Pubmed及Endnote使用.ppt

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1、Pubmed及Endnote基本使用,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,Welcome to PubMed,使用帮助,检索词输入框,常用工具,更多服务,PubMed基本检索,自由词检索 在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。 例如：检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成M

2、eSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer” 将自动转换为： neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields,PubMed基本检索,布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等,逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B,逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NOT B,逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR B,PubMed基本检索,截词检索 截词检索的

3、作用：扩大检索范围，提高查全率。 截词符： 用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。,PubMed基本检索,强制检索功能 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。 如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检

4、索表达式为：single AND cell. 很明显这样的检索结果是不符号要求的。,主题词MeSH检索,医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索 方法: 1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面； 2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词； 3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词； 4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口； 5、点击Search PubMed将显示检索结果。,主题词MeSH检索,主题词数据库 在PubMed首 页导航栏的右 下角,主题词数据

5、库,主题词MeSH检索,输入普通词 查找对应主题词,MeSH,主题词检索可 以指导用户高 质量地检索医 学文献,主题词MeSH检索,一般一个主题 词还要配合一 个副主题词进 行组合检索,选择副主题词,Search Box with AND,主题词MeSH检索,点Sent to 将 检索词添加到 检索表达式浏 览窗口,主题词MeSH检索,Search PubMed,主题词检索可 以达到比较满 意的查全率和 查准率,主题词MeSH检索,主题词检索是 在有主题标引 的Medline数 据库中检索,主题词检索结果,主题词MeSH检索,普通词不是规 范化的主题词 检索结果相关 度低,普通词检索结果,Pu

6、bMed全文获取,通过PubMed检索出来的文献，部分我们通过浏览摘要即可，部分我们还需要查看全文，以作进一步的研究，那么，我们如何获取全文呢？ 一：免费的全文,PubMed全文获取,PubMed收录 的文献大约有 5%是免费的 可以直接打开 全文,免费全文可直接打开,PubMed全文获取,打开PDF全文,免费的全文并 不代表学术价 值低，大部分 的生命科学的 全文都是免费 的,百度、google检索小技巧 输入 表面活性剂 filetype:ppt filetype:doc,PubMed全文获取,二：学校已订购的全文 如果我们所需要的文献，学校已订购了该文献所在的全文型数据库，我们也可以直接

7、打开或到相应的全文数据库中查找。,Wiley(J Pharm Sci)；Ingenta；Nature,PubMed全文获取,SpringerLink 和EBSCO等外 文全文库，一 般学校也有订 购,学校已订购,PubMed全文获取,学校未订购的 全文，如果不 是免费的，一 般需要付费,学校未订购,参考文献管理软件 Endnote NoteExpress,提纲,Endnote 基本原理 建立文献数据库（library） 文献管理 撰写文章时插入参考文献,科研信息管理工具 Endnote X4,一、Endnote基本原理,科研信息管理工具 Endnote X4,文献使用过程中的常见问题： 诸多文

8、献从不同数据库重复下载 文献存放混乱，难以很快找到需要的文献 写论文时，文后参考文献的编写非常繁琐 多次投稿时，要反复修改参考文献格式 ,个人专题文献数据库Library *.enl,Filter,Filter,一、Endnote基本原理,图表,文章标题,期刊名,文摘,出版时间,关键词,读书笔记,全文,作者,群组管理,Endnote 管理界面,三、建立Endnote文献数据库,3.0 新建一个Library 3.1 手工录入文献 3.2 PDF文件导入和PDF文件夹导入 3.3 利用网络插件导入 3.4 网络数据库检索结果导入 3.5 Google scholar导入 3.6 在线检索 3.7

9、 全文查找与关联,科研信息管理工具 Endnote X4,3.0 新建一个专题库library,创建一个新的数据库,Endnote专题文献库的建立,将数据库命名 存放在某个合适的文件夹下,Endnote专题文献库的建立,已经建立了一个 “data mining” 专题数据库,Endnote专题数据库的界面,分组窗口,文献显示窗口,文献预览和检索窗口,3.1文献导入-手工导入,科研信息管理工具 Endnote X4,3.2 文献导入-单个PDF文件导入,科研信息管理工具 Endnote X4,3.2 文献导入-PDF 文件夹导入,科研信息管理工具 Endnote X4,PDF导入的条件,必须是P

