伯杰氏鉴定手册

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1、 伯杰氏鉴定手册 一本有代表性的、参考价值极高、比较全面系统的细菌分类手册。由美国布瑞德(Breed)等人主编。1923年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。第9版(1984，1986)中实质性的变更，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。第一，手册更名，原书名

2、为伯杰氏鉴定细菌学手册(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology)，第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的好用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为伯杰氏系统细菌学手册;其次，由1卷分成4卷，这是考虑到能刚好反映新进展和运用者的便利;第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变更(见下表)，尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，依据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲;第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸探讨;在表型特征的基础上，以DNA资料赐予确定性的推断。使人为的分类体系过渡到自然体系的志向进一步

3、付诸实现。 细菌高级分类单位 原核生物界(Procaryotae) 薄壁菌门(Gracilicutes) 暗细菌纲(Scotobacteria) 无氧光细菌纲(Anoxyphotobacteria) 产氧光细菌纲(Oxyphotobacteria) 厚壁菌门(Firmicutes) 厚壁菌纲(Firmicuteria) 放线菌纲(Thallobacteria) 软壁菌门(Tendericutes) 柔膜菌纲(Mollicuteria) 疵壁菌门(Mendosicutes) 古细菌纲(Archacobacter 伯杰氏系统细菌学手册(2004版) Bergeys manual of system

4、atic bacteriology (second edition,2004) 伯杰氏系统细菌学手册 伯杰氏系统细菌学手册”其次版的分类 伯杰氏系统细菌学手册(2004版) Bergeys manual of systematic bacteriology (second edition,2004) 伯杰氏系统细菌学手册 其次版的系统细菌学手册(Bergeys Manual of Systematic Bacteriology)，包括五册，共30sections，主要依据细菌的rRNA、DNA及蛋白质序列进行分类。 第一册为古细菌、蓝绿藻菌、光合作用菌和具分支菌属。 其次册为Proteobac

5、teria。 第三册为G+C值低的革兰氏阳性菌。 第四册为G+C值高的革兰氏阳性菌。 第五册为Planctomycetes、Spirochaetes、Fibrobacters、Bacteroides、Fusobacteria。 从1984年第一版起先发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年头末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋好用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。因此已经有可能对其第一版进行新的修订。其次版预料分5卷出版，从已报导的资料看，它更多地依靠系统发育资料对细菌分类群的总体支配进行了较大的调整。其次版将原核生物

6、分为30组，5卷大致的内容支配如下： 第一卷：114组。包括古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属 其次卷：1519组。包括变形杆菌(属革兰氏阴性真细菌类) 第三卷：2022组。包括低G+C含量的革兰氏阳性细菌 第四卷：23组。包括高G+C含量的革兰氏阳性细菌(放线菌类) 第五卷：2430组。包括浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌(属革兰氏阴性细菌类) 有关系统手册其次版的分类大纲见下表 表 伯杰氏系统细菌学手册其次版分类纲要 分类群 代表属 一、古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属古生菌 嗜泉古生菌界(Crenarchaeota) 1 组 热变形菌、硫化叶菌和嗜压菌 热变形菌属(Th

7、ermoproteus)、硫化叶菌 属(Sulfolobus) 广古生菌界 (Euryarchaeota) 2 组 产甲烷菌 甲烷杆菌属(Methanobacterium) 3 组 盐杆菌 盐杆菌属(Halobacterium)、盐球菌属(Halococcus) 4 组 热原体 热原体属(Thermoplasma)等 5 组 热球菌 古生球菌属(Archaeoglobus)、热球菌属(Thermococcus) 最早分支的属 细菌(真细菌) 6 组 产液菌和有关的细菌 产液菌属(Aquifex)、氢杆菌属(Hydrogenobacter) 7 组 热袍菌和地袍菌 热袍菌属(Thermotoga

