年研究生实验2PCR检测apoB基因多态性课件

《年研究生实验2PCR检测apoB基因多态性课件》由会员分享，可在线阅读，更多相关《年研究生实验2PCR检测apoB基因多态性课件（51页珍藏版）》请在装配图网上搜索。

1、实验二：实验二：PCR检测检测apoB基因多态性基因多态性中山医学院生化教研室中山医学院生化教研室实验内容实验内容1 1、基因、基因PCRPCR（已完成）；（已完成）；2 2、鉴定、鉴定apoBapoB基因基因PCRPCR产物的产物的DNADNA凝胶电泳：凝胶电泳：1.5%1.5%琼脂糖凝胶浓度，琼脂糖凝胶浓度，100V，1h1h；1 1 原理原理 在在pH8.0pH8.0（碱性）的环境中（碱性）的环境中DNADNA的磷酸基团解离，的磷酸基团解离，使使DNADNA在该环境中带负电荷，在电场中向正极方向泳在该环境中带负电荷，在电场中向正极方向泳动，因为各种动，因为各种DNADNA分子的电荷数、分

2、子量、构象不同，分子的电荷数、分子量、构象不同，它们在通过凝胶立体网格时所受的动力和阻力不同，它们在通过凝胶立体网格时所受的动力和阻力不同，所以泳动的速度有差异，以此达到分离的目的。所以泳动的速度有差异，以此达到分离的目的。DNADNA显显色色剂剂多多用用EBEB，它它能能和和碱碱基基间间的的氢氢键键结结合合，在紫外光照射下呈橘红色（在紫外光照射下呈橘红色（530nm530nm）的荧光。）的荧光。3一、一、DNA琼脂糖凝胶电泳琼脂糖凝胶电泳1.1 1.1 影响影响DNADNA在凝胶中迁移速率的因素在凝胶中迁移速率的因素 1 DNA分子的大小：分子量越大，迁移速度越慢；分子的大小：分子量越大，迁

3、移速度越慢；2 构象：共价闭环构象：共价闭环DNA分子分子直线直线DNA开环双链开环双链DNA；3 凝胶浓度：浓度越大，孔径越小，凝胶浓度：浓度越大，孔径越小，DNA分子迁移越慢；分子迁移越慢；4 电压：电压越高，电压：电压越高，DNA分子迁移越快；分子迁移越快；5 缓冲液：碱性环境保证缓冲液：碱性环境保证DNA分子带负电荷。分子带负电荷。1.2 1.2 不同浓度琼脂糖的凝胶分离范围不同浓度琼脂糖的凝胶分离范围琼脂糖浓度琼脂糖浓度（，（，W/V)DNA分子的有效分离范围（分子的有效分离范围（kb)0.7 0.8-100.9 0.5-71.2 0.4-61.5 0.2-32.0 0.1-22 2

4、 实验材料及试剂实验材料及试剂 琼脂糖琼脂糖 电泳缓冲液：电泳缓冲液：1 1 TAETAE（Tris acetate-EDTA buffer Tris acetate-EDTA buffer）6 6 加样缓冲液加样缓冲液 （溴酚蓝（溴酚蓝/二甲苯青二甲苯青/甘油）甘油）EBEB染色液（溴化乙锭，染色液（溴化乙锭，ethidium bromideethidium bromide）琼脂糖凝胶板的制备琼脂糖凝胶板的制备（封板、制备（封板、制备1.5%的预染或未染的凝胶、倒胶、插梳、凝固后拔梳）的预染或未染的凝胶、倒胶、插梳、凝固后拔梳）将胶置于电泳槽将胶置于电泳槽（注意上样孔位于电泳槽负极一侧）（注

