 呤 二 核 苷酸 , 辅 酶 I NAD+ H+、 电 子 尼 克 酰 胺 ( 维生 素 PP)尼 克 酰 胺 腺 嘌 呤 二 核 苷酸 磷 酸 , 辅 酶 II NADP+ H+、 电 子 尼 克 酰 胺 ( 维生 素 PP)黄 素 腺 嘌 呤 二 核 苷 酸 FAD 氢 原 子 维 生 素 B2焦 磷 酸 硫 胺 素 TPP 醛 基 维 生 素 B1磷 酸 吡 哆 醛 氨 基 维 生 素 B6辅 酶 A CoASH 酰 基 泛 酸生 物 素 二 氧 化 碳 生 物 素四 氢 叶 酸 F

10、H 4 一 碳 单 位 叶 酸辅 酶 B12 氢 原 子 、 烷 基 维 生 素 B12 小 分 子 有 机 化 合 物 辅 酶 ( 辅 基 ) 的 种 类 与 作 用 目 录 金 属 离 子 的 作 用 : 目 录 金 属 酶 (metalloenzyme)金 属 离 子 与 酶 结 合 紧 密 , 提 取 过 程 中 不 易 丢 失 。金 属 激 活 酶 (metal-activated enzyme) 金 属 离 子 为 酶 的 活 性 所 必 需 , 却 不 与 酶 直 接 结 合 ,而 是 通 过 底 物 相 连 接 。 目 录 金 属 酶 和 金 属 激 活 酶 目 录 ( 三 )

11、 单 体 酶 仅 含 有 一 条 肽 链 而 寡 聚 酶 含 有两 条 或 两 条 以 上 的 肽 链单 体 酶 ( monomeric enzyme)由 一 条 多 肽 链 组 成 , 只 具 有 三 级 结 构 的 酶 。如 核 糖 核 酸 酶 、 一 些 肠 道 蛋 白 水 解 酶 、 溶 菌 酶 。寡 聚 酶 ( oligomeric enzyme)由 多 条 相 同 或 不 同 的 亚 基 组 成 的 酶 。 目 录 多 酶 复 合 物 ( multienzyme complex) , 或 称 多 酶 体 系 ( multienzyme system)由 催 化 不 同 化 学 反

12、应 的 多 种 酶 组 成 的 寡 聚 酶如 : 丙 酮 酸 脱 氢 酶 复 合 物多 功 能 酶 ( multifunctional enzyme) 或 称 串 联 酶 ( tandem enzyme)多 种 催 化 功 能 融 合 于 一 条 多 肽 链 的 酶如 : 哺 乳 动 物 脂 肪 酸 目 录 三 、 按 酶 所 催 化 反 应 的 类 型 将 酶 分 为 六 大 类( 一 ) 催 化 氧 化 还 原 反 应 的 酶 属 于 氧 化 还 原 酶 类氧 化 还 原 酶 类 ( oxidoreductases) 包 括 催 化传 递 电 子 和 氢 、 以 及 需 氧 参 加 反 应

13、 的 酶 。 例 如 ,脱 氢 酶 类 、 加 氧 酶 类 、 过 氧 化 物 酶 和 过 氧 化 氢 酶等 。 目 录 ( 二 ) 催 化 分 子 间 基 团 转 移 或 交 换 的 酶 属 于转 移 酶 类转 移 酶 类 ( transferases) 包 括 将 磷 酸 基 从ATP转 到 另 外 底 物 的 激 酶 、 加 无 机 磷 酸 使 化 学键 断 裂 的 磷 酸 化 酶 , 以 及 糖 基 转 移 酶 、 转 氨 酶等 。 目 录 ( 三 ) 催 化 底 物 发 生 水 解 反 应 的 酶 属 于 水 解 酶 类 水 解 酶 类 ( hydrolases)按 其 所 水 解

14、的 底 物 不 同 根 据 它 们 的 作 用 部 位蛋 白 酶 、 酯 酶 、磷 酸 酶 、 糖 苷 酶 、核 酸 酶 外 切 酶 、 内 切 酶 目 录 ( 四 ) 催 化 从 底 物 移 去 一 个 基 团 并 形 成 双 键的 反 应 或 其 逆 反 应 的 酶 属 于 裂 合 酶 类裂 合 酶 或 裂 解 酶 类 ( lyases) 是 指 催 化 一 分 子 非 水 解地 分 裂 成 两 个 分 子 并 留 有 双 键 , 或 相 反 的 酶 。如 : 脱 水 酶 、 脱 羧 酶 、 醛 缩 酶 。合 酶 ( synthases)催 化 反 应 方 向 相 反 , 一 个 底 物

15、去 掉 双 键 , 并 与另 一 底 物 结 合 形 成 一 个 分 子 目 录 ( 五 ) 催 化 同 分 异 构 体 相 互 转 化 的 酶 类 属 于异 构 酶 类异 构 酶 类 ( isomerases) : 催 化 分 子 内 部 基 团的 位 置 互 变 、 几 何 或 光 学 异 构 体 互 变 、 以 及 醛 酮 互变 的 酶 类 。如 : 变 位 酶 、 表 构 酶 、 异 构 酶 。 目 录 ( 六 ) 催 化 两 种 底 物 形 成 一 种 产 物 同 时 偶 联有 高 能 键 的 水 解 释 能 的 酶 属 于 合 成 酶类 DNA连 接 酶 、 氨 基 酰 -rRNA