8、)、地袍菌 属(Geotoga)、热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium) 8 组 异样球菌 异样球菌属(Deinococcus) 9 组 栖热菌 栖热菌属(Thermus)、磁杆菌属(Magnetobacterium) 10组 产金色菌 产金色菌属(Chrisiogenes) 11组 绿屈挠菌和滑柱菌 绿屈挠菌属(Chloroflexus)、滑柱菌属(Herpetosiphon) 12组 热微菌 热微菌属(Thermomicrobium) 13组 原绿蓝细菌和蓝细菌 原绿蓝细菌属(Prochloron) 、聚球蓝细菌属(Synechococcus)、颤蓝细菌属(Oscil

9、latoria)、鱼腥蓝细菌属(Anabaena) 、念珠蓝细菌属(Nostoc)、真枝蓝细菌属(Stigonema)等 14组 绿菌 绿菌属(Chlorobium)、暗网菌属(Pelodictyon) 二、变形杆菌 细菌 变形杆菌界 (Proteobacteria) 15组 变形杆菌 红螺菌属(Rhodospirillum)、立克次氏体属(Rickettsia)、柄杆菌属(Caulobacter)、根瘤菌属(Rhizobium)、布鲁氏菌属(Brucella)、硝化杆菌属(Nitrobacter)、甲基杆菌属(Methylobacteriun)等 16组 变形杆菌 奈瑟氏菌属(Neisser

10、ia)、产碱杆菌 属(Alcaligenes)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、嗜甲基菌属(Methylophilus)、硫杆菌 属(Thiobacillus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)等 17组 变形杆菌 着色菌属(Chromatium)、亮发菌属( Leucothrix)、军团菌属(Legionella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、固氮菌属(Azotobacter )、弧菌属(Vibrio)、埃希氏菌属(Escherichia)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、变形杆菌属 (Proteus)、沙门氏菌属(Salmonella)、志贺氏菌属(

11、Shigella)、伊尔森氏菌属(Yersinia) 、嗜血杆菌属(Haemophilus) 18组 变形杆菌 脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、蛭 弧菌属(Bodellovibiro)、粘球菌属(Myxococcus)、多囊菌属(Polyangium) 19组 变形杆菌 弯曲杆菌属(Campylobacter)、螺杆菌属(Helicobacter) 三、低G+C含量的革兰氏阳性细菌 20组 梭菌和有关的细菌 梭菌属(Clostridium)、消化链 球菌属(Peptostreptococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum )、

12、韦荣氏菌属(Veillonella)等 21组 柔膜菌 枝原体属(Mycoplasma)、尿原体属(Ureaplasma)、螺原体属(Spiroplasma)、无胆甾原体属(Acholeplasma) 22组 芽孢杆菌和乳杆菌 芽孢杆菌属(Bacillus)、显核菌属(Caryophanon)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属( Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、利斯特氏菌属(Listeria) 四、高G+

13、C含量的革兰氏阳性细菌 23组 放线杆菌纲(Actinobacteria) 放线菌属(Actinomyces)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、棒杆菌属(C orynebacterium)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、游动放线菌属(A ctinoplanes)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)链霉菌属(Streptomyces)、高温单孢菌属( Thermomonospora)、弗兰克氏菌属(Frankia)、马杜拉放线菌属(Actinomadure)、双歧杆菌 属(Bifidobacter

14、ium) 五、浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌 24组 浮霉状菌、衣原体和有关的细菌 浮霉状菌属(Planctomyces)、衣原体属(Chlamydia) 25组 螺旋体 螺旋体属(Spirochaeta)、疏螺旋体属(Borrelia)、 密螺旋体属(Treponema)、小蛇菌属(Serpulina)、钩端螺旋体属(Leptospira) 26组 丝状杆菌 丝状杆菌属(Fibrobacter) 27组 拟杆菌 拟杆菌属(Bacteriodes)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、普雷沃氏菌属(Prevotella) 28组 黄杆菌 黄杆菌属(Flavobacterium) 29组 鞘氨醇杆菌、屈挠杆菌和噬纤维菌 鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、屈挠杆菌属(Flexibacter)、噬纤维菌属(Cytophaga) 30组 梭杆菌 梭杆菌属(Fusobacterium) 其次版更多地接受核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展，但另一方面，我们也应看到：在某些类群中，由于序列特征与某些重要的表型特征相冲突，这将给主要按表型特征进行细菌鉴定带来新的困难，如何解决这些问题 ，有待进一步探讨。