5、意上样孔位于电泳槽负极一侧）倒缓冲液倒缓冲液（没过胶约（没过胶约1mm）实验实验步骤步骤上样上样紫外灯下检测紫外灯下检测（apoB基因基因PCR产物：双条带或单条带，产物：双条带或单条带，700bp左右）左右）取取apoB基因基因PCR产物产物20 l上样上样（按学号加样：（按学号加样：DNA marker，样品样品1,样品样品2,样品样品3,样品样品4）apoB基因基因PCR产物电泳产物电泳（1.5%胶，胶，100V,1小时）小时）1.电泳前准备准备内容作用1.刷干净电泳制胶的梳子，板子，槽子，蒸馏水洗净晾干防止不必要的重复污染，减少外来的污染。梳子干净有利于梳孔的形成。2.检查电泳槽，根据

6、情况更换buffer排除电泳槽的电极接触不良，确保buffer的缓冲能力，减少污染。3.根据DNA的分离范围选择合适的胶浓度并记录达到较好的分离效果，防止样过快跑出胶或者是过慢浪费时间。4.计算agarose的用量和制胶 buffer的用量记录，胶最终越薄越好。实验记录备查2.制胶步骤注意事项1.称量agarose和bufferBuffer不要用成H2O，称量相对准确2.融胶，加热到胶产生大量的气泡时，拿出摇匀，继续加热到完全溶解，拿出摇匀，再加热到沸腾。非常热，小心烫手，另外注意不要加热过度使胶冲出瓶子。因此注意选择起码为胶体积2倍以上的瓶子。保证胶混匀和完全溶解，减少可能因此引起的胶中孔径

7、不均匀影响分离效果。3.倒胶，可用水浴的办法使胶冷却到60度左右，即手可以握住瓶子的温度，沿着制胶板的一侧，缓缓地一次性倒入。梳子最好是预先放好并固定的，注意梳孔的体积能点的下所有的样。用枪头赶掉气泡。制胶的桌面相对水平。倒胶时尽量减少气泡的产生。EB如果在制胶时加入，在60度左右时加入，使终浓度为0.5ug/ml。不宜过低，染色成像不明显；不宜过高，导致背景太深。摇匀要沿着瓶壁摇动，尽量减少气泡产生的可能性。高浓度胶例如2%以上的EB很难摇匀，而且凝的速度也相对快，强烈建议跑完胶之后再用EB染色。4.室温凝胶30分钟过程中不要碰到梳子，尽量保持胶的位置不移动。时间不宜过久，导致胶干燥变形；不

8、宜过短，影响胶内部孔径形成。5.拔梳子，放入电泳槽。缓缓地将梳子垂直从梳孔拔出，尽可能使梳子是同时从各个胶孔拔出的。暂时不用的胶最好放入电泳槽电泳液中浸泡。电泳液要浸没胶1mm。3.上样电泳步骤注意事项1.样品中加入loading buffer使其终浓度为1 X，混匀Loading buffer浓度不宜过低，点样时样品不能很好的沉在胶孔里；不宜过高，电泳时容易形成带形的变形。注意混匀。2.点样（每孔10ul）apoB基因PCR产物电泳（1.5%胶，60v，2小时）沿着胶孔的边缘匀速加入。尽量避免碰坏胶孔。枪头不要吸过多的气泡，拔起时不要过猛带出样品。每点一个样完，吸取buffer洗枪头，避免样

9、品混杂。如果是有特殊要求，例如回收，强烈建议每点一个样换一次枪头。加样的速度当然是越快越好，注意保证质量。点样的量不要太大，一方面是体积不要太大，溢出污染邻位样品；一方面不量要太大，容易导致脱尾和模糊不清。3.接通电源，选择合适的电压和时间电泳。胶孔与电极成水平状态，防止样品跑歪。跑胶期间不时回来看看，防止样品跑出胶等意外发生。4.染色成像步骤注意事项1.染色如果胶中没有加入EB，用0.5ug/ml的EB溶液浸染5-10分钟。2.调整镜头的拍摄范围和焦距，成像3.打印照片做分析记录又称无细胞克隆技术又称无细胞克隆技术(“free bacteria”cloning technique)，是一种对