16、合 成 酶 、 谷氨 酰 胺 合 成 酶 属 于 连 接 酶 或 合 成 酶 类 。合 成 酶 类 ( synthetases) 又 称 连 接 酶 类 ( ligases) 。 目 录 四 、 酶 可 按 其 所 催 化 的 反 应 类 型 予 以 命 名( 一 ) 酶 的 系 统 命 名 法 可 反 映 出 酶 的 多 种 信息 但 比 较 繁 琐习 惯 命 名 法 , 一 般 是 按 酶 所 催 化 的 底 物 命 名 , 在其 底 物 英 文 名 词 上 加 后 缀 “ ase” 作 为 酶 的 名 称 。如 : 蛋 白 酶 ( protease) 、 磷 酸 酶 ( phosphat

17、ase)系 统 命 名 法 根 据 酶 所 催 化 的 整 体 反 应 , 按 酶 的 分类 对 酶 命 名 每 个 酶 都 有 一 个 名 称 和 一 个 编 号编 号 中 4个 数 字 中 第 1个 数 字 是 酶 的 分 类 号 , 第 2个 数 字 代 表在 此 类 中 的 亚 类 , 第 3个 数 字 表 示 亚 -亚 类 , 第 4个 数 字 表 示 该 酶在 亚 -亚 类 中 的 序 号 。 目 录 酶 的 分 类 与 命 名 举 例 目 录 ( 二 ) 推 荐 名 称 简 便 而 常 用由 于 系 统 名 称 较 烦 琐 , 国 际 酶 学 委 员 会 还同 时 为 每 一 个

18、 酶 从 常 用 的 习 惯 名 称 中 挑 选 出 一个 推 荐 名 称 ( recommended name)系 统 名 称 L-乳 酸 : NAD+氧 化 还 原 酶推 荐 名 称 乳 酸 脱 氢 酶 目 录 五 、 同 工 酶 催 化 相 同 的 化 学 反 应( 一 ) 同 工 酶 是 催 化 相 同 化 学 反 应 而 结 构 不同 的 一 组 酶 定 义 :同 工 酶 (isoenzyme)是 指 催 化 相 同 的 化 学反 应 , 而 酶 蛋 白 的 分 子 结 构 、 理 化 性 质 乃 至免 疫 学 性 质 不 同 的 一 组 酶 。同 工 酶 主 要 由 于 基 因 倍

19、 增 ( duplication)和 趋 异 ( divergence) 所 致 。 目 录乳 酸 脱 氢 酶 的 同 工 酶 目 录 ( 二 ) 同 工 酶 在 生 物 体 中 的 表 达 分 布 具 有 时空 特 异 性同 工 酶 存 在 于 同 一 种 属 的 不 同 个 体 , 同 一 个 体的 不 同 组 织 、 同 一 细 胞 的 不 同 亚 细 胞 结 构 , 以 及 同一 组 织 、 细 胞 的 不 同 发 育 阶 段 。LDH同 工 酶 红 细 胞 白 细 胞 血 清 骨 骼 肌 心 肌 肺 肾 肝 脾LDH 1 ( H4) 43 12 27.1 0 73 14 43 2 1

20、0LDH2 ( H3M) 44 49 34.7 0 24 34 44 4 25LDH3( H2M2) 12 33 20.9 5 3 35 12 11 10LDH4 ( HM3) 1 6 11.7 16 0 5 1 27 20LDH5 ( M4) 0 0 5.7 79 0 12 0 56 5人 体 各 组 织 器 官 LDH同 工 酶 谱 ( 活 性 %) 目 录 ( 三 ) 检 测 组 织 器 官 同 工 酶 谱 的 变 化 有 重 要的 临 床 意 义在 代 谢 调 节 上 起 着重 要 的 作 用 ;用 于 解 释 发 育 过 程中 阶 段 特 有 的 代 谢 特 征 ;同 工 酶 谱 的

21、 改 变 有助 于 对 疾 病 的 诊 断 ;同 工 酶 可 以 作 为 遗传 标 志 , 用 于 遗 传 分 析研 究 。 心 肌 梗 死 和 肝 病 病 人 血 清 LDH同 工 酶 谱 的 变 化1酶活性 心 肌 梗 死 酶 谱正 常 酶 谱肝 病 酶 谱2 3 4 5 目 录 第 二 节 酶 的 工 作 原 理Mechanism of Enzymatic Reactions 目 录 一 、 酶 具 有 与 一 般 催 化 剂 相 似 的 工 作 原 理( 一 ) 酶 与 一 般 催 化 剂 一 样 能 降 低 反 应 的 活 化 能1 活 化 能 是 化 学 反 应 的 能 障活 化

22、能 : 指 在 一 定 温 度 下 一 摩 尔 底 物 ( substrate)从 低 自 由 能 的 初 始 态 转 变 成 能 量 较 高 的 过 渡 态所 需 要 的 自 由 能 , 即 过 渡 态 中 间 产 物 比 基 态 底物 高 出 的 那 部 分 能 量 。酶 和 一 般 催 化 剂 加 速 反 应 的 机 制 都 是 降 低 反应 的 活 化 能 (activation energy)。 酶 比 一 般 催 化 剂更 有 效 地 降 低 反 应 的 活 化 能 。 目 录反 应 总 能 量 改 变 非 催 化 反 应 活 化 能 酶 促 反 应 活 化 能 一 般 催 化 剂

23、 催化 反 应 的 活 化 能 能量 反 应 过 程 底 物 产 物 酶 促 反 应 活 化 能 的 改 变 目 录 2 活 化 能 的 降 低 可 使 反 应 速 率 呈 指 数 上 升化 学 反 应 速 率 与 自 由 能 变 化 的 关 系 dS kBT V = = S e G*/RT dt hS代 表 底 物 ( substrate) 浓 度kB是 玻 尔 茨 曼 常 数 ( Boltzmann constant) ( 1.3811023JK-1)h是 普 朗 克 常 数 ( Planck constant) ( 6.626 1034J.s)G*代 表 反 应 的 活 化 能在 标 准

