利用Pubmed Map viewer查找基因序列

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1、利用Pubmed Map viewer查找基序列、mRNA序列、启动子(Promoter)来源:dxy/lovelifeangel 发布时间:2009-09-22 查看次数:2234下面以大鼠(rattus norvegicus)的结缔组织生长因子(C T G F)为例讲述一下具 体的操作步骤1打开 Map viewer页面,网址http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种,for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示: Switch Iq Graphica.1 Viev曰 VertebratesMo m m

2、a IsV! a 込 80s(cow) Build 34- ; Bas tsurus (cow) Build 2.1书-Cars伽僞啲(dog)._ Equ倔 ca帖畑(domestic horse)岂卫. i Feii$(cat)S P/antsMonocotyledofis 亟 卜:I Aeqi环w m/lg/fcpsi: 8:Ait泊m 8讯(卜ii円帼桶(口-E焰gsOstef2.点击“GO”出现如下页面:W.A5T cch llw 叭 flnww尺帀撤持 冋赳己边旧側口册冷算區?/ flenome view 哪E怦J輛欄H融再HltSE 3$Surrhbr qlir7 CTGF;:

3、10 kibC3uAsfmblfMtUhIMT 叩TyptE4trplQiuckFilr 凰Ot怅 Tinscnpt-3refprtnce站i:理議是?Rilty日 ciorjgicipconn电di/. C8曙亂 fliRNA Mvs rftwcui口n c&rinecEivr 侶强m C4J7 1TftAr-FSCR?HfJRNA Rticq日町汹0 sijnefifl minpirn 瑞故kii占 CTGFr c&iwclm bssuiCR5dl?3dtTRANSCRIPTFhRJgtgf c&EmeclivtlisatK gswthfflctotClgfiJENEGntf scqrFf

4、lie/lCeltJEi1 1RfttLS: ilOrVftLCLJs ennerhVE. CT*亂 mRN殳HMJQ22262TRANSCRIPTEs&?il_EUA 1Mv*tfcw魏讪肿 comectivtlaesu C(*fi. sJiNAN14 0117217 iTRAMSCR3PTMih RtJAHmdo j*psens fuU pjcn 代4d=曙 CTGF. ccrmsclive tisju*CR5417 LTRANSCR3FTHwRJZ百打mo Erpatns 行止 cpen cea.dHLg CTCrF, connisciiLve tissue-CR541734 1TRAH

5、SCiWHfF-KACt*f tMnecSivebeflue growth fectotQgfGENE灯曲a3.在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,在Gene 前面的小方框里打勾,然后点击 Filter. 出现下图:Rahm ”禅起引”上斗書(W舟jteiy制打geiiEjiiDe viewcom, a说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个,是不同的部门做出 来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管你分别点击后,序列代码等有所差异,但碱基基 本一致,不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是

6、最上面的那个序列,这一条是世界范围的生物科学家用计算 机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4点击上述三条序列第一条序列(即reference)对应的Genes seq,出现新的页面,页面下方为:串tuw札盃丁理常M尊 J; Gtne s On SequenceTa庙 YiftwRfgim Displays 21324 00-21 殉切 pownlgd/Vi卿 &蟻沁帖/吶职口佻TG&nes On Chromo some; 3507 42 not lorak话日G池澤 Labeled; 1 TqIiI Gm潛 in Region: 15.点击上图出现的“Download/View Seq

7、uence/Evidenee ”,即下载查看序列等功能,结果如图所示:+Stivence Fomwrt创山血 *.This chromoso-me region corresponds to the contig region(s):险匸遁翌疋即x (RGSC v3.4)Chromosoffie: 1dGroii:21324762 adpst t-v 0ti: ,21330552 J adjust by|旳肉ICihdn睜屜咖嗨1;的d2startMcd 血fakerContigNW 047548.2stop2021-4672029257先对上面这张图做点简要的说明,在Sequence For

8、mat (序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单,默认的为 FASTA格式,还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而 FASTA 格式只有基因序列。6.在Sequenee Format后选择GenBank,然后点击下面的Display,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范):KXiBFtlOH till iWBPiT JOBCK 打工!Iff.4ffi PCJ?n uJ . Iimiii HCION: ZOH?.-ZQEi5,H* 啊牛理B.上/ru3h Di-rivad. by

9、iVJZ-sa&XH caaisobI *110.17*11 : iuxnq 沪irvi piA-da c.3.i&n. ucbc-dr 11.砖 函 E 耳. pupporinji vs-dKnc llKlu4t-E piiiilwtcp C47 3 兀eLmwit I外佗 4 032. . 423, 4. .IErDrxfegicui ffioTVArr rvt.1b455孔赵3如3M硝事1:仔;Ch4ir;rn-i4-fe Vrr-rtr+r 1廿31?戸心!1 FUta*&3Bk; KHhl,lir UE-Cft(XHT-OlIS!4JI . C3lti *JBLUEC-THrthil

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12、4KEC?Ph|罔2QQ?IMMQTATIdN-t)f4KMTd for ljulldi 嘴 Yti Iftn 1 tit Ltw 9iKE:I a凯嗣iM4: M lOhRMfjwy wh i c”ekplitHrtui LQlhC3-444. . 3?Dt!l44ia2.讣辛屛斗召T4.啊耐些 FrriptMti JAJfllDPS TTTLI 理y零鹃 PMDTBIT*vo.LiriRVU4E4 *朋丄理EH空ibkHE 1 t口Iq*n*在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到: mRNA complement(join(23

13、38.3702, 4082.4293, 4424.4675,4861.5083, 5171.5454)这代表了从基因的 2338 位开始就是转录区了,即我们常说的mRNA片断,由于内含子的存在,所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDS complement (join(3406.3702,4082.4293,4424.4675,4861.5083,5171. 5230) CDS 代表编码序列,即蛋白编码区是从3406开始的(ATG),由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。说到这里,可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但 我还是再唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是猜测它 的大体位置,如果你要研究promoter区的话,建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究,一般默认 的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研究-1000 到 0 这一千个碱基,因为一般情况下, 启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人不是很多,但我个人比较喜欢,因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。

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