10、特定的，是一种对特定的DNA片段在体外进行快速扩增的方法。片段在体外进行快速扩增的方法。该方法一改传统分子克隆技术的模式，不通过活细胞，该方法一改传统分子克隆技术的模式，不通过活细胞，操作简便，在数小时内可使几个拷贝的模板序列甚至一操作简便，在数小时内可使几个拷贝的模板序列甚至一个个DNA分子扩增分子扩增107108倍，大大提高了倍，大大提高了DNA的得率。的得率。因此，现已广泛应用到分子生物学研究的各个领域。因此，现已广泛应用到分子生物学研究的各个领域。二、聚合酶链反应或多聚酶链反应二、聚合酶链反应或多聚酶链反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）Kary Mull

11、islPCR技技术术最最早早由由美美国国 Cetus公公司司人人类类遗遗传传研研究究室室Kary Mullis及及同同事事于于1985年发现并研制成功的；年发现并研制成功的；lKary Mullis因因发发明明了了“聚聚合合 酶酶 链链 式式 反反 应应”而而 获获 得得1993年度诺贝尔化学奖。年度诺贝尔化学奖。（一）原理（一）原理lPCR是在模板是在模板DNA、引物和四种脱氧核、引物和四种脱氧核苷酸等存在的情况下，苷酸等存在的情况下，DNA聚合酶依赖聚合酶依赖的酶促合成反应，整个扩增过程分三步。的酶促合成反应，整个扩增过程分三步。l变性变性：加热，模板：加热，模板DNA形成两条单链形成两条

12、单链l退火退火：降温，模板单链：降温，模板单链DNA与引物配对与引物配对 结合结合l延伸延伸：在：在DNA聚合酶及镁离子等存在的聚合酶及镁离子等存在的 条件下，引物条件下，引物3端向前延伸，合端向前延伸，合 成与模板配对的新链成与模板配对的新链PCR由上述高温变性、低温退火及适当温度延由上述高温变性、低温退火及适当温度延伸等几步反应组成一个周期，循环进行后使目伸等几步反应组成一个周期，循环进行后使目的的DNA得以迅速扩增。得以迅速扩增。5335（二）（二）PCR反应体系的组成及功能反应体系的组成及功能 PCR的的完完成成是是在在一一个个0.5ml的的EP管管中中完完成成，一一个个完整的完整的P

13、CR反应体系应包括以下成分：反应体系应包括以下成分：1.引物引物 2.模板模板DNA 3.Taq DNA聚合酶聚合酶 4.dNTP 5.10PCR反应反应buffer（含镁离子）（含镁离子）1、引物：引物：人工合成短寡核苷酸人工合成短寡核苷酸是预扩增是预扩增DNA片段两端的已知序列，是保证片段两端的已知序列，是保证PCR特异性的关特异性的关键因素，目的是提高扩增的效率与特异性。键因素，目的是提高扩增的效率与特异性。终浓度为终浓度为0.10.5umol/L，浓度过高易形成引物二聚体且产生，浓度过高易形成引物二聚体且产生非特异性产物。一般来说用低浓度引物经济、特异，但浓度非特异性产物。一般来说用低

14、浓度引物经济、特异，但浓度过低，不足以完成过低，不足以完成30个循环的扩增反应，则会降低个循环的扩增反应，则会降低PCR的产的产率。率。设计原则：设计原则：（1）引物长度：）引物长度：15-30bp，常用为，常用为20bp左右。左右。（2）引物扩增跨度：）引物扩增跨度：以以200-500bp为宜，特定条件下为宜，特定条件下可扩增长至可扩增长至10kb的片段。的片段。（3）引物碱基：）引物碱基：G+C含量以含量以40-60%为宜，为宜，G+C太少太少扩增效果不佳，扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核个以

