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1、Topos4.0分析拓扑简单流程-ZIF-8为例打开topos4.0软件，在database里，点击“import”出现下面对话框，找到zif-8.cif文件,点击 “打开”出现下面对话框：“文件名”输入任意名字（如zif-8）, “打开”，出现确认对话框,点击“ yes”.用户代码 输入“ 1”，点击“OK”,文件导入完成，可以进行分析。瀬 C: Docuents and Sett ingsAdinist rat or0ZIF-8zif-8CompoiojsC48H84N24O12Zn6首先，运行“ IsoCryst出现新的界面，点击“ Draw structure”.为便于分析金属 zn
2、原子的配位情况，可以左键点击任一个金属 Zn 原子，此时，选中的金 属原子为黄色，工具栏中的“show selection only”出按钮也由灰色（不可选）变为黄色高亮显示，点击，只有该金属原子显示在图中。图中任意空白处点击右键，取消选择，金属原子颜色恢复点击“growing structure”&按钮，即显示与该金属原子配位的所有原子（该示例中均为N 原子）， Zn 为 4-配位， 4-连接节点。继续点击，3D结构显示。同样地，每个咪唑配体为2-连接节点。ZIF-8为高对称性结构，每个金属原子均为4-配位，4-连接节点，每个咪唑为桥连配体， 2-连接节点。因此，上面的检查已经结束，可以进下
3、一第二步，运行 auto CN，点击图标，出现对话框点击 option 选项，点击 matrix默认选择的“Spec.Cont.”和“vdW Cont”这2项不要，把前面的勾点掉，不选，然后OK。AutoCN:C: Docuents and Sett ingsAdinist rat or桌面ZIF-8zif-8Rata Options Run Cane el QuitH51000016505口H610000111503口H7100001y2021H810000184020H9100001S2111H1010000172021Hll10000173031H12100001y1020Hl 3100
4、00143021H1410000174011Hl 5100001.510001H163000032532口H1720000280121Cl3000H1C1W1102021C23000C1N2103012C37000H6C1口261口Ml3000C2Znly5021016000H6y006口023000H20104021036000Hb63600045000H4017300.5054000H30173022063000H33500307S000H60212442208y000H60300630Znl4000W44044口Elaps已直 time: 1.41 已已u.点击run。第三步， run
5、ADS。图标，出现ADS:C: Docu*ents and SettingsAdinistrator桌面ZIF-8zif-8点击run，ADS:C:Docuaents and SettingsAdAinistratorZIF-8zif8Data Options Rixrt Caitcel Image QuitConfirm区n Create database U:Documentw and SettingsVAdmini stratorZIF-8zi f-8_c?yes”Enter your user code输入“1”按下 ctrl 键，二莖二J恥 |Zn（1）0.511000 O.llOL
6、lOll 0.250001.0004同时左键点击Zn原子，Zn原子被选中，高亮显示。点击“OK”即可进行拓扑结果分析。结果查看：点击program，每一步的运行结果均在其中，选则ADS的结果?oint. i：5chlaf 1 i ：i syiiitiol for net.: 4A2 6A44-c ne t; i.uiinodal 口已匸ropological typi已：sod/SUD; 4/4/cl; sqc97U i： topos&RCSR. ttd：i 4A2. 6A4 - VS 4. 4. 6. 6. 6.6（70650 typ已；s in 10 dat；al：ias已s：ilapsed tine: 4.62 sec.或者，在存放文件夹下，找到.ado文件可直接打开查看结果。到此，整个流程结束，对于简单结构，基本全部选择默认的（default）选项即可完成。需要注意一下，autoCN中，我们取消了 “Spec.Cont.”和“vdW Cont”这2项，他们对应的 分别是特殊相互作用和范德华相互作用（即弱的相互作用），在对一些氢键网络分析拓扑时 需要用到。而且，这种情况下，没办法画出最后的拓扑图，我们没有生成拓扑文件。需要用 topos 作图的话，可以进行如下操作：ADS中，点击option选项，选中“save simplified net”，点击OK。然后重复上面的操作。
Topos40分析拓扑简单流程
