PubMed数据库检索

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1、PUBMED数据库检索石金PUBMED数据库检索PubMed及NCBINCBI相关数据库认识PubMedPubMed检索方法PubMed定题推送服务PUBMED及相关数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的National Li

2、brary of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。可检索的数据库Books 出版社提供之数字生

3、医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，

4、基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）可检索的数据库Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库

5、（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique

6、基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedwww.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed常用工具常用工具常用工具常用工具Welcome to PubMedWelcome to PubMed使用帮助使用帮助使用帮助使用帮助更多服务更多服务更多服务更多服务检索词输入框检索词输入框检索词输入框检索词输入框认识认识PubMed出处出处出处出处SOSO篇名篇名篇名篇名TITI作者作者作者作者AUAU文献类型文献类型文献类型文献类型(状态状态状态状态)SummarySummary结果筛选结果筛选结果筛选结果筛选检索提示检索提示检

7、索提示检索提示调整显示设置调整显示设置调整显示设置调整显示设置可改变显示模可改变显示模可改变显示模可改变显示模式，显示数量式，显示数量式，显示数量式，显示数量及检索结果排及检索结果排及检索结果排及检索结果排序序序序显示摘要显示摘要显示摘要显示摘要显示数量显示数量显示数量显示数量排序模式排序模式排序模式排序模式在摘要显示模在摘要显示模在摘要显示模在摘要显示模式下可以看到式下可以看到式下可以看到式下可以看到详细的文献信详细的文献信详细的文献信详细的文献信息息息息作者地址作者地址作者地址作者地址文献摘要文献摘要文献摘要文献摘要文献作者文献作者文献作者文献作者文献篇名文献篇名文献篇名文献篇名全文链接全

8、文链接全文链接全文链接非英文的文献非英文的文献非英文的文献非英文的文献篇名上有中括篇名上有中括篇名上有中括篇名上有中括号号号号 且注明且注明且注明且注明有语种有语种有语种有语种英文文献英文文献英文文献英文文献土耳其语土耳其语土耳其语土耳其语 篇名篇名篇名篇名 英文文献英文文献英文文献英文文献电子优先即最电子优先即最电子优先即最电子优先即最新文献，一般新文献，一般新文献，一般新文献，一般比印刷出版提比印刷出版提比印刷出版提比印刷出版提前三个月以上前三个月以上前三个月以上前三个月以上电子优先电子优先电子优先电子优先20092009年年年年5 5月月月月20082008年年年年9 9月月月月PUBM

9、ED检索方法PubMed基本检索PubMed高级检索PubMed主题检索临床查询检索 PUBMED基本检索在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。例如：检索肿瘤(cancer)方面的文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer”将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms

10、 OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields自由词检索时自由词检索时自由词检索时自由词检索时PubMedPubMed自动自动自动自动将不规范的词将不规范的词将不规范的词将不规范的词转换成规范的转换成规范的转换成规范的转换成规范的词进行检索词进行检索词进行检索词进行检索自动词汇自动词汇自动词汇自动词汇转换转换转换转换PubMed基本基本检索检索布尔逻辑组合布尔逻辑组合布尔逻辑组合布尔逻辑组合检索，常用的检索，常用的检索，常用的检索，常用的逻辑关系词有逻辑关系词有逻辑关系词有逻辑关系词有ANDAND，OROR，NOTNOT等等等等A BA B 逻辑与（逻辑

11、与（逻辑与（逻辑与（ANDANDANDAND）-检出记录中同时含有检索词检出记录中同时含有检索词检出记录中同时含有检索词检出记录中同时含有检索词A A A A和检索词和检索词和检索词和检索词B.B.B.B.如：如：如：如：A AND BA AND BA AND BA AND B 逻辑非（逻辑非（逻辑非（逻辑非（NOTNOTNOTNOT）-在含检索词在含检索词在含检索词在含检索词A A A A的记录中，去掉含检索词的记录中，去掉含检索词的记录中，去掉含检索词的记录中，去掉含检索词B B B B的记录。的记录。的记录。的记录。如：如：如：如：A NOT BA NOT BA NOT BA NOT B

12、 逻辑或（逻辑或（逻辑或（逻辑或（OROROROR）-检出记录中含有检索词检出记录中含有检索词检出记录中含有检索词检出记录中含有检索词A A A A或检索词或检索词或检索词或检索词B B B B或同时含有检索词或同时含有检索词或同时含有检索词或同时含有检索词A A A A和和和和B B B B的文献。的文献。的文献。的文献。如：如：如：如：A OR BA OR BA OR BA OR BA BPubMed基本基本检索检索 作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索 按照姓按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith jasmith