15、上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。苷酸的成串排列。（4）避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3端的端的 互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。lPrimer 本身不要出现内部互补序列本身不要出现内部互补序列,形成内部形成内部loop环二环二级结构级结构,如：如：GGGTCGATTCCTACCCATGCl注意减少注意减少Primer间互补序列间互补序列,导致导致2个个Primer形成形成dimer,一般不要超过一般不要超过 3个互补个互补bp 如：如：CCCATGC A

16、TGGAGTC :GGGTCTA TCAGTAAGC （5）引物引物3端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。失败。（6）引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。同源性。修饰：修饰：如：如：32P、生物素、荧光素，不影响其效果、生物素、荧光素，不影响其效果 突变：突变：AGCTCCATGACCCAG 5CGCTCCATGACCCAG 3 注意：绝不可以在注意：绝不可以在3端进行上述改造端进

17、行上述改造 DNA聚合酶是聚合酶是53聚合，若聚合，若3端改造端改造不能互补不能互补不能延伸不能延伸 （7）Primer 5未端可修饰、突变未端可修饰、突变:（8）primer 5端增加碱基端增加碱基:引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶切分析或分子克隆很有好处。切分析或分子克隆很有好处。内切酶识别点：内切酶识别点：（G）GAATTC GCTCCATGACCCAG 保护保护bp 对对PCR产物产物cloning有很大好处有很大好处 ATG起始密码起始密码 TAA、TAG、TGA终止密

18、码终止密码如：可溶性受体的表达，无膜内区、穿膜区，只有膜外区。如：可溶性受体的表达，无膜内区、穿膜区，只有膜外区。引物设计软件引物设计软件Primer Premier 5.0（自动搜索）*Oligo 6（引物评价）Vector NTI Suit DNAsis Omiga DNAstar Primer 3（在线服务）2.Taq DNA聚合酶聚合酶水生栖热菌水生栖热菌(thermus aquaticus,Taq)的的DNA聚合酶，其特点有：聚合酶，其特点有：53DNA聚合酶活性；聚合酶活性；无无35外切酶活性，因此无校正功能；外切酶活性，因此无校正功能；有良好的热稳定性，有良好的热稳定性，最适聚合

19、酶最适聚合酶 温度温度72，选择，选择72延伸；延伸；半衰期：半衰期：92.5 130min 95 40min 97.5 56min 变性温度变性温度95，使其在整个扩增循环中保持足够活性，使其在整个扩增循环中保持足够活性；其活性对其活性对Mg2+浓度非常敏感；浓度非常敏感；终浓度一般为：终浓度一般为：2.5U/100ul；3.模板模板DNA （1）模模板板用用量量 Plasmid:1ng,Chromosome:300-500 ng,一般认为一般认为102104拷贝模板就可以满足要求。拷贝模板就可以满足要求。（2）可选可选DNA 质粒、质粒、噬菌体、染色体噬菌体、染色体DNA 注意：注意：防止

20、交叉污染防止交叉污染4.dNTP （1 1）四种脱氧核苷酸，基本原料四种脱氧核苷酸，基本原料,四种四种dNTPdNTP的浓度应相的浓度应相同，其中任何一种浓度偏高或偏低，都会诱导聚合酶的错同，其中任何一种浓度偏高或偏低，都会诱导聚合酶的错误掺入，降低合成速度，过早终止反应误掺入，降低合成速度，过早终止反应 （2 2）已有商品化的混合液，终浓度一般为已有商品化的混合液，终浓度一般为20-20-200umol/L,200umol/L,高浓度高浓度dNTPsdNTPs易产生错误掺入，而浓度太低，易产生错误掺入，而浓度太低，势必降低反应物的产量势必降低反应物的产量。注意：不稳定，保存时间长会失效注意：

