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1、使用eUtils建立定制的数据流程已有433次阅读2012-5-25 17:32 |个人分类:程序设计|系统分类:科研笔记|关键词:数据库系统style程 序今天偶尔发现NCBI上的这个东东，觉得非常有用，共享一下。eUtils（Entrez Programming Utilities）是七个服务器端的程序，用来提供NCBI上查询和数据 库系统的一个稳定的结构。eUtils使用URL后缀的语法用来设置查询的参数。支持Entrez 的23个数据库，包括核酸和蛋白序列、基因信息、分子3。信息和文献。一个URL被发送 至eUtils，返回一个XML响应。Entrez数据库中的每个记录都是用一个UID
2、表示的，如 核酸和蛋白数据库用GI号，PubMed用PMID，3D结构使用MMDB号 三个主要的搜索引 擎：EGQuery，ESearch，ESummary Entrez搜索引擎主要完成两件事：1将输入的字串 转换为UID，2按照UID输出summary。EGQuery和ESearch类似，但是能够搜索全部 的Entrez数据库EInfo, EFetch和ELink EInfo可以得到数据库的详细信息，包括支持的索 引域和与其他Entrez数据库的连接EFetch能够依据UID定制输出的格式ELink能够得到 UID连接到其他数据库的链接EPost Entrez系统的特点之一是能够将用户查询的
3、UID暂时 存储起来，构建查询URL的注意事项 除了 WebEnv参数以外所有参数的字母都应该小写， 空值和不合法的值都会被忽略，如果查询字串中有空格，用+代替错误的： &id=352, 25125, 234, .正确的： &id=352,25125,234,.错误的： &term=biomol mrnaproperties AND mouseorganism 正确的： &term=biomol+mrnaproperties+AND+mouseorganism如果有其他字符的，需要转化为URL编码字符，比如#用23来代替NCBI建议在查询字 串后加上&tool和&email来定制自己的查询，&
4、tool是一个特有的字符串eUtils中的7个工 具EInfo:指定数据库的条目数、可以用来查询的域、上次更新时间等EGQuery:查询字 串在所有数据库中的查询结果ESearch：得到查询字串搜索到的UID列表，并包含有对 查询字串的拆分ESummary:基于UID得到相应的简介EPost:上传UID列表缓存在服务 器上，可以通过EPost直接使用此缓存的UID列表EFetch：依据UID返回数据记录ELink： 与其他数据库的链接如果要大量上传UID时，建议分成多份上传下载结果时，建议使用 retstart（开始下载题目记录）和retmax（下载的条目数）参数 使用ELink elink.
5、fcgi?dbfrom=nucleotide&db=protein&id=41282244,41282247,40789264 elink.fcgi?dbfrom=nucleotide&db=protein&id=41282244&id=41282247&id=40 789264elink.fcgi?dbfrom=nucleotide&db=protein&Webenv=Webenv&query_key=key 第一个和第三个返回相同的结果，转换后的蛋白GI号在集中在一起，而第二个可以给出那 个核酸的GI号转换为蛋白的GI号ELink返回的其他数据库的UID不能缓存在服务器上 ESearch-
6、ESummary/EFetch第一步：查询返回UID列表，并且缓存至服务器上 esearch.fcgi?db=database&term=query&usehistory=y 第二步：从返回的 XML 文件中解析 出Webenv和key的值 第三步：用ESummary或者EFetch得到相应的UID的记录 esummary.fcgi?db=database&WebEnv=Webenv&query_key=keyefetch.fcgi?db=database&WebEnv=Webenv&query_key=key EPost-ESummary/EFetch 第一步：将id列表存储在历史服务器上e
7、post.fcgi?db=database&id=id_list第二部：从返 回的XML文件中解析出Webenv和key的值 第三部：用ESummary或者EFetch得到相 应的 UID 的记录 esummary.fcgi?db=database&WebEnv=Webenv&query_key=key efetch.fcgi?db=database&WebEnv=Webenv&query_key=key einfo 返回了所支持的数据 库 http:/eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi? pubmed proteinnucleot
8、ide nuccore nucgss nucest structure genomebiosystems books cancerchromosomescdd ga p dbvardomains gene genomeprjgensat geo gdshomologene journals meshncbisearch nlmcatalog omiaomim pepdome pmcpopset probe proteinclusterspcassay pccompound pcsubstanceseqannot snp srataxonomy toolkit toolkitallunigene
9、 uni sts 部分数据库的 UIDEntrez DatabasePrimary IDE-Utility Database Name3D Domains3D SDIdomainsDomainsPSSM-IDcddGenomeGenome IDgenomeNucleotideGI numbernucleotideOMIMMIM numberomimPopSetPopset IDpopsetProteinGI numberproteinProbeSetGEO IDgeoPubMedPMIDpubmedStructureMMDB IDstructureSNPSNP IDsnpTaxonomyTAX
10、IDtaxonomyUniGeneUniGene IDunigeneUniSTSUniSTS IDunistsEInfo url: http:/eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi?参数：db=database 参数: 数据库名称，默认pubmed db=database name是否需要保存为历史usehistory=y查询字 串term=search stratery查询的域field=迄今为止的天数reldate=时间区间mindata= maxdate=约束时间的域datetype=edat显示的条目数retstart=第一个记录retmax=最 大取回的记录个数返回数据的格式retmode=xml返回的类型rettype=排序sort在 ELink中的参数dbfrom原始数据库ncbi提供的linkname http:/eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/entrezlinks.html
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