24、 状 态 下 反 应 活 化 能 降 低 1倍 , 反 应 速率 可 提 高 约 5000倍 , 呈 现 指 数 上 升一 般 讲 , 酶 的 催 化 效 率 比 非 催 化 反 应 高 10 51017倍 目 录 ( 二 ) 酶 与 一 般 催 化 剂 一 样 能 加 速 化 学反 应 而 不 改 变 反 应 的 平 衡 点 酶 与 一 般 催 化 剂 一 样 , 只 能 加 快 反 应 速 率 ,使 其 缩 短 到 达 反 应 平 衡 的 时 间 , 而 不 能 改 变 反应 的 平 衡 点 。反 应 达 到 平 衡 时 自 由 能 的 变 化 仅 取 决 于 底物 与 产 物 的 自 由

25、 能 之 差 。任 何 催 化 剂 都 不 能 改 变 底 物 和 产 物 自 身 的自 由 能 。 目 录 二 、 酶 具 有 不 同 于 一 般 催 化 剂 的 显 著 特 点 酶 的 催 化 效 率 通 常 比 无 催 化 剂 时 的 自 发 反 应 高1081020倍 , 比 一 般 无 机 催 化 剂 高 1071013倍 。 ( 一 ) 酶 对 底 物 具 有 极 高 的 催 化 效 率 目 录 目 录 酶 的 特 异 性 或 专 一 性 ( specificity)酶 对 其 所 催 化 的 底 物 和 反 应 类 型 具 有 严 格 的选 择 性 , 一 种 酶 只 作 用 于

26、 一 种 化 合 物 , 或 一 类 化学 键 , 催 化 一 定 的 化 学 反 应 并 产 生 一 定 结 构 的 产物 的 现 象 。( 二 ) 酶 对 底 物 具 有 高 度 的 特 异 性 或 专 一 性 目 录 1.有 的 酶 对 其 底 物 具 有 极 其 严 格 的 绝 对 专 一 性有 的 酶 仅 对 一 种 特 定 结 构 的 底 物 起 催 化 作用 , 产 生 具 有 特 定 结 构 的 产 物 。 酶 对 底 物 的 这种 极 其 严 格 的 选 择 性 称 为 绝 对 特 异 性 ( absolute specificity) 。脲 酶 仅 水 解 尿 素 , 对

27、甲 基 尿 素 则 无 反 应 。 目 录 2.多 数 酶 对 其 底 物 具 有 相 对 特 异 性多 数 酶 可 对 一 类 化 合 物 或 一 种 化 学 键 起 催化 作 用 , 这 种 对 底 物 分 子 不 太 严 格 的 选 择 性 称为 相 对 特 异 性 ( relative specificity) 。脂 肪 酶 不 仅 水 解 脂 肪 , 也 可 水 解 简 单 的 酯 。胰 蛋 白 酶 水 解 由 碱 性 氨 基 酸 ( 精 氨 酸 和 赖氨 酸 ) 的 羧 基 所 形 成 的 肽 键 。 目 录各 种 蛋 白 酶 对 肽 键 的 专 一 性 目 录 人 体 内 有 多

28、 种 蛋 白 激 酶 , 它 们 均 催 化 底 物 蛋 白 质丝 氨 酸 ( 或 苏 氨 酸 ) 残 基 上 羟 基 的 磷 酸 化 目 录 3. 有 些 酶 对 其 底 物 表 现 出 立 体 异 构 专 一 性 酶 对 空 间 构 型 所 具 有 的 特 异 性 要 求 称 为空 间 异 构 特 异 性 ( stereospecificity)延 胡 索 酸 酶 仅 对 延 胡 索 酸 (反 丁 烯 二 酸 )起催 化 作 用 , 将 其 加 水 生 成 苹 果 酸 , 对 顺 丁 烯二 酸 则 无 作 用 目 录 H CH 3C COOHOH H CH 3C OHCOOH A B C

29、A B C L-乳酸 D-乳酸 乳酸脱氢酶乳 酸 脱 氢 酶 仅 催 化 L-乳 酸 脱 氢 生 成 丙 酮酸 , 而 对 D-乳 酸 无 作 用 。 目 录 三 、 酶 活 性 中 心 是 酶 与 底 物 结 合 并 将 底 物转 化 为 产 物 的 特 定 部 位或 称 活 性 部 位 (active site), 指 必 需 基 团在 空 间 结 构 上 彼 此 靠 近 , 组 成 具 有 特 定 空 间结 构 、 能 与 底 物 特 异 结 合 并 将 底 物 转 化 为 产物 的 区 域 。酶 的 活 性 中 心 (active center)( 一 ) 酶 分 子 上 的 必 需

30、基 团 与 酶 的 活 性 密 切 相 关 目 录 溶 菌 酶 的 活 性 中 心 目 录 酶 的 活 性 中 心 由 许 多 必 需 基 团 组 成必 需 基 团 (essential group)酶 分 子 中 氨 基 酸 残 基 侧 链 的 化 学 基 团 中 ,与 酶 活 性 密 切 相 关 的 化 学 基 团 。常 见 的 必 需 基 团 丝 氨 酸 残 基 的 羟 基组 氨 酸 残 基 的 咪 唑 基半 胱 氨 酸 残 基 的 巯 基酸 性 氨 基 酸 残 基 的 羧 基 目 录 结 合 基 团binding group 催 化 基 团(catalytic group)催 化 底