21、不稳定，保存时间长会失效5.10PCR反应反应buffer (1)250500mmol/L KCl；(2)100500mmol/LTris-HAC(pH8.4)；(3)1520mmol/L MgCl2（对对Taq酶酶的的活活性性影影响响很很大大，一一般般浓浓度度为为1.52.0mmol/L，实实际际应应用用时时根根据据反反应应体系的情况进行调整）；体系的情况进行调整）；(4)0.1%明胶或牛血清白蛋白明胶或牛血清白蛋白Mg2+(1)TaqDNA聚合酶作用时需要聚合酶作用时需要Mg2+(2)不同的酶需不同不同的酶需不同Mg2+(3)Taq：Mg2+对反应影响很大，对反应影响很大，1-3 mM终浓

22、度终浓度外界影响：外界影响：(1)EDTA鳌合鳌合Mg2+选较低浓度选较低浓度TE(10mM Tris,1mM EDTA)；(2)DNA模板、引物和模板、引物和dNTP 的磷酸基团均可与的磷酸基团均可与Mg2+结合，结合，降低降低Mg2+有效浓度有效浓度 如果扩增产物或效率不理想，要注意调整如果扩增产物或效率不理想，要注意调整Mg2+浓度浓度（三）（三）PCR反应条件反应条件1.PCR循环的温度和时间循环的温度和时间（变性、退火、延伸）（变性、退火、延伸）2.PCR循环的次数和平台效应循环的次数和平台效应 （1）变性温度变性温度：94-95 Templete：GC比例高、长度很长，则变性时间比

23、例高、长度很长，则变性时间 （2）退火退火：温度越高，扩增特异性越好温度越高，扩增特异性越好 取决于引物取决于引物Tm值：值：Tm值值=4(G+C)2(A+T)；复性温度复性温度=Tm值值-(510)，一般在，一般在4555；Tm退火退火T，Tm退火退火T；若若Tm较高，可使退火和延伸在同一温度较高，可使退火和延伸在同一温度（3)延伸延伸：72 1min/kb（10kb内）内）一般：一般：4060sec 温度和时间温度和时间平台效应平台效应PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩增量呈指数上升。反应最终的DNA 扩增量可用Y(1X)n计算。Y代表DNA片段扩增后的拷贝数，X表示平均每次的扩增效

24、率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%，但在实际反应中平均效率达不到理论值。反应初期，靶序列DNA片段的增加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，引物、底物的消耗、DNA聚合酶活性下降及非特异性产物的竟争等因素，被扩增的DNA片段不再呈指数增加，而进 入线性增长期或静止期，即出现“停滞效应”，大多数情 况下，平台期(Plateau phase)的到来是不可避免的。Plateau phase in PCR apoBapoBapoBapoB基因基因基因基因PCRPCRPCRPCR反应体系和反应步骤反应体系和反应步骤反应体系和反应步骤反应体系和反应步骤体系体系25 l l Mix12.5

25、 l l 引物引物2 l l ddH2O6.5 l l 模板模板4 l l 步骤步骤温度温度时间时间预变性预变性94 94 5 min5 min变性变性94 94 1 min1 min退火退火+延伸延伸 60 60 4 min4 min延伸延伸60 60 10 min10 min35 cycles35 cycles35 cycles35 cycles循环数循环数（四）（四）PCR 的特点的特点操作简单操作简单省时：省时：1-2 hr灵敏度高：灵敏度高：pg特异性强特异性强对原始材料质量要求低对原始材料质量要求低有一定程度的单核苷酸错误掺入有一定程度的单核苷酸错误掺入适用于克隆序列清楚的基因适用

26、于克隆序列清楚的基因（五）（五）PCR的应用的应用1 1遗传病的产前诊断：遗传病的产前诊断：如地中海贫血、镰刀状细胞贫血、凝血因子缺乏；如地中海贫血、镰刀状细胞贫血、凝血因子缺乏；2 2致病病原体的检测致病病原体的检测 ：对于难于培养的病毒（乙肝），细菌（如结核、对于难于培养的病毒（乙肝），细菌（如结核、厌氧菌）和原虫（如梅毒螺旋体）等来说尤为适用。；厌氧菌）和原虫（如梅毒螺旋体）等来说尤为适用。；3 3癌基因的检测和诊断：癌基因的检测和诊断：白血病残留细胞的定量（包括慢粒和急粒），白血病残留细胞的定量（包括慢粒和急粒），肺癌中肺癌中P53P53及及RbRb等抗癌基因的失活，神经质瘤等抗癌基因