13、 ja或或jones k,jones k,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用姓用全称，名字一般用缩写。缩写。考虑到作者姓名的不同形式，考虑到作者姓名的不同形式，PubMedPubMed采用自动转换功能进采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：行作者姓名检索，如：smith jsmith j将检索成将检索成smith ja,smith ja,smith jb,smith jb,smith jr smith jr 等。等。精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作

14、者字段精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定限定AUAU，如：，如：smith jausmith jau，这样可避免，这样可避免PubMedPubMed自动转换，实自动转换，实现精确查找。现精确查找。PubMed基本基本检索检索作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索按照姓按照姓按照姓按照姓(全写全写全写全写)+名名名名(缩写缩写缩写缩写)，之间不用标点之间不用标点之间不用标点之间不用标点键入作者姓名键入作者姓名键入作者姓名键入作者姓名smith jsmith jPubMed基本基本检索检索精确检索避免精确检索避免精确检索避免精确检索避免PubMedPubMed自动自动

15、自动自动词汇转换，实词汇转换，实词汇转换，实词汇转换，实现精确查找现精确查找现精确查找现精确查找smith jausmith jauPubMed基本基本检索检索期刊检索期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cellmolecular biology of the cell，系统的系统的“自动词语匹配自动词语匹配”功能会将它转换成功能会将它转换成mol biol mol biol celljournalcelljournal进行检索。进行检索。也可以直接输入也可以直接输入MedlineMedline的期刊标准缩写形式，如：

16、的期刊标准缩写形式，如：mol biol mol biol cellcell，或者是输入刊物的，或者是输入刊物的ISSNISSN（国际标准出版物代码）进行检（国际标准出版物代码）进行检索，如：索，如：1059-15241059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancercancer，sciencescience，cellcell等，等，PubMedPubMed会首先将这些词转换成会首先将这些词转换成MeSHMeSH词表中的词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，

17、即在杂志名后面加在杂志名后面加TATA。如：。如：celltacelltaPubMed基本基本检索检索期刊的一般检期刊的一般检期刊的一般检期刊的一般检索，是在检索索，是在检索索，是在检索索，是在检索输入框中键入输入框中键入输入框中键入输入框中键入期刊名或期刊期刊名或期刊期刊名或期刊期刊名或期刊的的的的ISSNISSN号号号号Eur J ImmunolEur J ImmunolPubMed基本基本检索检索期刊的标准检期刊的标准检期刊的标准检期刊的标准检索，是在期刊索，是在期刊索，是在期刊索，是在期刊名后面加字段名后面加字段名后面加字段名后面加字段限定限定限定限定TA.TA.比比比比如如如如:ce

18、llta:celltacelltacelltaPubMed基本基本检索检索期刊数据库在期刊数据库在期刊数据库在期刊数据库在PubMedPubMed首页首页首页首页导航栏的右下导航栏的右下导航栏的右下导航栏的右下角部分角部分角部分角部分期刊数据库期刊数据库期刊数据库期刊数据库PubMed基本基本检索检索 截词检索截词检索 截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用截词符：用*表示，代表多个字符，将表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。示对所有以该词开头的词进行检索。如：如：bacter*ba

19、cter*，可以检出，可以检出bacterbacter，bacteriabacteria，bacteriophage bacteriophage，bacteriumbacterium，等最多，等最多600600个单词。个单词。PubMed基本基本检索检索截词检索可以截词检索可以截词检索可以截词检索可以扩大检索范围扩大检索范围扩大检索范围扩大检索范围提高查全率。提高查全率。提高查全率。提高查全率。bacter*bacter*TITI PubMed基本基本检索检索字段限制检索字段限制检索 采用字段限制方式进行检索，其规则是：采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词检索词11字段标识字段标识 逻辑

20、运算符逻辑运算符 检索词检索词22字段标识字段标识 如：查找作者为如：查找作者为crickcrick在在19931993年发表的有关年发表的有关DNADNA方面的文献方面的文献.DNAmh AND crickau AND 1993dpDNAmh AND crickau AND 1993dp PubMed基本基本检索检索字段限制检索字段限制检索字段限制检索字段限制检索其规则是：检其规则是：检其规则是：检其规则是：检索词索词索词索词+字段字段字段字段标识标识标识标识 DNAmh AND crickau AND 1993dpDNAmh AND crickau AND 1993dpPubMed基本基本

