SwissPdbViewer软件的使用

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Swiss-Pdb-ViewerSwiss-Pdb-Viewer软件软件的使用的使用蛋白质序列查找CDK2 Homo sapiens序列提交Pdb文件下载蛋白质空间结构的显示n用Swiss-pdbviewer打开结构CDK2蛋白质空间结构的显示n调出Control Paneln选择以ribbon显示肽链并消除棍棒结构n选择以不同的颜色显示螺旋与折叠蛋白质空间结构特征的分析n一不同类型残基的分布n二蛋白质的静电势分析n三残基分布与其的溶剂可及性n四邻近残基的选择及氢键分析一、不同类型残基的分布n碱性残基的分布酸性残基的分布极性残基的分布非极性残基的分布二、蛋白质的静电势分析三、残基分布与其的溶剂可及性n点“select”，选择“accessible residues”=30四、氢键分析ntools选项中选择compute H-bonds邻近残基的选择及氢键分析计算氢键五、结构的同源模建nAutomated modle打开序列打开模板结构Fit raw sequence序列提交返回结果六、刚性与柔性colorB-factor七、相似性分析Magic fitCalculator RMS Thank you！