27、的失活，神经质瘤N-mycN-myc基因的激活和表达；基因的激活和表达；4 4DNADNA指纹、个体识别、亲子关系鉴别及法医物证：指纹、个体识别、亲子关系鉴别及法医物证：肌红蛋白小卫星基肌红蛋白小卫星基因，因，-珠蛋白基因、珠蛋白基因、ApoBApoB基因等的多肽性和重复次数的差异都被应用于基因等的多肽性和重复次数的差异都被应用于鉴定，骨髓或脏器移植配型及动物种系的研究鉴定，骨髓或脏器移植配型及动物种系的研究 ；5 5动、植物检疫：动、植物检疫：检查出入国门的人员、动、植物（种畜、种籽）等是检查出入国门的人员、动、植物（种畜、种籽）等是否携带烈性传染病（艾滋、动物病毒、植物病毒等）病原体，食品

28、、饲否携带烈性传染病（艾滋、动物病毒、植物病毒等）病原体，食品、饲料等是否带沙门氏菌等料等是否带沙门氏菌等 ；6 6高科技生物医学领域中的应用高科技生物医学领域中的应用在转基因动植物中检查植入基因的存在转基因动植物中检查植入基因的存在。在。7.7.PCR PCR技术尚可应用于技术尚可应用于基因拼接、测序基因拼接、测序等领域。等领域。参考书目nPCR技术实验指南 黄培堂 等译，1998年6月第一版，科学出版社nPCR技术实验指南（第二版）（影印），Carl W.Dieffenbach,Gabriela S.Dveksler，2003，Cold Spring Harbor Lab(CSHL)Pre

29、ss，科学出版社nPCR传奇一个生物技术的故事，保罗 拉比诺 潘涛 等著，朱玉贤译，1998-12第一版，上海科技教育出版社 三、基因多态性三、基因多态性 (genetic polymorphism)基因多态性（基因多态性（polymorphism）是指在一个生物群体中，同时和经）是指在一个生物群体中，同时和经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型（常存在两种或多种不连续的变异型或基因型（genotype）或等位）或等位基因（基因（allele）。从本质上来讲，多态性的产生在于基因水平上的）。从本质上来讲，多态性的产生在于基因水平上的变异，一般发生在基因序列中不编码蛋白的区域和没有重要调节变异

30、，一般发生在基因序列中不编码蛋白的区域和没有重要调节功能的区域。对于一个体而言，基因多态性碱基顺序终生不变，功能的区域。对于一个体而言，基因多态性碱基顺序终生不变，并按并按孟德尔孟德尔规律世代相传。规律世代相传。1 1 基因多态性产生的原因基因多态性产生的原因单个核苷酸的点突变即核苷酸的替换单个核苷酸的点突变即核苷酸的替换单一单一DNADNA序列的插入或缺失序列的插入或缺失整串整串DNADNA序列的插入或缺失序列的插入或缺失基因转换基因转换2 2 基因多态性类型的检测基因多态性类型的检测 （1）限制性片段长度多态性）限制性片段长度多态性(RFLP)标记标记：由于限制性内切酶酶切位：由于限制性内

31、切酶酶切位点或位点间点或位点间DNA区段发生突变引起的。区段发生突变引起的。（2）随机扩增多态性随机扩增多态性(RAPD)标记：标记：RAPD是通过短的随机引物扩增是通过短的随机引物扩增个体基个体基 因组因组DNA体现多态性。体现多态性。（3）扩增片段长度）扩增片段长度(AFLP)多态性标记多态性标记：AFLP是将是将PCR技术与技术与RFLP结合的一种方法，通过对基因组结合的一种方法，通过对基因组DNA酶切片段的选择性扩增来检测酶切片段的选择性扩增来检测DNA酶切片段长度的多态性。酶切片段长度的多态性。（4）微卫星多态性标记）微卫星多态性标记(SSRP)：基于基于PCR技术的技术的DNA标记