31、物 转 变 成 产 物 位 于 活 性 中 心 以 外 , 维 持 酶 活 性 中 心 应 有的 空 间 构 象 所 必 需 。 底 物 活 性 中 心 以 外的 必 需 基 团结 合 基 团 催 化 基 团 活 性 中 心 目 录 目 录 组 成 酶 活 性 中心 的 必 需 基 团 在 一级 结 构 上 可 能 相 距很 远 , 但 在 形 成 三级 结 构 时 相 互 接 近 ,形 成 具 有 三 维 结 构的 区 域 , 且 多 是 酶分 子 中 的 裂 隙 或 凹陷 所 形 成 的 疏 水 口袋 。( 二 ) 酶 的 活 性 中 心 的 构 象 有 利 于 酶 与 底 物 结合 及

32、催 化 反 应 胰 蛋 白 酶 、 胰 凝 乳 蛋 白 酶 和 弹性 蛋 白 酶 活 性 中 心 “ 口 袋 ” 目 录 酶 的 活 性 中 心 对 底 物 具 有 高 度 的 特 异 性 酶 活 性 中 心 与 底 物 结 合 时 , 发 生 构 象 改 变 , 相 互诱 导 契 合 , 增 加 与 底 物 的 互 补 性大 多 数 情 况 下 底 物 与 酶 活 性 中 心 最 初 的 结 合 是 非共 价 性 的 氢 键离 子 键疏 水 键van der Waals力 目 录 ( 一 ) 酶 与 底 物 之 间 的 相 互 作 用 表 现 有 多 种 效 应1 酶 与 底 物 结 合 时

33、 相 互 诱 导 发 生 构 象 改 变诱 导 契 合 假 说 ( induced-fit hypothesis)酶 -底 物 复 合 物 E + S E + P ES 酶 与 底 物 相 互 接 近 时 , 其 结 构 相 互 诱 导 、相 互 变 形 和 相 互 适 应 , 进 而 相 互 结 合 。 这 一 过程 称 为 酶 -底 物 结 合 的 诱 导 契 合 假 说四 、 酶 对 底 物 具 有 多 种 催 化 机 制 目 录 目 录 羧肽酶的诱导契合模式 底 物 目 录 2 形 成 酶 -底 物 过 渡 态 复 合 物 过 程 中 释 放 结 合 能底 物 与 酶 的 活 性 中

34、心 相 互 诱 导 契 合 形 成 过 渡 态化 合 物 , 过 渡 态 与 酶 的 活 性 中 心 以 次 级 键 (氢 键 、 离子 键 、 疏 水 键 )相 结 合 , 这 一 过 程 是 释 能 反 应 , 所 释放 的 能 量 称 为 结 合 能 (binding energy)。结 合 能 可 以 抵 消 一 部 分 活 化 能 , 是 酶 反 应 降 低活 化 能 的 主 要 能 量 来 源 。 酶 不 能 使 底 物 形 成 过 渡 态 , 则 没 有 结 合 能 的 释放 , 也 就 不 能 催 化 反 应 的 进 行 。 目 录 3 邻 近 效 应 和 定 向 排 列 有

35、利 于 底 物 形 成 过 渡 态 邻 近 效 应 ( proximity effect) 和 定 向 排 列( orientation arrange) 将 分 子 间 的 反 应 变 成 类似 分 子 内 的 反 应 , 使 反 应 速 率 显 著 提 高 。底 物 B底 物 A 酶 酶 -底 物 复 合 物 目 录 在 疏 水 环 境 中 进 行 酶 反 应 有 很 大 的 优 越 性 , 此现 象 称 为 表 面 效 应 ( surface effect) 。酶 的 活 性 中 心 多 位 于 其 分 子 内 部 的 疏 水 “ 口 袋 ”中 , 酶 反 应 在 酶 分 子 内 部 的

36、 疏 水 环 境 中 进 行 。 疏 水环 境 可 使 底 物 分 子 脱 溶 剂 化 ( desolvation) , 排 除周 围 大 量 水 分 子 对 酶 和 底 物 分 子 中 功 能 基 团 的 干 扰性 吸 引 或 排 斥 , 防 止 二 者 之 间 形 成 水 化 膜 , 利 于 底物 和 酶 分 子 之 间 的 直 接 密 切 接 触 和 相 互 结 合 。4. 表 面 效 应 有 利 于 底 物 和 酶 的 接 触 与 结 合 目 录 ( 二 ) 酶 对 底 物 呈 现 多 元 催 化 酶 是 两 性 解 离 的 蛋 白 质 , 酶 活 性 中 心 上 有 些 基团 是 质

37、 子 供 体 ( 酸 ) , 有 些 是 质 子 接 受 体 ( 碱 ) 。这 些 基 团 在 酶 活 性 中 心 的 准 确 定 位 有 利 于 质 子的 转 移 , 这 种 一 般 酸 -碱 催 化 ( general acid-base catalysis) 可 以 使 反 应 速 率 提 高 10 2105倍 。质 子 转 移 反 应 都 包 含 一 般 酶 -碱 催 化 反 应 目 录 R N HHH + R NH2.CH NHHNC CHR + CH N:HNC CHR OHR O-R 酶 分 子 中 具 有 酸 -碱 催 化 作 用 的 基 团 目 录 酶 可 与 底 物 形 成

