医学信息检索第四章外文医学文献检索工具

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1、Medline 与 PubMed,第四章 外文医学文献检索工具,Medline & PubMed,Index Medcus(1879-2006) 印刷版 Medline(1969-) 国际联机DIALOG Medline(1983-) 光盘版 PubMed(1997-) 网络版,第一节 MEDLINE,一、概况 收录范围：1950年至今 美国国立医学图书馆(NLM) 世界权威的生物医学文献数据库 70多个国家的3700多种期刊（中国50种）内容涉及生物医学各个领域 网络检索入口多,一、 概况,3种索引： Index Medicus (医学索引) Index to Dental Literatu

2、re(牙科索引) International Nursing Index(国际护理索引) 除了不能进行分类和中文主题词途径检索外，其他与CBM(中国生物医学文献数据库)相似。,二、数据库结构 (数据库常用字段),TI：Title 篇名 AU：Authors 著者姓名 AD：Address 著者地址 SO：Source 文献出处（刊名，年卷期页） PY：Publication Year 出版年 AB：Abstract 文摘 PT：Publication Type 出版类型 MeSH: Medical Subject Headings 医学主题词,MJME： 主要主题词 MIME： 次要主题词 I

3、SSN: International Standard Serial Number 国际标准连续出版号 LA: Language of Article 文献语种 CP: Country of Publication 出版国 AN: Accession Number 登录号 UD: Update Code 更新号,二、数据库结构 (数据库常用字段),三、检索途径与方法,自由词检索（Searches） 索引词检索（Index） 主题词检索（Thesaurus） 字段检索（Specific Fields） 指定词检索（Add to Search） 主题词提示检索（Suggest）,基本检索,索引检索

4、,工具按钮栏,检索区,检索历史区,结果显示区,主题词检索,主题词提示,检索界面,指定词检索,其它功能,四、医学主题词表-MeSH,Medical Subject Headings 使用CBM、Medline、PubMed的指南 用于医学主题词的规范 由字顺表和树状结构表组成 主题词约2万个，副主题词83个 动态性,字顺表（Alphabetic List),按字顺排列 提供主题词、副主题词、分类号 注释及相关词 树状结构 部分词倒置，如KIDNEY FAILURE, ACUTE 帮助用户规范和了解主题词,主题词,树状结构号,注释与说明,相关检索词,副主题词,历史注释,树状结构,树状结构表（Tre

5、e Structrue ）,根据词义范畴和学科属性排列 16类（解剖学、生物、疾病) 较好的体现了词间的隶属、平行、派生关系 一个主题词可有多个树状结构号 帮助用户查找规范主题词,第二节 PubMed,1、主办单位 美国国立医学图书馆(NLM) 2、收录学科内容 主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2020/9/30,15,3、文献来源 全球70多个国家和

6、地区 近5000种生物医学期刊 涉及40多个语种 47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有著者撰写的英文文摘,2020/9/30,16,一、数据库概况,4、PubMed收录数据 MEDLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有 PubMed-indexed for MEDLINE OldMDENLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据，没有MeSH字段和摘要，每条记录标有 PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966,2020/9/30,17,一、数据库概况,4、PubMe

7、d收录数据 MEDLINE Inprocess 最新的MDENLINE尚未标引的处理中数据。每条记录标有PubMed-in process。 Not MEDLINE 是出版商提供的电子文献，PubMed 收录，而MDENLINE不收录的数据。每条记录标有PubMed-as supplied by publisher。,2020/9/30,18,一、数据库概况,2020/9/30,19,基本检索输入框,工具与资源：提供期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等,高级检索,5、主页介绍,数据库选择,2020/9/30,20,可以在检索栏中输入一个或多个检索词（空格=AND） 如：placen

8、ta growth oxygen 可以在检索栏中输入布尔逻辑运算式（运算符大写） 如：asthma AND (therapy OR treatment),二、基本检索规则,二、PubMed 基本检索规则,字段限定符： ，按词组匹配 如：Stem cell transplantationti 截词符：treat* 强迫短语检索符：“interleukin 2” 严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配和扩展检索，常用于词组和专有名词检索。,2020/9/30,21,二、PubMed 基本检索规则,自动转换匹配检索词： 对常用医学名词进行自动在规范词索引、文本词及所有记录字段中转换匹配。 renal

