怎样查找一个基因的启动子区域
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1、怎样查找一个基因的启动子区域1. 将NCBI中想要查找的基因界面打开。2. 查找并点击seerelated中Ensemble:区域;:NPPAnatriureticpeptideprecursorAHomosapiensID:487BimaryOfficialSymbolNPPAOfficialFullNamenatriureticpeptideprecursorAPriinaiysourceHGNC:7939SeerelatedEnsembl:ENSG00000175206:HPRD:00164:MIM:10S7S0GenetypeproieiricodingRefSeqstatusREVI
2、EWED3.点击左上角sequence区域;4.这时右下角会出来一堆序列,红色字母区域为外显子,外显子前面的即为启动子,但是其默认值为600bp,一般的启动子长为3000-5000。所以我们现在要点击基因左边configurethispage区域。1PersonalannotationTIDHistory*G巳riBhi吕t(ny野ConfigurethispageI?ManageyourdataTHISSTYLE:LocationofENSGlili:lili1752E6exonsTHISSTYLE:LocationofEneemblexonsB|Exportda1aiBookmarkthi
3、spage4BLA5TthissequenceehrOTnDSQwe:GR匚打了了:1:Liga5i6&!usagaoz:-LTGGGCTACagtactggt匚丁ctcJlGCccttcaaatttagagttttcccccagtatacGTTt?CATT&lkTGGTAATGGCTlkCACTOAGTTC虫GTGCTT盘XAAACITOCCkTPCATTA1ACATAGkCkGACTTGCTGCCTGTTATTTCCCTTTTGGGWCCAGGGIAATT-jTGACCTTGGTGGCTCGGTCACTTGCC1CTTGCCACGTCCTCIGGGAAGGATGTAGAJlGGCATTGA
4、GGGAJlACTGACTXTJlCiZTi二匚T丁匚JL匚匸匸匸匸A匚匸T匚匸匚丁T匸匸丁匚匸XTCGGTCRJLGTTG匸匚ACGGGCXCAAGCCCAGGAAGGG匚JLUGGGGATGTTJLACAAACTTCAGACACGAAGAUTCTOAGCATCTATAlkCiJCAACGGAi5AAkTGAkATTGGCTGCGTCCTCTAAGCCTGTX:CCCGCAGC1TGCTGOkGGIGGGTCGCGGGGGICATCGAaGAGGAGGAGCTTTCGAGAGAGjAPCtCTTGTGCTCCCCCGCCTTTTCTTGCTATTCTATTTGGGGGTGCATTCCTGGG
5、AGCTTCATCACATTTGGTTCTCJ1&ZTCACTTTkTATACTJlXAAAArAACFTCCTTTCG匚匚TCkCCATGGJiGkGGGACTlrCCAGi&GIrTfiJUlGiGCAiSCCCTGTCT冏同G社U石血GtHXTGCCCfiCGTG&CGmTG处thelefthandsideaf1hepage.Toreturntaviewinggenelevelinformationclickon1heLMarked-up专AGGCAG&T&TSA&GCCAGC11GA&CATCrGGATCCAT!T&TCTCGGGCTS-CTGGCTGCCTGCCATTrCCTCCTC
6、TCCACCCTTATTTGGAGCCCCTOACAGCTEAGCCACAAACAAACCAGCGCAGCTGGSCACCAGCCAikGCCTCACCCrCTGTITCCCCGCACGGGIACCAGCCTCGikfT皿GGCGGTGAGATAiCCOGGJLCTCTTTTT:rACTCTTCTCl5.出现一个新的框框,修改5flankingsequence的值,一般取3000至5000,点击右上角的saveandclose键。6.这时会出来原来可见的序列,但是有变化。但是可见启动子和外显子的地方。“gippoitii町evM曲比eMarked-upsequenceTHISSTYLE:;_o
7、catonofENSGOD000175206exonsTHISSTYLE:LocationofEnsemblexonschrnmosoKiP:GRCh37:1:11905166:11909002:-1默认的-eoobp启动卡第一个一外显子TGGGCTACAGTACTGGTCTCTCAGCCCrTCAAATTTAGAGTTTTCCCCCAGTATACGTTGCATTGAATGGTAATGGCTAkCACTGAGTTCAGTGCTTAGCAAi.CAGGCCATTCATTj!AACATAGACAGACTTGCTGCCTGTTATTTCCCTTTTGGGGGCCAGGGAAATTGTGACCTTGG
8、TGGCTCGGTCACTTGCCACTTGCCACGTCCTCAGGGAAGGiTGTAGAAGGCATTGAGGGAAACTGACTATACCTCCTTCACCCCCACCTCCCTTCCTCCATCGGTCAA.GTTGCCACGGGCACAAGCCCkGGAAGGGCAGGGGGArGTTkACAAACTrCAGACACGjlAGAGTCTGAGCjiTCTATAAACAGCAACGGAAGAAkTGAkATTGGCTGCGTCCTCTAk:3CCTGTCCCCGCAGCATGCTGGAGGAGGGTCGCGGGGGACArGGAkGAGJAGGAGCTTTGGAGAGAGGATGCT
9、TGTGCTCCCCCGCCTTTTCTTGCTkTTTCT虫TTTGGGGGTTGGATTCCTG-3GAGCTTCATCACATTTGGTTCTCAGCTACTTTkTATkCTAkAAAATAACTTCCTTTCGCCTGACCATGGjiGAGGGACTGCCAeG>GAA&GCAGCCCTGTCTGAGGCCAGAGGTCTGCCCACGTGGCGGATGAGGCAGGTGTGAGGCCAGCrTGAGCATCTGGATCCATTTGTCTCGGGCTGCTGGCTGCCTGCCATTTCCTCCrCTCCACCCfTAITr&GAGBCCCTGACAGCTGAfiCCfiCAAACAAACCAGGGGAeCTGCGCACCAGCCAAGCBICACCCTCTGrTTCCCCGCaCGGGrACCAGCGTCGAGGAliAAAKAATCCTliAG&CACiliCGTUAGAIAACCAAGGACTCTTTT1TACTClTCTCA7.上面所示框框就是启动子区域。
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