38、 瞬 时 共 价 键很 多 酶 在 催 化 过 程 中 , 与 底 物 形 成 瞬 时 共 价键 , 底 物 与 酶 形 成 共 价 键 后 被 激 活 , 并 很 容 易 进一 步 水 解 形 成 产 物 和 游 离 的 酶 。 这 种 催 化 机 制 称为 共 价 催 化 ( covalent catalysis) 。AB + E: AE + BH 2OAE A + E: + B 目 录 酶 的 亲 核 基 团 与 底 物 共 价 结 合 目 录 酶 可 通 过 亲 核 催 化 或 亲 电 子 催 化 加 速 反 应酶 活 性 中 心 有 的 催 化 基 团 属 于 亲 核 基 团 , 可

39、 以提 供 电 子 给 带 有 部 分 正 电 荷 的 过 渡 态 底 物 , 形 成 瞬间 共 价 键 。 这 种 催 化 作 用 称 为 亲 核 催 化( nucleophilic catalysis) 。亲 电 子 催 化 ( electrophilic catalysis) 可 使 酶活 性 中 心 的 阳 离 子 亲 电 子 基 团 与 富 含 电 子 的 底 物 形成 共 价 键 。 目 录 胰 凝 乳 蛋 白 酶 的 亲 核 催 化 、 共 价 催 化 和 酸 -碱 催 化 机 制 目 录 第 三 节 酶 促 反 应 动 力 学The Kinetics of Enzymatic

40、Reactions 目 录 研 究 一 种 因 素 的 影 响 时 , 其 余 各 因 素 均 恒 定 。 目 录 I. 单 底 物 、 单 产 物 反 应 ;II. 酶 促 反 应 速 率 ( velocity, V) 一 般 在 规 定 的反 应 条 件 下 , 用 单 位 时 间 内 底 物 的 消 耗 量 和产 物 的 生 成 量 来 表 示 ;III. 反 应 速 率 取 其 初 速 率 , 即 底 物 的 消 耗 量 很 小( 一 般 在 5 以 内 ) 时 的 反 应 速 率 ;IV. 底 物 浓 度 远 远 大 于 酶 浓 度 。研 究 前 提 目 录 一 、 采 用 酶 促

41、反 应 初 速 率 来 研 究 酶 促 反应 动 力 学( 一 ) 酶 活 性 是 指 酶 催 化 化 学 反 应 的 能 力衡 量 酶 活 性 的 尺 度 是 酶 促 反 应 速 率 的 大 小 。酶 促 反 应 速 率 可 用 单 位 时 间 内 底 物 的 减 少 量或 产 物 的 生 成 量 来 表 示 。由 于 底 物 的 消 耗 量 不 易 测 定 , 所 以 实 际 工 作中 经 常 是 测 定 单 位 时 间 内 产 物 的 生 成 量 。 目 录 酶 的 活 性 :以在 规 定 的 实 验 条 件 下 ( 如 温 度 、 pH的 限 定 和足 够 的 底 物 浓 度 等 )

42、, 每 分 钟 催 化 1mol底 物 转 变成 产 物 所 需 要 的 酶 量 为 1个 国 际 单 位 ( IU) 。 目 录 催 量 ( Katal)1IU 16.67 10 9 Kat1催 量 是 指 在 特 定 条 件 下 , 每 秒 钟 将 1mol底 物 转 化 成 产 物 所 需 的 酶 量比 活 性 ( specific activity) : 比 较 酶 的 纯 度 比 活 性 单 位 是 每 mg蛋 白 质 所 含 酶 的 国 际 单 位 数 ,其 单 位 是 IU mg 蛋 白 1 目 录 ( 二 ) 酶 促 反 应 初 速 率 是 反 应 刚 刚 开 始 时 测 得的

43、 反 应 速 率酶 促 反 应 初 速 率 是 指 反 应 刚 刚 开 始 , 各 种 影 响因 素 尚 未 发 挥 作 用 时 的 酶 促 反 应 速 率 , 即 反 应 时 间进 程 曲 线 为 直 线 部 分 时 的 反 应 速 率 。 目 录 ( 三 ) 有 三 类 方 法 可 用 来 测 定 底 物 或 产 物 的 变 化 量1 直 接 测 定 法 是 对 底 物 或 产 物 量 的 变 化 进 行 直 接检 测 有 些 酶 促 反 应 可 在 反 应 进 行 一 定 时 间 后 , 不 用 任何 辅 助 反 应 便 可 直 接 测 定 反 应 液 中 底 物 或 产 物 的 浓 度

44、 。这 类 测 定 方 法 称 为 直 接 测 定 法 ( direct assay) 。还 原 型 ( Fe2+) 细 胞 色 素 c在 波 长 550nm处 有 明 显的 吸 收 峰 , 而 氧 化 型 ( Fe3+) 则 无 ; 细 胞 色 素 C氧 化 酶对 细 胞 色 素 C的 氧 化 反 应 , 可 以 直 接 在 波 长 550nm处检 测 一 定 时 间 内 还 原 型 细 胞 色 素 C的 减 少 过 程 目 录 有 些 酶 促 反 应 的 底 物 和 产 物 不 能 直 接 进 行 检 测 ,必 须 增 加 一 些 辅 助 试 剂 来 达 到 检 测 的 目 的 , 这 种

45、 方法 称 为 间 接 测 定 法 ( indirect assay)2 间 接 测 定 法 利 用 非 酶 辅 助 反 应 对 底 物 或 产物 量 的 变 化 进 行 间 接 检 测 目 录 3 酶 偶 联 测 定 法 是 间 接 反 映 初 始 反 应 的 底 物 或 产 物量 的 变 化 量 许 多 酶 促 反 应 的 底 物 和 产 物 虽 然 不 能 直 接 检 测 , 但 可以 与 另 外 的 酶 反 应 相 偶 联 , 偶 联 的 酶 以 第 一 个 酶 的 产 物 为 底物 , 或 以 此 类 推 , 以 最 后 的 酶 反 应 产 物 可 以 直 接 检 测 为 目 的 。