9、failure kidney failure MESH OR kidneyAll Field OR renal failure All Field,2020/9/30,22,二、PubMed 基本检索规则,自动扩展检索： 系统自动对主题词、副主题词扩展检索。 如：输入hypertension therapy，系统自动检索高血压的药物治疗（drug therapy）、饮食疗法(diet therapy),2020/9/30,23,二、PubMed 基本检索规则,著者检索(authors)： 姓全称在前，名缩写在后 加字段限定符 如： genbacev oau moore amau 2002年以后

10、的文章可以查著者全名 如：joshua lederberg au,2020/9/30,24,二、PubMed 基本检索规则,期刊检索（journals）： 刊名全称检索 new england journal of medicineso MEDLINE认可的标准刊名缩写检索 例：N Engl J Medso 国际标准期刊号检索 例：0028-4793so,2020/9/30,25,PubMed记录字段说明,2020/9/30,26,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,2020/

11、9/30,27,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,2020/9/30,28,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,2020/9/30,29,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电

12、子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,1、基本检索 2、高级检索 3、MeSH数据库检索 4、期刊检索 5、临床咨询,2020/9/30,30,三、检索方法,2020/9/30,31,综述,免费全文,输入多个检索词 placenta growth oxygen,2020/9/30,32,字段限定 stem cell transplantationti,202

13、0/9/30,33,stem cellti AND transplantationti,比空格多检出400篇,2020/9/30,34,输入renal failure,自动转换匹配检索词,2020/9/30,35,自动扩展检索,2020/9/30,36,著者检索 moore amau,2020/9/30,37,期刊检索: New england journal of medicineso,2、高级检索,在一个网页中集基本检索、检索历史、多栏复合检索、索引查询、逻辑算符选择、检索限制于一体 检索史中显示历次检索式、时间和检出篇数 多栏复合检索时，检索框中只能输入检索词，不能输入检索式 利用字段限

14、制和逻辑算符，构建复杂检索式,2020/9/30,39,检索历史（Search History） 以列表形式显示历次检索式、检索时间和检出篇数 Preview:系统不显示命中文献信息，而在History中直接显示检索式和检出篇数。,2020/9/30,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,检索式,检索时间,检出篇数,检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#17 AND therapy,2020/9/30,41,索引查询,栏间逻辑组配,查找Patrick Concannon于2009年发表在The New England Journal of Medicine上的综述。,多栏复合检索,concan

15、non p,栏内不能输算符，检索词间空格默认AND运算,检索限制(Limit),全文、免费全文、摘要限定 研究对象人/动物限制 性别限制 文献类型限制 语种限制 子文档限制 年龄限制,2020/9/30,42,2020/9/30,43,全文、免费全文、摘要限定,Limit 检索限制,研究对象 人/动物限定,语种限定,子文档限定,性别限定,年龄限定,文献类型限定,构建检索式,索引查询（Index）,2020/9/30,45,Details （检索的详细匹配过程） 显示检索词转换匹配运算详细过程 用途：转换、确定规范词 如：liver cancer liver neoplasms 修改检索策略,2

16、020/9/30,46,2020/9/30,47,检索明细,数据库匹配过程,检索词转换,显示用户输入的检索式,3、Mesh Database,确定规范化主题词 查看主题词词义注释 树状结构表 选择副主题词 扩展主题词 确定主要主题词检索（加权检索）,2020/9/30,48,进入 MeSH,检索实例1：,2006-09年有关舌根癌的治疗进展。 要求： 用MeSH Databse(主题词表选词)检索PubMed数据库，并用自由词检索09年以来发表的最新文献。,2020/9/30,50,课题：提示,舌根癌的不同表达形式： tongue base cancer、cancer/carcinoma/tu

17、mor of tongue base、cancer of the base of tongue 治疗包括：drug therapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation,2020/9/30,51,2020/9/30,52,2020/9/30,53,输入舌根的自由词检索式，与舌肿瘤治疗的检索式进行AND运算。,2020/9/30,54,初步结果，未限定年份,进入高级检索进一步限定,2020/9/30,55,2020/9/30,56,检索结果,4、 Journal database检索,通过输入刊名全称或缩写等 了解该刊基本情况 浏览期刊上发表的文