21、检索检索常用检索字段描述和标识常用检索字段描述和标识TitletiTitleti：篇名字段：篇名字段AbstractabAbstractab：摘要字段：摘要字段Affiliation adAffiliation ad：著者地址字段。：著者地址字段。Author nameauAuthor nameau：文章的作者，检索格式：姓：文章的作者，检索格式：姓+名。如：名。如：smith jaausmith jaauJournal titletaJournal titleta：期刊名称。如：期刊名称。如：celltacelltaLanguagelaLanguagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前

22、：论文出版语种。语种检索时可只输入前3 3个字母，个字母，如：如：chila=chineselachila=chinesela；Englishlang=englaEnglishlang=engla比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式检索式:hypertensionti AND chila:hypertensionti AND chilaPubMed基本基本检索检索hypertensionti AND chilahypertensionti AND chila检索文章题目检索文章题目检索文章题目检索文章题目中含有高血压中含有高血压中含有高血压中含

23、有高血压的中文文献的中文文献的中文文献的中文文献PubMed基本基本检索检索常用检索字段描述和标识常用检索字段描述和标识Publication datedp:Publication datedp:出版日期。出版日期。日期检索的形式为：日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDPYYYY/MM/DDDP 检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如：检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如：1993/01:1995/06DP1993/01:1995/06DPPublication typept:Publication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。出版类型。有综述，新

24、闻，传记，临床试验等。如：如：reviewptreviewptMeSH termsmhMeSH termsmh：主题词字段。如：主题词字段。如：hypertensionmhhypertensionmhSubheadingssh:Subheadingssh:副主题词。与主题词组配检索副主题词。与主题词组配检索.比如：检索比如：检索19951995年到年到19961996年出版的关于高血压方面的综述性文献年出版的关于高血压方面的综述性文献 hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpthypertensionmh AND 1995/01:1996

25、/12DP AND reviewptPubMed基本基本检索检索检索检索检索检索 19951995 年年年年到到到到 19961996 年出年出年出年出版的关于高血版的关于高血版的关于高血版的关于高血压方面的综述压方面的综述压方面的综述压方面的综述性文献性文献性文献性文献hypertensionmh AND hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt1995/01:1996/12DP AND reviewptPubMed基本基本检索检索强制检索功能强制检索功能 PubMedPubMed允许使用允许使用双引号双引号来强制系统进行来强制系统进

26、行短语检索短语检索。如：在如：在PubMedPubMed主页的检索提问框中键入主页的检索提问框中键入“single cell”single cell”，并，并用双引号引起来。点击用双引号引起来。点击“GO”GO”按钮，系统会将其作为一个按钮，系统会将其作为一个不可不可分割分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。的词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2 2个词：个词：singlesingle和和cellcell检索，其检索表达式为：检索，其检索表达式为：single AND cell.single AND

27、cell.很明显这很明显这样的检索结果是不符合要求的。样的检索结果是不符合要求的。PubMed基本基本检索检索强制检索强制检索强制检索强制检索普通检索普通检索普通检索普通检索single cellsingle cellsingle cellsingle cellPubMed基本基本检索检索PubMed高级高级检索检索PubMed高级高级检索检索检索详情检索详情检索详情检索详情检索史检索史检索史检索史高级检索界面高级检索界面高级检索界面高级检索界面下可以看到明下可以看到明下可以看到明下可以看到明细栏，预览，细栏，预览，细栏，预览，细栏，预览，检索史，限定检索史，限定检索史，限定检索史，限定和组合

28、检索等和组合检索等和组合检索等和组合检索等医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。PubMed主题词检索主题词检索主题词数据库主题词数据库主题词数据库主题词数据库在在在在PubMedPubMed首首首首页导航栏的右页导航栏的右页导航栏的右页导

29、航栏的右下角下角下角下角主题词数据库主题词数据库主题词数据库主题词数据库PubMed主题检索主题检索将检索词添加将检索词添加将检索词添加将检索词添加到检索表达式到检索表达式到检索表达式到检索表达式浏览窗口浏览窗口浏览窗口浏览窗口选择副主题词选择副主题词选择副主题词选择副主题词PubMed主题检索主题检索主题词检索是主题词检索是主题词检索是主题词检索是在有主题标引在有主题标引在有主题标引在有主题标引的的的的MedlineMedline数数数数据库中检索据库中检索据库中检索据库中检索主题词检索结果主题词检索结果主题词检索结果主题词检索结果PubMed主题检索主题检索普通词不是规普通词不是规普通词不

