大豆灰斑病种质资源的特异性指数SI分析
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1、大豆灰斑病种质资源的特异性指数 (SI)分析作物种质资源是人类赖以生存的极为珍贵的农业遗产和自然资源,在农业生产上起着重要作用。作物种质资源对于现有品种的改良、选育适宜一定区域的推广品种以及具有专用价值的品种具有重要的意义。大豆起源于我国,有5000多年的栽培历史,经过长期自然和人工选择,积累了变异极为丰富的大豆种质资源。因此对大豆种质资源的分析与评价就显得非常重要。在种质资源分析方面,从最初的表观性状鉴定、生理生化标记,到现在的分子标记(RAPD、RFLP、AFLP、SSR、SNP等等),分析手段日益深入,对资源的评价与分析更为准确。但在资源的评价方面,目前主要采用的是遗传相似系数或遗传距离
2、。国内外研究者根据自己需要也提出了10多种相似系数算法,但这些算法只能对种质资源材料间的关系进行评价,而不能对资源材料本身的特征或特异性给出评价,为此提出特异性指数(Specialty Index,SI)。公式如下:CHEN Specialty Index(CHEN-SI) CHEN-SIi =(1 /(Nij / Mj)(i =1,2,3.m; j=1,2,3.n) m为材料总数;n为位点总数;CHEN-SIi 为第i份材料的特异性指数;Nij为第i份材料在j位点的等位基因类型在m个个体中的分布总数;Mj为第j位点存在的等位基因总数。Nij/Mj为第i份材料在j位点的等位基因类型在m个材料中
3、的分布总数占第j位点存在的等位基因总数的比例,为了特异性更为显著,将其取倒数再加和,结果越大越显著。对结果进行卡方分析(0.01和0.05两个水平)。本实验利用60对SSR引物对48份大豆灰斑病抗病种质资源的品种或品系进行了分析,并用平均遗传相似系数和特异性指数进行了比较。结果表明:特异性指数介于124.67-507.89之间,卡方检验达到显著水平。特异性指数最高的是春大豆,最低的是农大24991和东京1号。通过平均遗传相似系数和特异性指数的比较来看,二者是从两个不同的角度体现品种的遗传关系,平均遗传相似系数越低,特异性指数越高,平均遗传相似系数越高,特异性指数越低。材料的特异性指数越高,说明材料具有特异的等位基本或位点就越多,与其它品种或品系间的差异较大,这可以作为种质资源保留和评价的参考标准。关键词: 灰斑病 种质资源 特异性指数(SI)
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