2021年医疗机构税收政策汇总

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1、我国现行医疗机构税收政策解读欧阳光明(2021.03.07)(2011-08-09 15:12:18)转载、非营利性医疗机构、营利性医疗机构目前我国稅收政策对营利性医疗机构、非营利性医疗机构是不 样的。营利性医疗机构和非营利性医疗机构，是由卫生行政部门 核定，并不由稅务部门认定。它不是按照投资主体是民间还是国家 来划分的，而是按照运作模式来划分的，所以有很多民营私立医院 登记为非营利性医疗机构，要注意分清非营利性医疗机构、营利性 医疗机构和下面企业所得稅所涉及的非营利组织(由稅务机关根据 (财稅2009123号文认定)的区别。二、增值稅1、无论营利性和非营利性医疗机构的药房，只要分离为独立 的

2、药品零售企业，就应缴纳增值稅；2、医院自产自用的制剂：营利性医疗机构自其取得执业登记 之日起免稅三年后，恢复征收增值稅，而非营利性医疗机构免稅。 附：详细（）、符合条件的医疗机构、疾病控制机构和妇幼保健机构部分 收入免征增值稅 政策规定摘要：自2000年7月10日起，（一） 对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免 征增值稅。医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治 疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这 些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食 的业务（下同）。对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值 稅。 （二）对营利性医疗

3、机构取得的收入，直接用于改善医疗卫 生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其 自产自用的制剂免征增值稅。3年免稅期满后恢复征稅。（三）对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家规定的价格取 得的卫生服务收入（含疫苗接种和调拨、销售收入），免征增值 稅。 上述医疗机构具体包括：各级各类医院、门诊部（所）、社 区卫生服务中心（站）、急救中心（站）、城乡卫生院、护理院（所）、疗养院、临床检验中心等。上述疾病控制、妇幼保健等卫 生机构具体包括：各级政府及有关部门举办的卫生防疫站（疾病控 制中心）、各种专科疾病防治站（所），各级政府举办的妇幼保健 所（站）、母婴保健机构、儿童保健机

4、构等，各级政府举办的血站（血液中心）。 依据：财政部国家稅务总局关于医疗卫生机构 有关稅收政策的通知（财稅200042号）（二）、血站供应临床用血免征增值稅 政策规定摘要：（一）自1999年11月1日 起，对血站供应给医疗机构的临床用血免征增值稅。本通知所称血 站，是指根据中华人民共和国献血法的规定，由国务院或省级 人民政府卫生行政部门批准的，从事采集、提供临床用血，不以营 利为目的的公益性组织。（二）属于增值稅一般纳稅人的单采血浆站销售非临床用人体血液，可以按照简易办法依照6%征收率计 算应纳稅额，但不得对外开具增值稅专用发票；也可以按照销项稅 额抵扣进项稅额的办法依照增值稅适用稅率计算应纳

5、稅额。依 据：财政部国家稅务总局关于血站有关稅收问题的通知（财稅 字1999264号）国家稅务总局关于供应非临床用血增值稅政策问题的批复（国稅函2009456号） （三）、避孕药 品和用具免征增值稅 政策规定摘要：自2009年1月1日起，下 列项目免征增值稅：避孕药品和用具。 依据：中华人民共和国 增值稅暂行条例第十五条第（二）项 （四）、定点企业生产国 产抗艾滋病病毒药品免征增值稅 政策规定摘要：自2007年1月1 日起至2010年12月31日止，对国内定点生产企业生产的国产抗 艾滋病病毒药品继续免征生产环节和流通环节增值稅。依据：财政部国家稅务总局关于继续免征国产抗艾滋病病毒药品增值 稅的

6、通知（财稅200749号）三、营业稅中华人民共和国营业稅暂行条例第八条“下列项目免征营 业稅：（三）医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务”。所以 无论营利性和非营利性医疗机构的医疗服务均免征营业稅。所谓医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治 疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这 些服务有关的提供药品、医用材料、器具、救护车、病房住宿和伙 食的业务。但医院、诊所和其他医疗机构提供的其他劳务如出租设 备、房产、土地，转让无形资产、销售不动产等依法应当缴纳营业 稅。四、城市维护建设稅和教育费附加凡缴纳营业稅、增值稅的营利性和非营利性医疗机构，均需缴 纳城市维护建设稅

7、和教育费附加。五、印花稅营利性和非营利性医疗机构均应按中华人民共和国印花稅暂 行条例所列举的各种应纳稅凭证应依照规定缴纳印花稅。六、房产稅、土地使用稅1、非营利性医疗机构自用的房产、土地，免征房产稅、城镇 土地使用稅。非自用及出租的房产、土地则应缴纳房产稅、城镇土 地使用稅。2、营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件 的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对营利性医 疗机构自用的房产、土地免征房产稅、城镇土地使用稅。三年免稅 期满后恢复征稅。对其非自用及出租的房产、土地则无三年免稅 期，应缴纳房产稅、城镇土地使用稅。案例：某非营利性医院06年成立，自有房产原值5000万元

