微生物的分类与鉴定学习教案

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1、微生物的分类微生物的分类(fn li)与鉴定与鉴定第一页，共38页。Chap.11 微生物的分类(fn li)和鉴定 微生物分类学（microbial taxonomy） 分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编 排在一定的分类单元(dnyun)中，制定出检索表。 鉴定：运用现代分类系统，通过具体(jt)菌株描述，给 未知物一个具体(jt)的分类位置。命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个 新的学名。第1页/共38页第二页，共38页。 （一）种的概念(ginin) 种(species)：微生物的基本分类单位，具有(jyu)许多共 同特征的菌株的集合。 典型(dinxng)菌株（t

2、ype strain） 模式种（type species） 亚种 型、菌株.1 通用分类单元第2页/共38页第三页，共38页。细菌新种发表的要求1）在IJSB上发表2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获 有效目录公布3）提供(tgng)模式种4）符合命名法规要求5）符合优先律第3页/共38页第四页，共38页。菌种保藏中心与菌种目录ATCC：美国(mi u)典型菌种保藏中心CCTCC：中国典型菌种保藏中心：-下设：CCGMC、ACCC、CICC、 CMCC等6个中心-菌种目录及菌种保藏和购买第4页/共38页第五页，共38页。二、学名的命名(mng mng)及有关法规 双名法：Bacillus

3、subtilis三名法： Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus 名字的应用(yngyng)： Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacillus spp.缩写：B . subtilis第5页/共38页第六页，共38页。.2 微生物在生物界的地位(dwi) 五界系统： 第6页/共38页第七页，共38页。 三域学说(xu shu)第7页/共38页第八页，共38页。第8页/共38页第九页，共38页。 真核生物起源(qyun)的内共生学说 第9页

4、/共38页第十页，共38页。 古细菌生物学特征(tzhng)： 第10页/共38页第十一页，共38页。 .3 各大类微生物的分类系统(xtng)纲要 一、细菌、古生菌分类(fn li)系统纲要 Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy1,2版 Bergeys Manual of Determinative Bacterialogy 19版 1.古生菌：系统手册 （二版） 原核(yun h)生物 -古生菌界（2门63属208种） -泉古生菌门 -广古生菌门 -细菌界第11页/共38页第十二页，共38页。第12页/共38页第十三页，共38页。2.细菌的分类

5、系统手册 （一版，19841989年，共4卷） 卷 类型(lixng) 群（Section） 主要代表 Vol. 1 G- 111 section 肠杆菌，假单孢菌， Vol. 2 G+ 1217 section 芽孢杆菌，梭菌， Vol. 3 古生菌等 1825 section 甲烷菌，嗜盐菌， 光合细菌 Vol. 4 产孢放线菌 2633 section 链霉菌 第13页/共38页第十四页，共38页。Bergeys Manual of Systematic Bacteriology ( 2 ed)Vol .1: The Archaea & the Deeply Branching & Ph

6、ototrophic Bacteria, ( 2001) Vol. 2: Proteobacteria( 2004) Vol.3: The Low G+C Gram Positives ( 2000) Vol.4: The High G+C Gram Positives( 2000) Vol. 5 The Planctomycetes, Spirochetes, Fibrobacters, Bacteriods & Fusobacteria ( 2001) 第14页/共38页第十五页，共38页。3.真菌（Fungi）的分类(fn li)系统Ainsworth系统 The fungi , Ain

7、sworth, 1973 Ainsworth and Bisbys Dictionary of the Fungi -7版，1983年，Hawksworth -8版，1995年， Hawksworth第15页/共38页第十六页，共38页。书355第16页/共38页第十七页，共38页。第17页/共38页第十八页，共38页。 一、经典分类鉴定方法(fngf)（生理生化为主，形态为辅） 通常(tngchng)指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、 生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标） 第18页/共38页第十九页，共38页。传统分类的细菌(xjn)鉴定程序第19页/共38页第二十页，共38

8、页。细菌自动鉴定(jindng)系统API数值鉴定(jindng)系统BBL鉴定(jindng)系统Biolog鉴定(jindng)系统程序(chngx)：1、辅助特征2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描 自动鉴定打印结果第20页/共38页第二十一页，共38页。第21页/共38页第二十二页，共38页。二、现代分类鉴定(jindng)方法细菌(xjn)化石第22页/共38页第二十三页，共38页。 二、现代分类鉴定(jindng)方法 1微生物遗传型的鉴定(jindng) （1）DNA碱基比例(bl)的测定 （G+C）mol%： (G+C)mol%值只能做否定判断； （G+C）mol%值差别5

9、，属不同的种； 差别10，属不同的属。 （2） 核酸分子杂交法第23页/共38页第二十四页，共38页。 DNA-DNA分子(fnz)杂交原理：DNA分子(fnz)解链的 可逆性和碱基配对的专一性。 第24页/共38页第二十五页，共38页。 DNA-DNA杂交(zjio)（固相杂交(zjio)法） 单链DNA（待测菌株） 转硝酸纤维素膜 加入(jir)放射性标志参照菌DNA（单链） 洗去未杂交DNA 闪烁计数器计数测定放射强度第25页/共38页第二十六页，共38页。结论： 1. DNA同源性 60% （同种(tn zhn)） 2. DNA同源性 70% （同亚种） 3. DNA同源性60 70%

10、 （不同亚种） 4. DNA同源性20 60% （同属）第26页/共38页第二十七页，共38页。16s rRNA作为细菌(xjn)进化的 计时器生物共有(n yu)的一定的信息量（1542个核苷酸）一定的保守性便于比较研究第27页/共38页第二十八页，共38页。 （4）16s rRNA核苷酸序列(xli)分析 DNA-PCR法 提取(tq)DNA PCR扩增16SrRNA PCR产物纯化分析 16SrRNA序列测定 递交Genbank检索第28页/共38页第二十九页，共38页。相似性结果的一般(ybn)判断：1. SAB95 % 同种2. SAB为8595% 同属(tn sh)3. SAB85

11、 % 不同属(tn sh)第29页/共38页第三十页，共38页。2细胞化学(huxu)组分的鉴定（放线菌）细胞结构 成分 壁 肽聚糖、化学组分 膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸） 甲基萘醌 全细胞 水解(shuji)糖类第30页/共38页第三十一页，共38页。1.细胞壁化学类型(lixng)（分为9种类型(lixng)） - 氨基(nj)酸：DAP（二氨基(nj)庚二酸） 、Gly、Lys、Asp、Orn -糖类：阿拉伯糖、半乳糖第31页/共38页第三十二页，共38页。（2）全细胞(xbo)水解液的糖型糖类型 特征(tzhng)糖类 A 半乳糖、阿拉伯糖、 B 马杜拉糖 C 无特征(tzhng)

12、糖类 D 木糖、阿拉伯糖 E 半乳糖第32页/共38页第三十三页，共38页。 3数值(shz)分类法（统计分类法） - 相似(xin s)系数的计算；（1）菌株选择(xunz)（OUT操作分类单位）（2）选择(xunz)实验项目（3）数字编码（4）计算机分析第33页/共38页第三十四页，共38页。 - 列出相似(xin s)度矩阵 第34页/共38页第三十五页，共38页。 - 将矩阵(j zhn)图转换成树状谱 第35页/共38页第三十六页，共38页。结果分析： 1. S （相似值）85% （同种） 2. S （相似值）65% （同属(tn sh)） 3. S （相似值）65% （亲缘关系较远） 第36页/共38页第三十七页，共38页。 数值(shz)分类法与传统分类法的比较 。 第37页/共38页第三十八页，共38页。