10、DF文档 PDF中必须有DOI（数字对象标识）号 必须有网络条件（www.CrossRef.org）,科研信息管理工具 Endnote X4,3.3文献导入-网络数据库导入,Web of science Elsevier Springer(Kluwer) wiley(blackwell) Science Nature CNKI(text translation : UTF-8) VIP(text translation : GB2312),科研信息管理工具 Endnote X4,Endnote 文献导入方法（ISI Web of knowledge平台）,Endnote 文献导入方法（ISI

11、Web of knowledge平台）,选择文献,Endnote 文献导入方法（ISI Web of knowledge平台）,选择数据库,Endnote 文献导入方法（ISI Web of knowledge平台）,选择数据库,所选择的6篇文献 批量导入Endnote中,Endnote 文献导入方法（CNKI中文）,由网址进入,Endnote 文献导入方法（CNKI中文）,保存文件,Endnote 文献导入方法（CNKI中文）,打开已保存的txt文件,Endnote 文献导入方法（CNKI中文）,3.4 导入文献Google Scholar,3.6 文献导入-Endnote内部在线检索,科研

12、信息管理工具 Endnote X4,3.7. 全文文献的在线下载,选择文献,点此找全文,3.7 全文文献的在线下载,能够找到全文的文章在此会有显示,有标识的文献代表已将全文文章下载并链接在此处，可以直接打开全文 无标识的文献提供的是全文的URL地址，可以打开链接地址看全文,3. 7全文、图片等资料的关联,选择文献可以添加附件,选择本地贮存的文件就可以链接附件，共可链接45个不同类型的文件,3. 7全文、图片等资料的关联,选择文献打开添加图片,选择要添加的图片,3. 7全文、图片等资料的关联,点此添加图片， 一条文献只能添加一张图片,提纲,Endnote基本原理 Endnote下载安装 建立文献

13、数据库（library） 文献管理 撰写文章时插入参考文献,科研信息管理工具 Endnote X4,四、文献管理,迅速编辑功能 查重：可以对查重的文献进行复制、粘贴、保存 分组：有两级目录，可通过组合已有组创建新组 检索：多个字段，包括PDF 找全文,科研信息管理工具 Endnote X4,Endnote X4 的新功能,4.1 增加了迅速编辑的功能,快速编辑栏,Endnote X4 的新功能,4.1 增加了迅速编辑的功能,可以在这里直接编辑,鼠标在修改文献外可以直接保存,Endnote X4 的新功能,4.2 增加了查重文献时的编辑功能,Endnote X4 的新功能,4.3 增加了全文检索

14、的功能,可以对PDF进行全文检索,提纲,Endnote基本原理 Endnote下载安装 建立文献数据库（library） 文献管理 撰写文章时插入参考文献,科研信息管理工具 Endnote X4,五、撰写文章时插入参考文献,选择参考文献 在文中插入 选择参考文献格式style 保存副本 去掉代码,科研信息管理工具 Endnote X4,EndNote X4 工具列功能说明:,Citations 部份 : 点击Insert Citation 会出现以下选项:,查找Endnote中的文献,插入注释( Numbered),把EndNote library 中所选文献 插入 Word 文档,查找End

15、note中的图表,66,Citations 部份(续) :,返回或打开EndNote library,编辑Word 文档中的引文,通常用于删除引文及其參考文献,修改编辑 EndNote 中相应参考文献, 但第一作者和年代不可修改,67,Bibliography 部份 :,根据刊名选择参考文献格式,更新参考文献格式,68,Bibliography 部份(续) :,点击 Convert Citations and Bibliography 会出現以下选项 :,会取消 Word 文档中已格式化的 参考文献只剩引文,可另选 Output Style 后点击Update Citations and Bi

16、bliography 更新引文与参考文献格式,投稿时去掉Endnote代码,Word 2007功能,69,Endnote X4 的新功能,创建文中引用和文后参考文献的关联,Endnote X4 的新功能,5.1 创建文中引用和文后参考文献的关联,产生了和文后参考文献对应的链接,Endnote X4 的新功能,5.2 扩展编辑引用的功能,可以对文献引用进行编辑,工具可以对引用文献格式化或导出,Endnote X4 的新功能,5.3 在endnote中产生word引用的临时组,引用了文献,产生临时组,Endnote X4 的新功能,5.4 在导出文献库中识别word的引用,导出traveling library文献库,Endnote X4 的新功能,5.5 在导出文献库中识别word的引用,在导出的文献库中可以显示word的引用,荷兰医学文摘,