8、， 占地面积为20000平方米。2009年将部分房产用于出租，房产原值 500万元，占地面积为500平方米，取得租金收入50万元；将一 栋房产原值100万元的小楼作为对外经营之用，占地面积为200平 方米。问该医疗机构09年如何缴纳房产稅、城镇土地使用稅？(当地城镇土地使用稅适用稅额为4元/平方米)分析：非营利性医疗机构自用的房产、土地，免征房产稅、城 镇土地使用稅。经营用及出租的房产、土地则应缴纳房产稅、城镇 土地使用稅。自用的房产：5000-500-100=4400万元，免征房产稅经营用及出租房产应纳房产稅额=100x (1-30%) x1.2%+50x12%=6.84 万元自用土地：20

9、000-500-200=13000平方米，免征城镇土地使 用稅经营用及出租土地应纳城镇土地使用稅额=(500+200) x4=0.28 万元七、车船稅根据中华人民共和国车船稅暂行条例，医疗机构自用车船 不再享受免征车船稅政策，自用车船均需缴纳车船稅。八、契稅、土地增值稅如果营利性和非营利性医疗机构承受中华人民共和国契稅暂 行条例规定免征范围外的房地产时，还需及时缴纳契稅。如果转 让房地产，需依照规定缴纳土地增值稅。九、企业所得稅1、凡经国家有关部门批准、依法注册、登记的具有独立法人 资格的医疗机构，符合稅法纳稅义务人标准的，其取得的生产经营 所得和其他所得，应当征收企业所得稅。此类医疗卫生机构

10、均应按 照中华人民共和国企业所得稅法的规定纳稅，并可以享受企 业所得稅法及其实施条例等稅收规范性文件规定的稅收优惠政 策。医疗机构取得的应纳稅收入总额(包括租赁收入、财产转让收 入、培训收入、对外投资收入等非医疗服务收入)，减去稅收政策 规定允许扣除的与取得收入有关的成本、费用、损失后的余额，为 应纳稅所得额。对取得应纳稅收入有关的成本、费用、损失与免纳 稅收入有关的成本、费用、损失应分别核算。确实难以划分清楚 的，可由主管稅务机关采取分摊比例法或其他合理的方法确定。确 实无法查账的，可以实行核定征收方式。2、如果非营利性医疗机构取得非营利组织免稅资格认定后， 对其如下收入可以享受免稅待遇：(

11、1) 接受其他单位或者个人捐赠的收入；(2) 除中华人民共和国企业所得稅法第七条规定的财政拨 款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收 入；(3) 按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；(4) 不征稅收入和免稅收入孳生的银行存款利息收入；(5) 财政部、国家稅务总局规定的其他收入。依据：中华人民共和国企业所得稅法第二十六条第(四)项中华人民共和国企业所得稅法实施条例第八十四条、八 十五条财政部国家稅务总局关于非营利组织企业所得稅免稅收入问题的通知(财稅2009122号)财政部国家稅务总局关于非营利组织免稅资格认定管理有 关问题的通知（财稅2009123号）案例：某非营利性医

12、疗机构已经稅务机关认定为非营利组织， 其09年取得医疗服务收入1000万元，捐赠收入50万元，财政拨 款100万元，房屋租赁收入30万元，财产转让收入50万元，培训 收入10万元。以上各项收入哪些应并入所得征收企业所得稅？分析：非营利组织仅限于取得财稅2009122号文件规定的上 述五项收入才可以作为免稅收入：其中捐赠收入50万元、财政拨 款100万元属于此类，免征企业所得稅。但对医疗服务收入1000 万元及房屋租赁收入30万元，财产转让收入50万元，培训收入10 万元等属于营利性活动取得的收入，应征收企业所得稅。十、个人所得稅1、个人投资或个人合伙投资开设医院（诊所），凡不属于企 业所得稅纳

13、稅义务人的，应依据个人所得稅法规定，按照“个体工 商户的生产、经营所得”应稅项目计征个人所得稅。（对残疾人、 转业军人、随军家属和下岗职工等投资开设医院（诊所）而取得的 收入，仍按现行相关政策执行。）2、医生或其他个人承包、承租经营医疗机构，经营成果归承 包人所有的，依据个人所得稅法规定，承包人取得的所得，应按照“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”应稅项目计征个人所得 稅。3、个人因在医疗机构（包括营利性医疗机构和非营利性医疗 机构）任职而取得的所得，依据个人所得稅法的规定，应按照“工 资、薪金所得”应稅项目计征个人所得稅。支付所得的单位或者个 人为个人所得稅的扣缴义务人，按照稅法规定按期代扣代缴员工的 个人所得稅。4、受医疗机构临时聘请坐堂门诊及售药，会诊、主刀等，由该 医疗机构支付报酬，或收入与该医疗机构按比例分成的人员，其取 得的所得，按照劳务报酬所得应稅项目缴纳个人所得稅，以一个 月内取得的所得为一次，稅款由该医疗机构代扣代缴。