46、这 种 通 过 偶 联 其 他 酶 并 对 此 酶 促 产 物 进 行 直 接 检 测 , 间 接 地反 映 待 测 酶 反 应 的 底 物 或 产 物 变 化 量 的 方 法 称 为 酶 偶 联 测 定法 ( enzyme coupled assay)外 加 的 酶 称 为 工 具 酶 或 辅 助 酶 ( auxiliary enzyme)产 物 可 直 接 检 测 的 酶 称 为 指 示 酶 ( indicator enzyme)丙 氨 酸 转 氨 酶 丙 氨 酸 + -酮 戊 二 酸 丙 酮 酸 + 谷 氨 酸乳 酸 脱 氢 酶丙 酮 酸 + NADH + H+ 乳 酸 + NAD+ (

47、 在 340nm处 有 吸 收 峰 ) ( 在 340nm处 无 吸 收 峰 ) 目 录 二 、 酶 促 反 应 速 率 受 底 物 浓 度 的 影 响( 一 ) 酶 促 反 应 速 率 对 底 物 浓 度 作 图 呈 矩 形 双 曲 线 在 酶 浓 度 和其 他 反 应 条 件 不变 的 情 况 下 , 反应 速 率 V对 底 物浓 度 S作 图 呈 矩形 双 曲 线 。 当 底 物 浓 度 较 低 时反 应 速 率 与 底 物 浓 度 成 正 比 ; 反应 为 一 级 反 应 。 目 录 随 着 底 物 浓 度 的 增 高反 应 速 率 不 再 成 正 比 例 加 速 ; 反 应为 混 合

48、 级 反 应 。 目 录 当 底 物 浓 度 高 达 一 定 程 度酶 被 底 物 所 饱 和 , 反 应 速 率 不 再 增加 , 达 最 大 速 率 ; 反 应 为 零 级 反 应 。 目 录 目 录 ( 二 ) 反 应 速 率 与 底 物 浓 度 的 关 系 可 用 米 -曼 氏方 程 式 表 示1 米 -曼 氏 方 程 定 量 地 描 述 底 物 浓 度 与 反 应 速率 的 关 系 酶 促 反 应 模 式 中 间 产 物 学 说E + S k1k2 k3ES E + P 目 录 1913年 Michaelis和 Menten提 出 反 应 速 率 与 底物 浓 度 关 系 的 数 学

49、 方 程 式 , 即 米 -曼 氏 方 程 式 ,简 称 米 氏 方 程 式 (Michaelis equation)。S: 底 物 浓 度V: 不 同 S时 的 反 应 速 率V max: 最 大 反 应 速 率 (maximum velocity) m: 米 氏 常 数 (Michaelis constant) VmaxS Km + S 目 录 米 -曼 氏 方 程 式 推 导 基 于 两 个 假 设 :E与 S形 成 ES复 合 物 的 反 应 是 快 速 平 衡 反 应 ,而 ES分 解 为 E及 P的 反 应 为 慢 反 应 , 反 应 速 率 取 决于 慢 反 应 。 即 V k3

50、ES (1)S的 总 浓 度 远 远 大 于 E的 总 浓 度 , 因 此 在 反 应的 初 始 阶 段 , S的 浓 度 可 认 为 不 变 即 S St。 目 录 2 米 -曼 氏 方 程 的 推 导 过 程 引 入 了 稳 态 概 念 k2+k3 K m ( 米 氏 常 数 ) k1令 :则 (2)变 为 : (Et ES) S Km ES (2)(Et ES)S k2+k3ES k1整 理 得 : 目 录 将 (3)代 入 (1) 得 k3EtS Km + S (4) V 当 底 物 浓 度 很 高 , 将 酶 的 活 性 中 心 全 部 饱 和 时 ,即 Et ES, 反 应 达 最

51、 大 速 率Vmax k3ES k3Et (5)ES EtSKm + S (3) 整 理 得 :将 (5)代 入 (4)得 米 氏 方 程 式 : VmaxS Km + S V 目 录Km S Km值 等 于 酶 促 反 应 速 率 为 最 大 反 应 速 率 一 半时 的 底 物 浓 度 , 单 位 是 mol/L。 2 Km + S Vmax VmaxS( 三 ) 动 力 学 参 数 可 用 来 比 较 酶 促 反 应 的 动 力 学性 质1 Km值 等 于 即 刻 反 应 速 率 达 到 Vmax一 半 时 的 底 物 浓 度 目 录 2 Km是 酶 的 特 征 性 常 数 在 酶 的

52、结 构 、 溶 液 pH、 温 度 等 条 件 不 变 的 情况 下 , 酶 促 反 应 底 物 的 Km不 因 反 应 中 酶 浓 度 的 改变 而 不 同 。 同 一 酶 对 其 所 催 化 的 不 同 底 物 有 不 同 的 Km;不 同 酶 对 同 一 底 物 也 有 其 各 自 的 KmKm的 范 围 多 在 10-6 10-2mol/L之 间 。 目 录 6.0 103己 -N-乙 酰 氨 基 葡 萄 糖溶 菌 酶 2.5 102H2O2过 氧 化 氢 酶 4.0 103D-乳 糖-半 乳 糖 苷 酶 2.5 103N-苯 甲 酰 酪 氨 酰 胺 1.08 101甘 氨 酰 酪 氨