30、是规普通词不是规范化的主题词范化的主题词范化的主题词范化的主题词检索结果相关检索结果相关检索结果相关检索结果相关度低度低度低度低普通普通普通普通词检索结果词检索结果词检索结果词检索结果PubMed主题检索主题检索注意：MESH检索的不足人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（In Process），用MeSH会漏检。Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。查上述类型的文献需结合自由词检索检索举例试在PubMed中检索有关“更昔洛韦用于防治器官移植后巨细胞病毒感染”的文献。（查准）1.课题分析：更昔洛韦

31、（ganciclovir）+器官移植（organ transplantation）+巨细胞病毒感染（cytomegalovirus infection）2.初步检索策略：ganciclovirMeSH AND organ transplantation mesh AND cytomegalovirus infectionsmesh检索索举例例检索索举例例3.使用副主题词进一步提高查准率。(ganciclovir/administration and dosageMeSH)OR(ganciclovir/therapeutic useMeSH)AND organ transplantationme

32、sh AND(cytomegalovirus infections/drug therapymesh OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmesh)检索索举例例4.使用主要主题词限定(organtransplantationmajr)AND(cytomegalovirusinfections/drugtherapymajrORcytomegalovirusinfections/preventionandcontrolmajr)AND(ganciclovir/administrationanddosagemajrORgancic

33、lovir/therapeuticusemajr)检索索举例例临床查询检索临床查询检索 “Clinical queriesClinical queries”是专门为是专门为临床医生临床医生研究设计的内置的研究设计的内置的临床方法学临床方法学“过滤器过滤器”（Clinical Methodology FiltersClinical Methodology Filters）。）。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。即可检索所需的临床研究文献。使用方法使用方法:1 1、点击主页左侧导航栏的、点

34、击主页左侧导航栏的Clinical QueriesClinical Queries进入临床查询页面；进入临床查询页面；2 2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定检索结、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定检索结果是查全果是查全(sensitive)(sensitive)，还是查准，还是查准(specific)(specific)；3 3、点击、点击GOGO按钮执行检索。按钮执行检索。例如：检索例如：检索“鼻咽癌鼻咽癌nasopharyngeal cancernasopharyngeal cancer治疗方面的研究文治疗方面的研究文献献”临床查询检索临床查询检索临床查询在临

35、床查询在临床查询在临床查询在PubMedPubMed首首首首页导航栏的页导航栏的页导航栏的页导航栏的中间部分中间部分中间部分中间部分临床查询临床查询临床查询临床查询临床查询检索临床查询检索临床查询主要临床查询主要临床查询主要临床查询主要用于检索临床用于检索临床用于检索临床用于检索临床方面的研究文方面的研究文方面的研究文方面的研究文献献献献临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询主要临床查询主要临床查询主要临床查询主要包括某种疾病包括某种疾病包括某种疾病包括某种疾病的治疗，诊断的治疗，诊断的治疗，诊断的治疗，诊断病因和预后四病因和预后四病因和预后四病因和预

36、后四个方面个方面个方面个方面检索检索检索检索结果结果结果结果临床查询检索临床查询检索PubMedPubMed定题推送服务课题定题推送服务课题定题推送服务课题定题推送服务课题跟踪跟踪跟踪跟踪My NCBI是PubMed的自助式信息推送服务先在PubMed注册并定制检索式后，My NCBI自动推送更新信息；用户可定制多个课题跟踪服务；操作步骤操作步骤操作步骤操作步骤step1、注册my NCBIStep2、定制检索式Step3、选择：自动推送数量、频率、格式等Step4、激活：进入注册邮箱激活链接step1、注册my NCBI点击注册点击注册点击注册点击注册注册后显示注册后显示注册后显示注册后显示My NCBIMy NCBIStep2Step2、定制检索式定制检索式保存检索式到保存检索式到保存检索式到保存检索式到My NCBIMy NCBIStep3Step3、选择：自动推送数量、频率、格式等、选择：自动推送数量、频率、格式等设置成功设置成功设置成功设置成功谢 谢！