32、，多态性标记，多态性是由同一座位上的串联单元数量的不同而产生的。是由同一座位上的串联单元数量的不同而产生的。（5）单链构象多态性标记）单链构象多态性标记(SSCP)（6）单核苷酸多态性标记）单核苷酸多态性标记(SNP)：将被测：将被测DNA片段与高密度片段与高密度DNA探针探针(中部单核苷酸中部单核苷酸 替代探针替代探针)微阵列杂交，一次性快速显示被测序列的微阵列杂交，一次性快速显示被测序列的单核苷酸多态性，并通过计算机分析单核苷酸多态性，并通过计算机分析 杂交类型，最终显示杂交类型，最终显示SNP结果结果。随机扩增多态性随机扩增多态性DNA标记标记(RAPD)由由Williams等于等于19

33、90年创立。其基本原理与年创立。其基本原理与PCR技术一致；技术一致；由人工随机合成的由人工随机合成的DNA 分子为引物，以基因组分子为引物，以基因组DNA 为模板，为模板，进行多态性进行多态性DNA片段的随机合成。对扩增产物进行电泳、染色片段的随机合成。对扩增产物进行电泳、染色分析，就可直接在紫外光线下看到新合成的分析，就可直接在紫外光线下看到新合成的DNA分子片段形成分子片段形成的不同条带。的不同条带。遗传材料的基因组遗传材料的基因组DNA如果在特定引物结合区域发生如果在特定引物结合区域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变，就有可能导致引物结合位点的分片段插入、缺失或碱基突变，就有可能导致引

34、物结合位点的分布发生相应的变化，导致布发生相应的变化，导致PCR产物增加、缺少或发生分子量变产物增加、缺少或发生分子量变化。若化。若PCR产物增加或缺少，则产生产物增加或缺少，则产生RAPD标记。标记。不同品种鸡基因组的不同品种鸡基因组的RAPD分析图分析图3 DNA3 DNA多态性在医学的应用多态性在医学的应用 （1）个体疾病的诊断）个体疾病的诊断（2）个体疾病的预防）个体疾病的预防（3）个体化用药的指导）个体化用药的指导（4）个体身份的验证）个体身份的验证载脂蛋白载脂蛋白B B基因位于基因位于2号染色体断臂末端，全长号染色体断臂末端，全长43Kb43Kb；DNA 3 3端端181bp181

35、bp构成一种由构成一种由11-16bp11-16bp重复排列的超重复排列的超变异小卫星序列，分布在变异小卫星序列，分布在500-800bp500-800bp之间；之间；Apo BapoB DNAB DNA多态性或遗传变异与高胆固醇血多态性或遗传变异与高胆固醇血症、动脉粥样硬化、心肌梗赛、冠心病以症、动脉粥样硬化、心肌梗赛、冠心病以及肥胖之间密切相关及肥胖之间密切相关；apoB一个位点或几个位点的微小变异均可一个位点或几个位点的微小变异均可能引起高胆固醇和高甘油三酯血症能引起高胆固醇和高甘油三酯血症;apoB基因短缺或蛋白截短都可能引起低胆基因短缺或蛋白截短都可能引起低胆固醇血症或低脂蛋白血症。固醇血症或低脂蛋白血症。n PCR-VNTR(Variable numble of tandemly repeated short DNA sequence)多态性检测多态性检测PCR；电泳检测本实验的预期目标：通过观察电泳条带的本实验的预期目标：通过观察电泳条带的差异，检测来自不同样本的差异，检测来自不同样本的apoB基因基因的多的多态态性性.apoB基因PCR产物鉴定600 bp700 bpThank you!Thank you!