18、献 获得相关期刊信息 提供电子全文的超链按钮,2020/9/30,57,2020/9/30,58,期刊数据库检索,2020/9/30,59,输入待检期刊名,获得期刊详细信息,相关期刊链接,5、临床咨询（Clinical Queries),专门检索临床研究方面文献，可进行治疗、诊断、病因、预后及临床实践指南五个类目限制，并选择强调查全还是强调查准,2020/9/30,60,2020/9/30,61,查找系统评价（Systematic Reviews),五、其它服务,PubMed Central (PMC) Single Citation Matcher 生物信息数据库 OMIM Gene BLA

19、ST Genome 3D Domains,2020/9/30,62,Structure Taxonomy Nucleotide Protein Bookshelf,进入PubMed Centre,下拉主页滚动条至低,PMC首页进入高级检索,2020/9/30,64,查找肾衰竭的药物疗法,2020/9/30,65,全文链接,六、检索结果输出,显示检索结果 全文获取 保存检索结果 保存检索策略,2020/9/30,66,显示字段选择（Display）,Summary：标题、著者、出处、ID号 Abstract: 来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要、

20、MeSH词等 。 MEDLINE: （最完整，有标识符）,2020/9/30,67,2020/9/30,68,显示格式选择,显示格式（Display Settings）,点击标题显示文摘增强格式,排序方式选择,6篇有免费全文,2020/9/30,69,文摘增强格式,相关论文,论文涉及的MeSH词，文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,收费全文链接，我校订购的数据库可链出全文,其他相关的网上免费医学指南信息,下载全文,2020/9/30,71,输出方式(Send to),输出方式选择,输出方式选择（send to）,File：保存检索结果 Clipboard: 剪贴板，多次检索，可暂存每次

21、检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时 Email: 通过邮件发送 Collections：将检索结果送至My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费,2020/9/30,72,Medline与PubMed的区别,收录范围不同 数据更新周期不同 检索功能的区别 Pubmed带有网络链接功能 检索结果输出方式的区别 Pubmed部分带有全文链接,其它外文检索工具,IM(Index Medicus)Medline,PubMed BA(Biological Abstracts)Biosis Previews CA(Cemical Abstracts)SciFi

22、nder Scholar EM(Excerpta Medica)EMBase SCI(Science Citation Index)Web of Science, Web of Knowledge,BIOSIS Previews,由美国生物科学信息服务社（BIOSIS）创建 是世界上最大最完整的关于生命科学的权威文摘索引数据库 内容涉及生物学、医学、药理学、分子遗传学、基因工程、动植物学、生态学及农学 文献类型包括期刊、图书、报告、综述、会议文献、评论文章及专利文献等 收录来自100多个国家和地区的5000多种生命科学期刊和1500种非期刊文献,数据库检索途径,关键词、著者、机构、篇名词等 主

23、题词检索途径 主要概念词（168） 疾病、生物系统、化学物质与药物 地理位置、序列数据 生物体属名 古生物与新生物属,SciFinder Scholar,美国化学学会下属化学文摘服务社（CAS） 全世界最大、最全面的化学化工领域的学术信息数据库 1907年至今CA的全部内容、Medline的生物医学文献以及欧美30多家专利机构的信息 涵盖化学化工、生命科学、生物医学、食品农业、材料地质等学科领域 提供主题、机构、著者、化学结构、分子式、专利号等多条途径,EMB,Elsevier Science出版公司 EMbase是荷兰医学文摘光盘数据库 包括EMbase(1974-)与Medline(1966-) 基于Web版的生物医学与药学数据库 70多个国家和地区的7000多种期刊 提供快速、高级、字段限制、药物、疾病等检索方式,Web of Knowledge,SCI的网络引文检索系统，1997 包括SCI Expanded、SSCI、A&HCI三个数据库 SCI-E数据库收录150多个学科、6000多种自然科学权威期刊文献及引文信息 提供一般检索、引文检索、高级检索、化学结构检索四条途径,THE END！,