上海捷瑞生物公司SNP基因分型服务平台

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1、上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台介绍 1 上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs），指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，这就是 SNP。由于 SNP 在人类基因组中数量较多，发生频率较高，因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记，在医学遗传学、药物遗传学、疾病遗传学、疾病诊断学、以及人类进化等研究领域都有着很高的研究价值和应用前景。目前主要应用领域 复杂疾病的易感性基因分析与基

2、因定位 环境因子易感基因的检出与病原体基因分析 药物开发与个体用药 个体识别与法医鉴定 系统发育分析与病理分子遗传机理的阐明 生物进化与遗传分析 SNP 分型检测服务是上海捷瑞生物工程有限公司于 2007 年推出的服务项目，它是继本公司完善的全基因合成服务、引物合成服务、测序服务等服务体系后的又一力作。基于过硬的引物合成及标记技术、多重 PCR 技术、测序技术，本公司推出多套 SNP 基因分型检测服务体系，以便于客户选择更适当的服务。捷瑞生物公司 SNP 基因分型技术平台：1、直接测序 SNP 分型技术 2、连接酶检测反应(PCR-LDR)分型技术.3、多重 SNaPshot SNP分型技术

3、4、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MassArray）分型方法 上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台介绍 2 我们拥有四个 SNP 基因分型服务平台，我们会根据您的实验要求和实验目的，样品数和位点数的不同，推荐最合适的基因分型方法。一、直接测序 SNP 分型技术：原理：通过直接测序的方法来确定位点的基因型，适用于对关键区域 SNP位点的筛选和未知 SNP 位点发现，直接测序是 SNP 分型的“金标准”，但费用大。如果需要检测的几个 SNP 位点正好位于一个测序单元内（长度小于 600bp），则单个位点的分型费用可显著降低。对于准确性要求特别高或样本量特别小（几个或几十个）的项目，这种

4、分型技术很适合。方法特点：1）分型最为准确，是SNP 分型“金标准”，是其它分型方法结果的最终验证手段；2）操作过程复杂，分型费用高；适宜范围：1）需要检测的几个SNP 位点正好位于一个测序单元内（长度小于 600bp）的分型项目；2）对于准确性要求特别高或样本量特别小（几个或几十个）的分型项目，如对其它 SNP 分型方法准确性的验证。二、连接酶检测反应(LDR)分型方法：原理：主要应用连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)技术。即在Taq DNA 连接酶的作用下,当左右两条寡核苷酸探针与目的 DNA 序列完全互补，并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反

5、应，否则连接反应不能进行，最后通过荧光扫描片段长度，根据测序峰移动的胶位置，通过末端未标记探针的3个碱基差异，确定同一位点的不同基因型，再通过末端未标记探针的 7 个碱基差异，确定不同位点，最终实现对 SNP 位点的精确检测。上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台介绍 3 PCR-LDR 技术流程：1、多重 PCR 扩增：获得目标位点所在的片断；2、多重 LDR：得到长度各异的检测产物；3、3730 测序仪检测：根据测序电泳得到不同的峰值；4、判断 SNPs 结果，数据分析；上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台介绍 4 方法特点：1.通用性强：适用于任何多态性位点和各种SNP 位点的

6、分型，不需要人工引入酶切位点；2.分型准确，检出率高：其准确度可达 99.2%以上。3.检测快速：LDR 分型技术的最大优点就是实验时间短！与 Taqman、RFLP、SSCP和 DHPLC 相比，由于检测条件更易控制，因此从 DNA 样本到数据的产出，整体实验只需要几周。三、多重 SNaPshot SNP 分型技术：该技术由美国应用生物公司(ABI)开发，主要针对中等通量的 SNP 分型项目。一种以多重引物延伸为基础、可同时对多个已知 SNP 位点进行遗传分型的自动化方法。原理：在一个含有测序酶，四种荧光标记的 ddNTP,紧挨多态位点 5端的不同长度延伸引物和 PCR 产物模板的反应体系中

7、，引物延伸一个碱基即终止，经ABI 测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的 SNP 位点。对于 PCR 产物模板可通过多重 PCR 反应体系来获得。原理示意图：上海捷瑞生物公司 SNP 基因分型服务平台介绍 5 SNaPshot SNP 步骤：方法特点：1.分型准确：该技术也称小测序技术，其准确度仅亚于直接测序。2.多位点同时检测：可以同时检测达 12 个位点，而 RFLP 及 Taqman 一次仅能检测一个。3.不受 SNP 位点多态特性限制:不管该位点是 G/C,A/T,G/A,C/T还是插入/缺失多态，都可以放在一个体

8、系中检测，而 SNPstream 则不适合这种组合。4.不受样本量的限制:而 Taqman 及 SNPsteam 对少量样本不适合。5.可以检测出受污染的样本：如果一个样本的分型峰谱偏离正常的分布，它可以提示该样本可能受到污染或浓度过低，而其它分型方法则不能做到这一点 四、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MassArray）分型方法：原理:基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术的主要特点是，先通过 PCR 扩增目标序列，然后加入 SNP 序列特异延伸引物，在 SNP 位点上，延伸 1 个碱基。将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入上海捷瑞生物公司 SNP

9、基因分型服务平台介绍 6 质谱仪的真空管,而后用瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离，在真 空 小 管 中 飞 行 到 达 检 测 器。MALDI产 生 的 离 子 常 用 飞 行 时 间（Time-of-Flight,TOF）检测器来检测，离子质量越小，就越快到达。理论上讲，只要飞行管的长度足够，TOF 检测器可检测分子的质量数是没有上限的。MASSARRAY SNP 检测的质谱范围为 5000 to 8500 Dalton。方法特点：优点：高通量，简单，灵活，灵敏度高 缺点：准确率和样品的质量相关，这种纯物理检测易受到样本因素的多种干扰，精确度难以保证。仅适宜于已经优化的特定 SNP 检测，不适宜该服务商未做过或很少做过的新 SNP 检测。检测过程需要多点质控，否则精确度非常低。