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1、环境科学高级建模方法Gaussian查找数据,内 容 提 要,绘制构型,高斯计算,数据查找,C,p,计算,建模,数据查找,以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如,图5,。防止优化过程中，因初始构型不正确，变化成为其它结构。,一.查错,数据查找,A.用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看,图6,所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。,因为优化稳定构型时，不应该出现负频。,二.查找数据,数据查找,B.查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如,图7,，复制数据填入表格相应位置，见,图8,。,二.查找数据,数据查找
2、,往下拖动页面，应次得到：,Ehomo:位于Alpha occ行最后一个数据，见,图9,。,Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见,图10,.,在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见,图11,u:Dipole moment行，选tot值，如,图12,:Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如,图13,二.查找数据,数据查找,C.查找关键词zero,如,图14,所示，即为ZPE值。,如,图15,，Sum of electronic and thermal Enthalpies
3、后为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。,如,图16,所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。,二.查找数据,数据查找,D.查找关键词Mol,区分大小写，如,图17,所示，取cm*3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V.,二.查找数据,C,p,计算,将高斯计算得到的输出文件(如12.out)opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。,一.输入文件制作,C,p,计算,把,C,P,计算程序,Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序附件命令提示符，输入DOS指令CD 来更改目录至
4、,C,P,计算程序,Thermo3.exe所在目录下，输入：thermo3 12.out,确认后出现“scale factor for frequency=?”,输入0.95，确认后得到,C,P,计算输出文件,THERMO.OUT,，更改文件名为12,THERMO.OUT即可。,二.,C,P,计算,建模,用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如,图18,所示界面。在工具栏中选择AnalyzeRegressionlinear,如,图19,，选择相应的自变量和因变量，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如,图20,和,图21,。,2D-QSAR
5、方法,活性数据,分子结构、热力学参数,实验方法,Gaussian 03W,DFT,方法,建立模型,预测相关活性,SPSS 12.0 for Windows,交叉验证,F,检验,VIF,评价,2D-QSAR基本原理,课程作业内容及要求：,1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关,性质,。化合物的个数尽量在15-20个以上，但不能少于10个。,2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方法采用,B3LYP,。,3、首先用Chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述文件格式为*.cdx。采用Chem3D 程序打开*.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，保存上述文件格式为*
6、.gjc，用记事本方式打开文件*.gjc,得到化合物的空间坐标，加上Link 0部分、限定多核计算、计算执行路径部分。,4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子的结构、热力学参数数据。,5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。,6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验数据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子的,性质,。,课程作业时间及格式要求：,1、12月1日布置。,2、12月8日检查查找的系列化合物和性质。,3、12月15日计算中遇到的问题答疑。,4、12月29日-元月5日提交作业。,5、作业的文件名：姓名-学号-建模课程作业,6、作业的内容，参照科技论文的写作格式：前言（研究的性质的意义），化合物名称，计算方法，参数，建模及验证，预测，结论，参考文献。,7、,非环化和环生专业的同学，只要计算一个与本专业相关的、C原子数目大于10的分子，发送OUT文档。,谢谢！,
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