53、 酰 甘 氨 酸胰 凝 乳 蛋 白 酶 2.6 102HCO3碳 酸 酐 酶 1.5 103D-果 糖 5 105D-葡 萄 糖 4 104ATP己 糖 激 酶 ( 脑 ) Km( mol/L) 底 物 酶 一 些 酶 的 底 物 的 Km 目 录 3 Km在 一 定 条 件 下 可 表 示 酶 对 底 物 的 亲 和 力k1Km = k2 + k3当 k3 k2时 , Km k2/k1。 即 相 当 于 ES分 解 为E + S 的 解 离 常 数 ( dissociation constant, Ks) 。 此时 , Km代 表 酶 对 底 物 的 亲 和 力 。Km越 大 , 表 示 酶

54、 对 底 物 的 亲 和 力 越 小 ;K m越 小 , 表 示 酶 对 底 物 的 亲 和 力 越 大 。 目 录 4 Vmax是 酶 被 底 物 完 全 饱 和 时 的 反 应 速 率当 所 有 的 酶 均 与 底 物 形 成 ES时 ( 即 ES = Et) , 反 应 速 率 达 到 最 大 。即 Vmax = k3 Et。 目 录 5 kcat代 表 酶 的 转 换 数kcat = Vmax /Etkcat表 示 酶 被 底 物 完 全 饱 和 时 , 单 位 时 间 内每 个 酶 分 子 ( 或 活 性 中 心 ) 催 化 底 物 转 变 成 产 物的 分 子 数 。kcat也 称

55、 为 酶 的 转 换 数 (turnover number), 单位 是 s1多 数 酶 的 转 换 数 在 1104 s1之 间 目 录 酶 底 物 转 换 数 ( s1)过 氧 化 氢 酶 H2O2 40 000 000碳 酸 酐 酶 HCO3 400 000乙 酰 胆 碱 酯 酶 乙 酰 胆 碱 14 000-内 酰 胺 酶 苄 青 霉 素 2 000延 胡 索 酸 酶 延 胡 索 酸 800Rec A蛋 白 ATP 0.4一 些 酶 的 转 换 数 目 录 6 在 低 底 物 浓 度 时 , kcat/Km代 表 酶 的 催 化 效 率 Et S KmV = kcat当 S E2 E3

56、。 从 图 中 可知 , E的 变 化 不 影 响 酶 促 反 应 的 Km。B: 反 应 速 率 对 酶 浓 度 作 图 , V与 E呈 直 线 关 系 。 目 录 四 、 酶 促 反 应 速 率 受 反 应 系 统 温 度 的双 重 影 响温 度 升 高 , 酶 促 反应 速 率 升 高 ; 由 于 酶 的本 质 是 蛋 白 质 , 温 度 升高 , 可 引 起 酶 的 变 性 ,从 而 反 应 速 率 降 低 。q最 适 温 度 (optimum temperature)酶 促 反 应 速 率 最快 时 的 环 境 温 度 。 目 录 哺 乳 动 物 组 织 中 酶 的 最 适 温 度

57、多 在 35 40 之 间Taq DNA聚 合 酶 最 适 温 度 为 72* 低 温 的 应 用一 般 的 酶 在 低 温 下 活 性 降 低 , 但 酶 本 身 不被 破 坏 , 其 活 性 可 随 温 度 的 回 升 而 恢 复低 温 保 存 酶 和 菌 种 等 生 物 制 品低 温 麻 醉 目 录 五 、 酶 促 反 应 速 率 受 反 应 体 系 pH的 影 响q最 适 pH (optimum pH) 酶 催 化 活 性 最大 时 的 环 境 pH。体 内 酶 的 最 适pH多 在 6.5 8之 间 。胃 蛋 白 酶 的 最 适 pH为 1.8精 氨 酸 酶 的 最 适 pH为 9.

58、8 pH对 几 种 酶 活 性 的 影 响 目 录 六 、 激 活 剂 可 加 速 酶 促 反 应 速 率酶 的 激 活 剂 ( activator)使 酶 从 无 活 性 变 为 有 活 性 或 使 酶 活 性 增 加 的 物 质必 需 激 活 剂 ( essential activator)为 酶 促 反 应 所 必 需 , 如 缺 乏 则 测 不 到 酶 的 活 性Mg2+为 己 糖 激 酶 的 必 需 激 活 剂非 必 需 激 活 剂 ( non-essential activator)可 以 提 高 酶 的 催 化 活 性 , 但 不 是 必 需 的Cl -对 唾 液 淀 粉 酶 的

59、 激 活 作 用 目 录 在 酶 促 反 应 中 , 凡 能 与 酶 结 合 而 使 酶 的 催 化活 性 下 降 或 消 失 , 但 又 不 引 起 酶 变 性 的 物 质 称 为酶 的 抑 制 剂 ( inhibitor, I) 。 七 、 抑 制 剂 对 酶 活 性 可 表 现 出 可 逆 或不 可 逆 性 抑 制 作 用抑 制 剂 可 与 酶 活 性 中 心 内 或 活 性 中 心 外 的必 需 基 团 结 合 , 从 而 抑 制 酶 的 活 性 。根 据 抑 制 剂 与 酶 是 否 共 价 结 合 及 抑 制 效 果 的不 同 , 将 抑 制 剂 对 酶 的 抑 制 作 用 分 为

