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1、RNA甲醛变性胶电泳提取样品的总RNA后，一般根据RNA的凝胶电泳图来判断RNA的质量。由于RNA 容易形成二级结构，因此常用甲醛变性胶来进行RNA电泳，得到的电泳图能真实 反映RNA的质量状况。一、试剂：DEPC（Sigma 公司产品），MOPs（Bocherigmer 公司产品），甲酰胺（Formamide， Sigma 公司产品），漠酚蓝（Bromphenol Blue，Sigma 公司产品）。EDTA-Na， 氢氧化钠，醋酸钠，甲醛，甘油，分析纯，国产。2二、试剂配制：1、DEPC水的处理：用量筒量取去离子水2L，在通风橱中，加入2ml DEPC到2 升去离子水中，终浓度为0.1%的D
2、EPC。迅速盖上盖子，混匀，然后放在摇床中 中速摇荡至少4hr，再高压灭菌。灭菌时将瓶盖松开，15磅灭菌20min。2、10 X FA BufferCformaldehyde agarose buffer： 200 mM 的 MOPs， 50 mM 的 NaAc，10 mM 的 EDTA）:配制 500ml，称取 3.4g NaAC3H O 放入 1000ml 烧杯 中，加入400ml DEPC处理过的去离子水，加入搅拌子，放在磁力搅拌器上溶解。 然后加入20.9g MOPs，放在磁力搅拌器上溶解。再加1.86g EDTA二水二钠，放 在磁力搅拌器上溶解。用1M灭过菌的NaOH调PH至7.0
3、（约用NaOH 40ml ）， 用DEPC处理过的去离子水定容至500ml，装入棕色瓶中，写好标签，室温避光 保存。4、 5 X甲醛变性胶加样缓冲液（5Xloading buffer）：配制10ml。预先配 制水饱和的漠酚蓝溶液：在1.5ml离心管中加入约0.1mg漠酚蓝，加入1ml DEPC 水溶解，充分振荡溶解，离心，可见离心管底部有漠酚蓝粉末剩余，上层液体即 水饱和的漠酚蓝液。在15ml灭菌离心管中，依次加入以下各种成分：4.0ml 10 X FA buffer3.1ml甲酰胺2.0ml 100%的甘油720ul 37%的甲醛80ul0.5M 的 EDTA （PH 8.0）16ul水饱和
4、的漠酚蓝100ul DEPC 水混匀，分装，-20C保存，常用放4，C保存。5、1X 甲醛变性胶电泳缓冲液（IXrunning buffer） : 20 ml 10XFA gel buffer， 4.0 ml 37%的甲醛，176 ml水，放入电泳槽中使用，一般在3次电泳结束后需 更换此电泳缓冲液。6、1.2%的甲醛变性胶：称0.4克琼脂糖，加入3.34 ml 10XFA gel buffer, 加入30 ml DEPC水，微波炉融化，肉眼观察无颗粒状悬浮物。冷却至约50-60C, 再加入600 l甲醛，倒入7.5X5.0cm的凝胶模具中。插入合适长度和宽度的梳 子，室温放置约30min后即可
5、使用。三、实验方法一般取0.3 g的总RNA,加入1/5体积的5X加样缓冲液，65C加热5 min，冰 上骤冷，以消除RNA的二级结构。建议上样前在RNA样品中加入0.5-1.0 ul的 漠化乙锭(EtBr，浓度1.0mg/mL)，而不在胶中加EtBr，这样电泳后的背景较 低。配好的1.2%的甲醛变性胶先在1X甲醛变性胶电泳缓冲液中预电泳15min。RNA样品在5-10 V/cm的电压降下电泳30min。图1是我们实验室用以上方法检 测酵母总RNA的电泳图。图1酵母total RNA的甲醛变性胶电泳。1，酵母total RNA (0.3 g)； 2，酵 母 total RNA (0.5 g)； 3，RNA Marker (0.2 g)。RNA 的质量判断标准是有清 晰的26S，18S条带，无降解，且肉眼观察26S条带亮度约是18S的1-2倍。
RNA变性胶电泳
