中心NAMD使用指南

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1、中心NAMD使用指南1、以下内容中hpc-user表示用户已开通的高性能帐号；login node表示不同分区登录 节点；2、在编译节点也可以提交任务；3、文件及文件夹命名方式仅供参考；4、在作业提交之前，建议使用者熟悉Linux操作的几个常用命令（例如：vi或vim、cd、 mkdir、ls、pwd 等）和 NAMD 建模。一、作业提交1、在电脑上用Xshell客户端（或其他类似软件）登陆高性能账号，若不知道自己的高性能帐号在哪个分区，登陆帐号以后输入：pwd，可以看到如下图，home-后面的就是高性能帐号所在的分区（图中为GG分区）：nsggl82_LZ(0gcn02 pwd /home-

2、g/use rs/nsggl82_LZ nsgglS2_LZ(ffigcn02 : 2、如需直接提交作业，在高性能账号下创建放计算任务的文件夹test/NAMD/apoa1（该名称可以根据自己习惯命名）：hpc-userlogin node: mkdir -p test/NAMD/apoa1 3、用FTP工具登录高性能帐号，将计算所需的输入文件通过XFTP上传至账号目录 下 test/NAMD/apoa1 ：/tes-t/NAM D/a poa 1aposl.pdbpar.allSS.prQtJipid.Kplorram12.S6ME6.T7ME152KB794 Bytes450 EyteEP

3、F文祥Prcrtei n D.XPLORS.NAMD 文“XPLORS. 4 、切换至 Xshell 界面，进入算例文件夹中：hpc-userlogin node: cd test/NAMD/apoal5、创建或拷贝提交作业的脚本文件namd-2.10_GG.lsf （也可在Windows系统写好以后用FTP工具上传；现以GG分区直接从公共目录中拷贝为例），G分区NADM软 件脚本的路径在/home-gg/soft/jobscripts/中。先查看脚本是否存在，图中 namd-2.10_GG.lsf即为所需脚本（其他版本无法跨节点）：n5ywl45_QLLycn26 $ Is /home-yw

4、/soft/jobscripts/Gaussian &9D31 If ASPS. Lgromacs-SLSYW.lsf I namd-2. IftYW.lsf nwchem-6.6 YW. IsfMOLPROcp2k-6. l YW.lsflaranps -2SieMarl6_YW. Lsf世一 11怡* LmI qe-6. 2_YW.lEfMSgromac5-2018.4_VW.L5f Iaimp5-219Aug&7_YW.Lsf namd-2.12_W.Lsf wrf-4.S_YW.Lsfnsywl45_QLLycn26、$ 6、采用您最熟悉的方式将上述脚本拷贝至需要提交任务的文件夹中（注

5、意 cp 后、./前 有空格）：nsggl32_LZgcn2:/test/NAMD/apoil cp /home - gg/s-oft/jobscripts/fMffld-Z . l&_GCi. 1 si J 7 、修改模板脚本：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 vi namd-2.10_GG.lsf8、输入字母“i”进入编辑模式。脚本内容如下，部分内容需要根据情况进行修改:1、APP_NAME=intelG_mid为提交作业计算的队列，不同的分区、不同的核数所使 用的队列不相同，参见各分区提交作业脚本及队列说明；2、NP=12为计算该作业设置的核数，可以

6、根据任务的需要进行修改。除FN分区外， 其他分区每个节点12核（FN分区32核），需要跨节点并行时，建议使用12的多倍 值（新节点除外）；3、为输入、输出文件名，要修改为需计算任务的名称。#!/bin/bashAPP_NAME=intelG_midNP=12NP_PER_NODE=12RUN=RAWCURDIR=$PWDsource /home-gg/soft/envdir/namd-2.10.shmpirun -np $NP namd2 9、按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。 10、将脚本文件转换为UNIX格式（如从Windows系统上传的话必须要转换，不然提 交作业时

7、会报错；若直接拷贝公共目录中的脚本，并在Linux环境中进行修改，则可以 省略步骤10、11。若提交作业的脚本名称不为namd-2.10_GG.lsf，则需要修改为对应 的脚本名称）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 dos2unix namd-2.10_GG.lsf 11 、赋予脚本文件可执行权限：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 chmod +x namd-2.10_GG.lsf12、用 bsub 命令提交作业脚本：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 bsub namd-2.10

8、_GG.lsfn5gg!82_LZ(ffigcn02 : rj-/test/NAMD/apoal bsub namd-2.10 GG . lsf lob is submitted to queue . 13、如果提交正确，则会出现如下内容（其中Job后面的数字为：JoblD，每个任务 的JobID不一样，可根据JobID查看该任务情况，出问题时，请及时告知JobID，保 留计算的输出文件）：Job is submi tted to queue . 14、查看任务是否计算完成，可以使用bjobs命令（当出现：Done successfully. The CPU time used is xxxx

9、 seconds 说明计算结束）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1 bjobs -l, UserF 曲ProjflttJ. ApplicaticnStatustOQNE?,电lob Friority 7日” Comnand n -2,10 dG6,1 sF pr-upg hostCW dH0ME/test/WfiHD/ipo?)?,.File h/h-gg/-v/nE/5-(/Notifyjd ends f 24s Req ueited,esovrce-t c；2日2 0：on 24 Hosts/Procei t Ex-ecut ion- tkme , T

10、wee vti02fl: likinc succvisfully The CPU time-is 10?&,5 15、任务计算结束后，可以查看输出文件，检查任务是否计算成功（作业脚本中指定 的输出文件）：hpc-userlogin node:/test/NAMD/apoa1tail 16、如果计算成功，在输出文件的最后会出现如下部分：rtlglSi_L!cri&5 z*/t：il t - loMRITIM EXTEMGED SYSTEM TO (MJTPOT FILE AF STEP 50& HRlrt |二、短时间使用软件相关命令 1 、 NAMD 软件安装完成后会生成如下可执行文件moft

11、t es tgggq c n03: /hoine- gg/so ft/ pac ka ged i r/ namd -2 pd rail el/lhAMD_2. l&_5ou rce/Linu k- Jt36_&i- g-H-： 1弓Lie Make, con fig Make .dBpoiid 占 Haksfilobj ipluginssbsresofttestgggg c mQ3: / hoine- gg/so ft/pac ka ged i r/ nard - 2.10- pa rail el/ kAMD_2. lOou rce/Linu 旷囂06_弘-g十+注 | 2 、若需直接使用 N

12、AMD 软件的可执行文件进行短时间文件处理或操作，必须进入编 译节点，进入编译节点方式及IP地址详见各分区编译节点，请选择相应分区的编译节 点：ssh +编译节点IP/名称。3、需把脚本中关于NAMD的环境变量拷贝/添加至账号的/.bashrc文件下即可（以GG 分区为例，添加/home-gg/soft/envdir/namd-2.10.sh）：hpc-usercompiling node:/test/NAMD/apoa1 vim /.bashrctest S / alias S& alias | | true export LANG=zh_匚W.UTFLAJK-CSOUP1 匚合 /home gg/soft/s-nvdir/n-amd -営h 4、按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。 5、需要执行source /.bashrc，才能使其生效（若已经添加，贝0不用再添加，直接进 入编译节点进行操作即可）。 6、即可进行短时间文件处理或操作。