60、可 逆 性 抑 制剂 ( reversible inhibitor) 和 不 可 性 逆 抑 制 剂( irreversible inhibitor) 。 目 录 可 逆 性 抑 制 剂一 类 抑 制 剂 与 酶 的 调 节 部 位 结 合 , 使 酶 发 生 变构 , 从 而 对 酶 发 挥 抑 制 作 用 ( 别 构 抑 制 作 用 ) 。一 类 抑 制 剂 通 过 与 游 离 酶 或 /和 酶 -底 物 复 合 物可 逆 地 结 合 而 影 响 酶 的 催 化 活 性 。k1k 2 k3+kiEII + S+E S ES E + PESI+Iki 可 逆 性 抑 制 作 用的 抑 制 剂

61、 可 以 与 游 离酶 结 合 , 形 成 二 元 复合 物 EI; 也 可 以 与 ES结 合 , 形 成 三 元 复 合物 ESI。 ( 一 ) 可 逆 性 抑 制 剂 与 酶 非 共 价 结 合 目 录 1 竞 争 性 抑 制 剂 与 底 物 竞 争 酶 的 活 性 中 心 目 录 有 竞 争 性 抑 制 剂 存 在 的 米 氏 方 程 式V = Vmax S Km + S(1 + Iki )双 倒 数 方 程 式 是 VmaxKm SV 1= 1 Vm ax1 +(1 + Ik i )反 应 模 式 +E + S ES E + PIEIki k1k2 k3S I 目 录竞 争 性 抑

62、制 作 用 V对 S的 双 倒 数 作 图 * 特 点b) 抑 制 程 度 取 决于 抑 制 剂 与 酶的 相 对 亲 和 力及 底 物 浓 度 ;a) I与 S结 构 类 似 ,或 部 分 相 似 ,竞 争 酶 的 活 性中 心 ;c) 动 力 学 特 点 :V max不 变 , 表观 Km增 大 。 I1V 1S0Km1Km 1(1+ )IkiVmax1 目 录 * 举 例 丙 二 酸 与 琥 珀 酸 竞 争 琥 珀 酸 脱 氢 酶COOH CH 2 CH2COOH COOH COOH CH2 丙 二 酸琥 珀 酸 琥 珀 酸 脱 氢 酶FAD FADH2 延 胡 索 酸 目 录 磺 胺

63、类 药 物 的 抑 菌 机 制与 对 氨 基 苯 甲 酸 竞 争 二 氢 叶 酸 合 成 酶二 氢 蝶 呤 啶 对 氨 基 苯 甲 酸 谷 氨 酸二 氢 叶 酸合 成 酶二 氢 叶 酸 COOH H2N SO 2NHR H2N 磺 胺 类 药 物 目 录 2 非 竞 争 性 抑 制 剂 不 影 响 酶 对 底 物 的 亲 和 力k1k 2 k3+kiEII +E S ES E + P+Iki+ S ESI非 竞 争 性 抑 制 剂与 酶 活 性 中 心 外 的 某个 部 位 结 合 , 表 现 为非 竞 争 性 抑 制 作 用( non-competitive inhibition) 。 目

64、录 非 竞 争 性 抑 制 的 米 氏 方 程 式 的 双 倒 数 形 式VmaxKm S V 1= 1 Vmax1 +(1 + Ik i ) (1 + Ik i )* 特 点 a) 抑 制 剂 与 酶 活 性 中心 外 的 必 需 基 团 结合 , 底 物 与 抑 制 剂之 间 无 竞 争 关 系 ;b) 抑 制 程 度 取 决 于 抑制 剂 的 浓 度 ;c) 动 力 学 特 点 : V max降 低 , 表 观 Km不 变 。 I1V 1SK m1(1+ )IkiVmax 1Vmax0非 竞 争 性 抑 制 作 用 V对 S的 双 倒 数 作 图 目 录 3 反 竞 争 性 抑 制 剂

65、只 与 酶 -底 物 复 合 物 结 合k 1k2 k3+E S ES E + P+IkiE S I 目 录 反 竞 争 性 抑 制 作 用 的 米 氏 方 程 式 的 双 倒 数 形 式VmaxKm SV 1= 1 Vmax1 + (1 + Ik i )I1V 1SKm1(1+ )Ik iVmax 1Vmax0(1+ )Ik iKm反 竞 争 性 抑 制 作 用 V对 S的 双 倒 数 作 图* 特 点 : a) 抑 制 剂 只 与 酶 -底物 复 合 物 结 合 ;b) 抑 制 程 度 取 决 于 抑制 剂 的 浓 度 及 底 物的 浓 度 ;c) 动 力 学 特 点 : Vmax降 低

66、, 表 观 Km降 低 。 目 录 各 种 可 逆 性 抑 制 作 用 的 比 较 动 力 学 参 数表 观 Km Km 增 大 不 变 减 小最 大 速 度 Vmax 不 变 降 低 降 低林 -贝 氏 作 图斜 率 K m/Vmax 增 大 增 大 不 变纵 轴 截 距 1/Vmax 不 变 增 大 增 大横 轴 截 距 -1/Km 增 大 不 变 减 小与 I结 合 的 组 分 E E、 ES ES作 用 特 征 无 抑 制 剂 竞 争 性 抑 制 非 竞 争 性 抑 制 反 竞 争 性 抑 制 目 录 ( 二 ) 不 可 逆 性 抑 制 剂 与 酶 共 价 结 合不 可 逆 性 抑 制 作 用 的 抑 制 剂基 团 特 异 性 抑 制 剂 ( group-specific inhibitor)底 物 类 似 物 ( substrate analog)自 杀 性 抑 制 剂 ( suicide inhibitor) 目 录 1 基 团 特 异 性 抑 制 剂 与 酶 分 子 中 特 异 的 基 团共 价 结 合一 些 酶 活 性 中 心 的 催 化 基 团 是 丝 氨 酸 残 基

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